| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1149572 | 183 (0.900) | 19 (0.110) | 9/142 | NT | 10.2% | intergenic (+158/+13) | pheT_1/rnhC | Phenylalanine‑‑tRNA ligase beta subunit/Ribonuclease HIII |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1149588 | 174 (0.960) | coding (936/939 nt) | rnhC | Ribonuclease HIII | |||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
TTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGAAATGGTATCTAAACGTGAAAGACCGTATTTTTTTATA > USA300TCH1516_ALE/1149498‑1149678 | tcacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAagag > 2:2144212‑M1/63‑91 (MQ=255) aaTGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAagag > 2:3689473‑M2/1‑87 (MQ=255) cacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAgg > 2:2893475‑M1/62‑91 (MQ=255) gCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAagaggct < 1:2962144‑M2/91‑8 (MQ=255) gCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAagaggct < 2:342416‑M2/91‑8 (MQ=255) tttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCttt > 1:2048434‑M1/58‑91 (MQ=255) aTTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAagaggcttt < 2:2746482‑M2/91‑10 (MQ=255) tttAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTa < 1:2321780/91‑1 (MQ=255) tttAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTa < 1:2076349/91‑1 (MQ=255) ttAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCAAATAATGATAAAAAATCAAAGAGGCTTTaa < 2:824850/91‑1 (MQ=255) agataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTaaa > 2:2629020‑M1/55‑91 (MQ=255) aaaaaGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTaaaa < 2:35359/91‑1 (MQ=255) aaaGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAAtt > 1:3313763/1‑91 (MQ=255) aaGTCAAAGAGGATCAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAAGTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAAttt < 1:3962919/91‑1 (MQ=255) aaGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAAttt > 2:2866260/1‑91 (MQ=255) gTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAAttttt > 2:3347610/1‑91 (MQ=255) cAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTg > 2:196811/1‑91 (MQ=255) cAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTg < 1:3685144/91‑1 (MQ=255) cAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTg < 1:3519848/91‑1 (MQ=255) aaaGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTgg < 2:1571837/91‑1 (MQ=255) tcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTggg > 1:733273‑M1/45‑91 (MQ=255) aaGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTggg > 1:1426425/1‑91 (MQ=255) aaGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTggg > 1:683291/1‑91 (MQ=255) aaGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACAGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTggg < 1:1332313/91‑1 (MQ=255) agagGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGc > 1:1458062/1‑91 (MQ=255) gagGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCt > 1:3905966/1‑91 (MQ=255) gagGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCt > 1:1728650/1‑91 (MQ=255) agGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCtt < 1:1983542/91‑1 (MQ=255) agGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCtt < 1:887963/91‑1 (MQ=255) gAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCtttt < 1:2609293/91‑1 (MQ=255) aaCAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCttttt > 1:3193758/1‑91 (MQ=255) cAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCa > 2:2090693/1‑91 (MQ=255) cAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCa > 1:2860818/1‑91 (MQ=255) cAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCa > 1:1883970/1‑91 (MQ=255) aGCGGAATACAGATGGTGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCAc > 2:1727837/1‑91 (MQ=255) aGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCAc > 1:792033/1‑91 (MQ=255) aGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCAc < 2:1324123/91‑1 (MQ=255) gCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACg > 2:1806762/1‑91 (MQ=255) attttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACg > 1:3728376‑M1/35‑91 (MQ=255) ggAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGAt < 2:976590/91‑1 (MQ=255) ggAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGAt < 2:870761/91‑1 (MQ=255) ggAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGAt < 1:2649006/91‑1 (MQ=255) aaTACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCATTTTCACGAttt > 2:3294668/1‑91 (MQ=255) aTACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGAtttt < 1:1579527/91‑1 (MQ=255) aTACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGAtttt < 2:2353519/91‑1 (MQ=255) aTACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGAtttt < 1:2589466/91‑1 (MQ=255) tACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAATCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGAttttt < 2:949968/91‑1 (MQ=255) aGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTaaa < 1:283849/91‑1 (MQ=255) gatgatGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTaaaa > 1:1679334/1‑91 (MQ=255) gatgatGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTaaaa < 2:2234659/91‑1 (MQ=255) tgatgCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATg > 1:1794447/1‑91 (MQ=255) tgatgCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATg < 1:3018613/91‑1 (MQ=255) gatgCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGc > 2:3238180/1‑91 (MQ=255) atgCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCt < 1:2302330/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |