| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1172339 | 162 (0.800) | 28 (0.170) | 9/130 | NT | 16.3% | coding (248/282 nt) | USA300HOU_RS05840 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1172348 | 156 (0.950) | coding (239/282 nt) | USA300HOU_RS05840 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
CTATGTCTCATTAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGCCCATGTAACAAGCATTTTTCAATTATAG > USA300TCH1516_ALE/1172249‑1172429 | tATGTCTCATTAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACata > 1:1617423/1‑91 (MQ=255) aTGTCTCATTAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACataa < 2:1276717/91‑1 (MQ=255) aTGTCTCATTAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACataa < 1:2887448/91‑1 (MQ=255) aTGTCTCATTAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACataa < 1:2661041/91‑1 (MQ=255) aTGTCTCATTAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAATATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACataa < 2:2928602/91‑1 (MQ=255) tGTCTCATTAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACataat > 1:1193403/1‑91 (MQ=255) tGTCTCATTAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACataat < 1:2930755/91‑1 (MQ=255) tGTCTCATTAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACataat > 1:2561594/1‑91 (MQ=255) tcATTAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAAt > 2:3620892/1‑91 (MQ=255) tcATTAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAAt < 1:1726519/91‑1 (MQ=255) tcATTAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATCGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAAt < 2:3302401/91‑1 (MQ=255) cATTAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATc < 1:737583/91‑1 (MQ=255) aTTAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATtgatttatt < 1:1078003‑M1/91‑10 (MQ=255) ttAAAAGAACACTAATCATGTGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATtgatttatta < 2:3873213‑M1/91‑11 (MQ=255) ttAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATtgatttatta < 2:1062327‑M1/91‑11 (MQ=255) ttAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATtgatttatta < 1:2496036‑M1/91‑11 (MQ=255) ttAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATtgatttatta < 1:1204082‑M1/91‑11 (MQ=255) ttAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAa > 1:3753417‑M2/1‑90 (MQ=255) ttAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAa > 1:3739083‑M2/1‑90 (MQ=255) tAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATtgatttattat < 2:1245821‑M1/91‑12 (MQ=255) tAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATtgatttattat < 1:2970451‑M1/91‑12 (MQ=255) aaaGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAatgt > 1:76283‑M2/1‑87 (MQ=255) aaaGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAatgt > 1:2473597‑M2/1‑87 (MQ=255) aGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATACTTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAatgtct < 2:2493646‑M2/91‑7 (MQ=255) aGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAatgtct > 1:2516174‑M2/1‑85 (MQ=255) aGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAatgtct < 2:142615‑M2/91‑7 (MQ=255) gAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATtgatttattatgtctt < 1:2456184‑M1/91‑17 (MQ=255) gAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAatgtctt < 2:3707958‑M2/91‑8 (MQ=255) gAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAatgtctt < 1:1917289‑M2/91‑8 (MQ=255) aaCACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAatgtctta < 2:335540‑M2/91‑9 (MQ=255) acTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAatgtcttaggc < 2:2685073‑M2/91‑12 (MQ=255) cTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATtgatttattatgtcttaggct < 1:3359450‑M1/91‑22 (MQ=255) tAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAatgtcttaggctc > 2:3449715‑M2/1‑78 (MQ=255) aTCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAatgtcttaggctcta < 1:1990348‑M2/91‑16 (MQ=255) tCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTAc < 1:77262/91‑1 (MQ=255) gggACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAata > 1:181948/1‑91 (MQ=255) ggACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAatat > 1:2600148/1‑91 (MQ=255) aCAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAatatta < 1:969711/91‑1 (MQ=255) aCAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAatatta < 1:401334/91‑1 (MQ=255) aaTAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAGTAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAatattata < 2:1965731/91‑1 (MQ=255) aaTAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAatattata > 2:3130282/1‑91 (MQ=255) aaTAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAatattata < 1:1340779/91‑1 (MQ=255) tAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAatattatatt > 1:3166666/1‑91 (MQ=255) gTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGgta > 1:3913679/1‑91 (MQ=255) ttGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGgtagta > 1:1216619/1‑91 (MQ=255) gCTCTAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATACATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTagcagt > 2:2435044/1‑91 (MQ=255) gCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTagtagt > 2:1468020/1‑91 (MQ=255) gCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTagtagt < 2:3059983/91‑1 (MQ=255) gCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTagtagt > 1:2820609/1‑91 (MQ=255) gCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTagtagt > 2:2347588/1‑91 (MQ=255) ataataATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGa > 1:88749/1‑91 (MQ=255) aataatTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGAcc > 2:869766/1‑91 (MQ=255) ataatTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCg < 1:1002556/91‑1 (MQ=255) ataatTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCg > 2:105110/1‑91 (MQ=255) atTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAAt < 2:1166261/91‑1 (MQ=255) tttAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATg > 1:1414258/1‑91 (MQ=255) ttAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGa > 2:960470/1‑91 (MQ=255) ttAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGa > 1:2420250/1‑91 (MQ=255) tAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAAGGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGaa < 1:3661715/91‑1 (MQ=255) tAATCATTAAAGGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATAAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGaa < 1:3590890/91‑1 (MQ=255) cATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATg < 2:1905561/91‑1 (MQ=255) aTTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGc < 1:3108822/91‑1 (MQ=255) ttAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGcc > 1:3438483/1‑91 (MQ=255) tAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGccc < 2:2762281/91‑1 (MQ=255) tGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGCCCATGt > 1:701560/1‑91 (MQ=255) aaGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGCCCATGTaa < 2:2532097/91‑1 (MQ=255) aGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGCCCATGTAAc > 2:2695571/1‑91 (MQ=255) aGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGCCCATGTAAc > 2:665014/1‑91 (MQ=255) ggAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGCCCATGTAACa < 1:630479/91‑1 (MQ=255) aTAGAGCCTAAGACATtgatttattatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatga < 2:3926208‑M1/91‑76 (MQ=255) aTAGAGCCTAAGACATAATAAATCAatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatga < 1:675518‑M2/91‑67 (MQ=255) aTAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGCCCATGTAACAAGc < 1:354814/91‑1 (MQ=255) aTAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGCCCATGTAACAAGc > 2:2052663/1‑91 (MQ=255) agagCCTAAGACATtgatttattatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatgatt > 2:2155583‑M1/1‑14 (MQ=255) agagCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGCCCATGTAACAAGCAt > 1:488837/1‑91 (MQ=255) agagCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGCCCATGTAACAAGCAt > 2:3379909/1‑91 (MQ=255) agagCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGCCCATGTAACAAGCAt > 2:2960105/1‑91 (MQ=255) gagCCTAAGACATtgatttattatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatgatta > 2:767260‑M1/1‑13 (MQ=255) gagCCTAAGACATtgatttattatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatgatta > 2:1682154‑M1/1‑13 (MQ=255) gagCCTAAGACATtgatttattatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatgatta < 1:662831‑M1/91‑79 (MQ=255) gagCCTAAGACATtgatttattatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatgatta > 1:3330672‑M1/1‑13 (MQ=255) gagCCTAAGACATtgatttattatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatgatta < 1:315641‑M1/91‑79 (MQ=255) gagCCTAAGACATtgatttattatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaactattatagcaatactttattgtcccatgatta > 2:1548965‑M1/1‑13 (MQ=255) gagCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGCCCATGTAACAAGCAtt > 2:3515886/1‑91 (MQ=255) agCCTAAGACATAATAAATCAatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatgattag < 1:3359518‑M2/91‑71 (MQ=255) agCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGCCCATGTAACAAGCAttt < 1:2108511/91‑1 (MQ=255) gCCTAAGACATtgatttattatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatgattagt < 2:3229007‑M1/91‑81 (MQ=255) gCCTAAGACATtgatttattatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatgattagt > 1:1474983‑M1/1‑11 (MQ=255) gCCTAAGACATAATAAATCAatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatgattagt < 2:2993189‑M2/91‑72 (MQ=255) ccTAAGACATtgatttattatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatgattagtg < 2:2729050‑M1/91‑82 (MQ=255) aGACATtgatttattatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatgattagtgttct > 2:2615118‑M1/1‑6 (MQ=255) aGACATtgatttattatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatgattagtgttct > 1:2217153‑M1/1‑6 (MQ=255) aGACATtgatttattatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatgattagtgttct < 2:142206‑M1/91‑86 (MQ=255) gACATtgatttattatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatgattagtgttctt > 1:3017661‑M1/1‑5 (MQ=255) aCATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGCCCATGTAACAAGCATTTTTCAATta > 1:3824437/1‑91 (MQ=255) cATtgatttattatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatgattagtgttctttt > 2:2829910‑M1/1‑3 (MQ=255) ttgatttattatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatgattagtgttcttttaa > 1:1900670‑M1/1‑1 (MQ=255) taataaATCAatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatgattagtgttcttttaa < 2:257842‑M2/91‑82 (MQ=255) taataaATCAatgtcttaggctctattccttcatttaatgattaaattattatagcaatactttattgtcccatgattagtgttcttttaa < 2:2219132‑M2/91‑82 (MQ=255) taataaATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGCCCATGTAACAAGCATTTTTCAATTATAg > 1:2669099/1‑91 (MQ=255) | CTATGTCTCATTAAAAGAACACTAATCATGGGACAATAAAGTATTGCTATAATAATTTAATCATTAAATGAAGGAATAGAGCCTAAGACATAATAAATCAATGTCTTAGGCTCTACAATATTATATTGGTAGTAGTTGACCGAATGAAAATGCCCATGTAACAAGCATTTTTCAATTATAG > USA300TCH1516_ALE/1172249‑1172429 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |