| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1149572 | 183 (0.900) | 19 (0.110) | 9/142 | NT | 10.2% | intergenic (+158/+13) | pheT_1/rnhC | Phenylalanine‑‑tRNA ligase beta subunit/Ribonuclease HIII |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1149588 | 174 (0.960) | coding (936/939 nt) | rnhC | Ribonuclease HIII | |||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
GGGTTCACCAATTTGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGAAATGGTATCTAAACGTGAAAG > USA300TCH1516_ALE/1149482‑1149662 | ttataaaaaaatacggtctttcacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCctct > 1:429428‑M1/83‑91 (MQ=255)ttataaaaaaatacggtctttcacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCctct > 2:2965652‑M1/83‑91 (MQ=255) ggTTCACCAATTTGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTa > 2:2327929/1‑91 (MQ=255) ggTTCACCAATTTGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTa > 1:1493502/1‑91 (MQ=255) gTTCACCAATTTGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTaa < 2:1376221/91‑1 (MQ=255) aCCAATTTGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGAt > 2:2685972/1‑91 (MQ=255) aaTTTGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTaa > 2:636577/1‑91 (MQ=255) aTTTGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTaaa < 1:2926115/91‑1 (MQ=255) tttGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTaaaa > 1:807500/1‑91 (MQ=255) gtGGTTCCAATGCATTTAAGAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAGTACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAGAGCCTCTAATGATTaaaaa < 2:1282234/90‑1 (MQ=38) tGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAAt < 2:3558386/91‑1 (MQ=255) ggtctttcacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATc > 2:54830‑M1/69‑91 (MQ=255) ggTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATc > 2:2175183/1‑91 (MQ=255) ggTGCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGAGGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATc < 2:3725678/91‑1 (MQ=255) gtctttcacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCa > 1:3735038‑M1/68‑91 (MQ=255) gTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCa > 1:290454/1‑91 (MQ=255) gTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCa > 1:3929408/1‑91 (MQ=255) gTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCa > 2:1122805/1‑91 (MQ=255) ttCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTttgatttttaatcatt < 1:1365380‑M1/91‑17 (MQ=255) ctttcacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCaaa > 1:3045098‑M1/66‑91 (MQ=255) cAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTttgatttttaatcattaga < 1:769899‑M1/91‑20 (MQ=255) cAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTttgatttttaatcattaga < 1:2229818‑M1/91‑20 (MQ=255) cAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTttgatttttaatcattaga < 1:2414497‑M1/91‑20 (MQ=255) tcacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAagag > 2:2144212‑M1/63‑91 (MQ=255) aaTGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTttgatttttaatcattagag < 2:28124‑M1/91‑21 (MQ=255) aaTGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAagag > 2:313179‑M2/1‑87 (MQ=255) aaTGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAagag > 2:3689473‑M2/1‑87 (MQ=255) aaTGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAagag > 1:1831419‑M2/1‑87 (MQ=255) cacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAgg > 1:3717330‑M1/62‑91 (MQ=255) gCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAagaggct < 2:342416‑M2/91‑8 (MQ=255) gCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAagaggct < 1:2961333‑M2/91‑8 (MQ=255) gtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCtt > 1:1710739‑M1/59‑91 (MQ=255) tttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCttt > 1:2048434‑M1/58‑91 (MQ=255) gtgtagatacatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCttt > 2:824385‑M1/58‑91 (MQ=255) tttAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTa < 1:709588/91‑1 (MQ=255) aaaaaGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTaaaa > 2:45118/1‑91 (MQ=255) aaaaaGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTaaaa < 2:35359/91‑1 (MQ=255) aaGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAAttt > 2:2866260/1‑91 (MQ=255) gTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAAttttt > 1:2994000/1‑91 (MQ=255) gTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAAttttt > 2:3347610/1‑91 (MQ=255) gTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAAttttt > 1:2092287/1‑91 (MQ=255) cAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTg < 1:3519848/91‑1 (MQ=255) cAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTg > 1:219874/1‑91 (MQ=255) aaGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTggg > 2:1150871/1‑91 (MQ=255) agagGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGc > 1:1458019/1‑91 (MQ=255) agagGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGc > 2:3835232/1‑91 (MQ=255) gagGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCt > 1:1728650/1‑91 (MQ=255) cAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCa > 1:860779/1‑91 (MQ=255) aGCGGAATACAGATGGTGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCAc > 2:1727837/1‑91 (MQ=255) aGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCAc > 2:1539019/1‑91 (MQ=255) aGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCAc > 1:791727/1‑91 (MQ=255) gCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTTGGCTTTTTCACg > 2:3594214/1‑91 (MQ=255) gCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACg < 1:2608754/91‑1 (MQ=255) ggAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGAt < 2:870761/91‑1 (MQ=255) ggAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGAt < 2:976590/91‑1 (MQ=255) ggAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGAt < 1:2649006/91‑1 (MQ=255) aaTACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCATTTTCACGAttt > 2:3294668/1‑91 (MQ=255) aTACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGAtttt < 2:2353533/91‑1 (MQ=255) aTACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGAtttt < 1:1579527/91‑1 (MQ=255) tACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAATCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGAttttt < 2:949968/91‑1 (MQ=255) aCAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTa < 2:2670157/91‑1 (MQ=255) aGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTaaa > 1:106336/1‑91 (MQ=255) 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ttCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCttttt < 2:1828961/91‑1 (MQ=255) tCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAACGAGGCTTTAAACTTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAACATGCtttttt > 2:1266353/1‑91 (MQ=255) cacaACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGaa > 1:3326894/1‑91 (MQ=255) caACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTATTTGAAAt > 2:3439029/1‑91 (MQ=255) aCTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGAAATgg > 1:1901632/1‑91 (MQ=255) aCTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGAAATgg > 1:3811574/1‑91 (MQ=255) aCTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGAAATgg > 1:2536751/1‑91 (MQ=255) gCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGAAATGGTAt < 1:3064874/91‑1 (MQ=255) 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ctttgatttttaatcattagaggcttttatgcagttgtgcgaagcatcatctgtattccgctgttcctctttgactttttaaatgcattgg < 1:2801431‑M1/91‑90 (MQ=255) ctAATGATTAAAAATCAAagaggcttttatgcagttgtgcgaagcatcatctgtattccgctgttcctctttgactttttaaatgcattgg < 2:1787408‑M2/91‑74 (MQ=255) CTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGAAATGGTATCTAAACGTGaaa > 1:1024369‑M1/1‑91 (MQ=255) TAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGAAATGGTATCTAAACGTGAAAg < 1:3557884‑M1/91‑1 (MQ=255) TAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGAAATGGTATATAAACGTGAAAg < 2:2256666‑M1/91‑1 (MQ=255) TAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTCTAAAATGCTTTTTTGAAATGGTATCTAAACGTGAAAg < 1:653788‑M1/91‑1 (MQ=255) | GGGTTCACCAATTTGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGAAATGGTATCTAAACGTGAAAG > USA300TCH1516_ALE/1149482‑1149662 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |