New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1168159 | 209 (1.030) | 20 (0.110) | 9/140 | NT | 8.7% | intergenic (+15/+638) | scn_2/USA300HOU_RS05810 | Staphylococcal complement inhibitor/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1168177 | 235 (1.320) | intergenic (+33/+620) | scn_2/USA300HOU_RS05810 | Staphylococcal complement inhibitor/hypothetical protein |
Only 100 of 366 total aligned reads displayed.
TTTCGTATCAATGGCTGATGCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCTATATCAAAATGCTTATGTATAATGAATGACATTTAAAA > USA300TCH1516_ALE/1168069‑1168249 | cGTATCAATGGCTGATGCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTgag < 1:2236011/91‑1 (MQ=255) gTATCAATGGCTGATGCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTgaga < 2:1445895/91‑1 (MQ=255) tATCAATGGCTGATGCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGAc > 1:2620611/1‑91 (MQ=255) aTCAATTGCCCATGACAAAGTGGCTCTAGAAAAAATATACAAAGAAGCTCAGATTATTATAAACAAATAATAAATAAAACAGGTTAAGAcc < 2:1356088/91‑2 (MQ=255) aTCAATGGCTGATGCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACa > 2:699272/1‑91 (MQ=255) tCAATGGCTGATGCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACaa < 1:522578/91‑1 (MQ=255) aaTGGCTGATGCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACaaaa < 1:2050890/91‑1 (MQ=255) ggCTGATGCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAAt < 1:1186602/91‑1 (MQ=255) cTGATGCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATgg < 2:2369152/91‑1 (MQ=255) tGATGCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGt > 1:2793645/1‑91 (MQ=255) aTGCTAAAGTTGCAGTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAACATGGTCt > 1:1326092/1‑91 (MQ=255) tGCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTaagaccattttttgtctc < 2:2149335‑M1/91‑19 (MQ=255) tGCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTaagaccattttttgtctc < 1:644753‑M1/91‑19 (MQ=255) tGCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCtt < 1:3089689/91‑1 (MQ=255) gCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAATTTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTa > 1:3243662‑M2/1‑90 (MQ=255) gCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCttt > 2:3132206/1‑90 (MQ=255) gCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTa < 2:1559472‑M2/91‑2 (MQ=255) gCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTa < 2:1108167‑M2/91‑2 (MQ=255) gCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTa < 1:265599‑M2/91‑2 (MQ=255) gCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGAAGAAACAAAAAATGGTCTTa > 2:1949767‑M2/1‑90 (MQ=255) cTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTaa < 2:1237751‑M2/91‑3 (MQ=255) cTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTaa > 1:1655783‑M2/1‑89 (MQ=255) cTAAAGTGGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAAAAAAAAAAAAAAAATGGTCTTaa > 2:850648‑M2/1‑89 (MQ=255) tAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTaagaccattttttgtctcaac < 1:2105811‑M1/91‑22 (MQ=255) caaagTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGACGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTaagaccattttttgtctcaac < 2:3925289‑M1/90‑22 (MQ=255) aaaGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTaacc < 1:2074975‑M2/91‑5 (MQ=255) aGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTaagaccattttttgtctcaacctg < 1:1571807‑M1/91‑25 (MQ=255) aGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTaagaccattttttgtctcaacctg < 2:1687314‑M1/91‑25 (MQ=255) gTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTaacctgt > 1:3284720‑M2/1‑84 (MQ=255) gTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTaacctgt > 2:2734355‑M2/1‑84 (MQ=255) ttGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTaacctgtt > 2:1754912‑M2/1‑83 (MQ=255) ttGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTaacctgtt < 2:3237357‑M2/91‑9 (MQ=255) gCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTaagaccattttttgtctcaacctgtttt < 1:3780490‑M1/91‑29 (MQ=255) aTTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCa > 2:3757554/1‑91 (MQ=255) aTTAGAAAAAATATACAAAAAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTaagaccattttttgtctcaacctgttttat < 2:2128784‑M1/91‑31 (MQ=255) ttAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCaa > 2:1597680/1‑91 (MQ=255) tAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGATTTCAAt > 1:1959782/1‑91 (MQ=255) aGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAAtt > 1:2974242/1‑91 (MQ=255) aGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAAtt < 1:755558/91‑1 (MQ=255) aaTATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCata > 1:2940285/1‑91 (MQ=255) aaTATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCata > 1:2322071/1‑91 (MQ=255) atatACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCatat > 1:11387/1‑91 (MQ=255) tataCAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATAtg < 1:257167/91‑1 (MQ=255) taCAAAGAAAATAATGAAATTATAAATAGATGATAAATAAAACAAAATAAAAAAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATAtgtg < 2:628947/91‑1 (MQ=255) aCAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGa > 2:2580660/1‑91 (MQ=255) aCAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGATAAAAAAAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGa < 2:715871/91‑1 (MQ=255) 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tgatgaAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAGAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCtat < 1:3131086/91‑1 (MQ=255) tgatgaAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCtat < 1:3898903/91‑1 (MQ=255) tgatgaAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCtat > 1:3539027/1‑91 (MQ=255) gatgaAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCtata > 1:3645356/1‑91 (MQ=255) gatgaAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCtata > 1:2828276/1‑91 (MQ=255) gatgaAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCtata < 1:2485020/91‑1 (MQ=255) atgaAATTATAAATAGATGATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCTatat < 2:3386151/91‑1 (MQ=255) atgaAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCTatat > 1:1112018/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |