| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1177547 | 166 (0.810) | 10 (0.060) | 7/142 | NT | 6.1% | intergenic (+66/‑106) | arcC1_2/USA300HOU_RS05870 | Carbamate kinase 1/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1177574 | 162 (0.900) | intergenic (+93/‑79) | arcC1_2/USA300HOU_RS05870 | Carbamate kinase 1/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
AGTAGGTACTGTGATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTAAATGTC > USA300TCH1516_ALE/1177457‑1177637 | ttgtattttccacggtttcatctccttcgacatttaacctagcatttctaccttaaagattttataaatataaattaagaaaGTGCAcccc < 1:3415833‑M1/9‑1 (MQ=255) tAGGTACTGTGATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCt < 2:1429433/91‑1 (MQ=255) tAGGTACTGTGATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCt > 2:1820915/1‑91 (MQ=255) tAGGTACTGTGATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCt < 2:3324371/91‑1 (MQ=255) ggTACTGTGATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGa > 1:3023831/1‑91 (MQ=255) ggTACTGTGATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGa < 1:2742764/91‑1 (MQ=255) ggTACTGTGATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGa < 2:2405430/91‑1 (MQ=255) ggTACTGTGATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGa < 1:1576603/91‑1 (MQ=255) ggTAATGAGATAAAAAAGTAATTGAATTGAATCGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGa < 2:1681784/91‑1 (MQ=255) gTACTGTGATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGaa > 1:1738965/1‑91 (MQ=255) tACTGTGATTAAAAAGTAATTGAATTGAATCGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGaaa < 2:2168971/91‑1 (MQ=255) tACTGTGATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGaaa > 1:3780517/1‑91 (MQ=255) gtgATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAaataa < 1:926213/91‑1 (MQ=255) gATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATg > 2:129297/1‑91 (MQ=255) aTTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGc < 1:851695/91‑1 (MQ=255) aaaGTAATTGAATTGTAACGCTTTTCGAGTACTATATGTCAAGTGCATGATTTTTATTATTGATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTa < 2:724805/91‑1 (MQ=255) aaaGTAATTGAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTa < 2:3166183/91‑1 (MQ=255) aGTAATTGAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTAtt < 2:2631731/91‑1 (MQ=255) aGTAATTGAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTAtt < 1:2310482/91‑1 (MQ=255) gTAATTGAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTGTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTAttt > 2:3470931/1‑91 (MQ=255) attgaattgaAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAACGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGa > 1:3342260/1‑91 (MQ=255) tgaattgaaACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCgcatcaaaatagaggcattattttca < 2:3693587‑M1/91‑27 (MQ=255) gaattgaaACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCgcatcaaaatagaggcattattttcag < 2:967205‑M1/91‑28 (MQ=255) gaattgaaACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCgcatcaaaatagaggcattattttcag < 1:218350‑M1/91‑28 (MQ=255) ttGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggg > 1:2963897‑M2/1‑88 (MQ=255) ttGAAAAGCGTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggg < 1:986460‑M2/91‑4 (MQ=255) ttGAAAAGCGTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggg < 1:986504‑M2/91‑4 (MQ=255) ttaaacgCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCgggg > 2:2719289‑M2/3‑87 (MQ=255) aaaCGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAGTAATGCCTCTATTTTGATGCggggtg > 2:2236422‑M2/1‑85 (MQ=255) aaaCGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggggtg > 1:3308460‑M2/1‑85 (MQ=255) aaaCGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggggtg > 1:1679096‑M2/1‑85 (MQ=255) aaaCGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggggtg < 1:2622316‑M2/91‑7 (MQ=255) aaCGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCgcatcaaaatagaggcattattttcagggggtgc < 1:3919665‑M1/91‑35 (MQ=255) aaCGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggggtgc < 1:2545709‑M2/91‑8 (MQ=255) aCGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggggtgca < 2:3558352‑M2/91‑9 (MQ=255) aCGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggggtgca > 2:921615‑M2/1‑83 (MQ=255) aCGCTTGTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggggtgca > 2:842389‑M2/1‑83 (MQ=255) gCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACt > 2:576744/1‑91 (MQ=255) ctagcatttctaccttaaagattttataaatataaattaagaaaGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACtt > 2:2782527‑M1/45‑91 (MQ=255) cTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACtt > 2:2271468/1‑91 (MQ=255) cTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACtt < 1:1332910/91‑1 (MQ=255) ttttCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACttt > 1:2994180/1‑91 (MQ=255) tttCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTc < 1:892033/91‑1 (MQ=255) tttCAATCACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTc < 1:1962023/91‑1 (MQ=255) tCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCtt > 1:3601118/1‑91 (MQ=255) aaTTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTaa < 2:1712878/91‑1 (MQ=255) aaTTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTaa < 2:1982585/91‑1 (MQ=255) ttACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAatt < 1:252175/91‑1 (MQ=255) tACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAattt < 1:3276296/91‑1 (MQ=255) aCTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAattta < 1:2239514/91‑1 (MQ=255) cTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAatttat > 2:1452531/1‑91 (MQ=255) cTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAatttat < 1:1564535/91‑1 (MQ=255) atatGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAatttatat < 1:730337/91‑1 (MQ=255) tGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAatttatattta < 1:2783311/91‑1 (MQ=255) tCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCGCCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAAtttatatatata < 2:3646384/91‑1 (MQ=255) tCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAAtttatatttata < 1:2040619/91‑1 (MQ=255) cAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATaa < 1:1056719/91‑1 (MQ=255) cAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATaa < 1:2524220/91‑1 (MQ=255) aaaTGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATaaa < 1:1010351/91‑1 (MQ=255) tGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATc < 1:638637/91‑1 (MQ=255) tGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATc > 1:1147221/1‑91 (MQ=255) cATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCtt < 1:2336682/91‑1 (MQ=255) 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tattatTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGa < 2:769049/91‑1 (MQ=255) ttatttatGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGaaa < 1:2155450/91‑1 (MQ=255) ttatttatGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGaaa < 1:3141892/91‑1 (MQ=255) ttatttatGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGaaa < 2:2539522/91‑1 (MQ=255) ttatttatGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGCGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGaaa > 2:389738/1‑91 (MQ=255) tatttatGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAAt > 1:587252/1‑91 (MQ=255) tatttatGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAAt > 1:3758695/1‑91 (MQ=255) atttatGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATg > 1:2741077/1‑91 (MQ=255) 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ccccgcatcaaaatagaggcattattttcagggggtgcacataaataataaaaatcatgcatttgacatatagtaattgaaaagcgtttca > 1:1211186‑M1/1‑4 (MQ=255) cccccTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggggtgcacataaataataaaaatcatgcatttgacatatagtaattgaaaagcgtttca < 1:3564892‑M2/91‑61 (MQ=255) CCCCCTGAAAATAATGCCTGTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTTAGGTAGAAATGCTAGGTtaaac < 2:825038‑M1/91‑2 (MQ=255) CCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTAAAt > 1:373382‑M1/1‑91 (MQ=255) CCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTAAAt > 2:1603827‑M1/1‑91 (MQ=255) ccTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggggtgcacataaataataaaaatcatgcatttgacatatagtaattgaaaagcgtttcaatt < 1:2567565‑M2/91‑64 (MQ=255) | AGTAGGTACTGTGATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTAAATGTC > USA300TCH1516_ALE/1177457‑1177637 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |