New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1177547 | 166 (0.810) | 10 (0.060) | 7/142 | NT | 6.1% | intergenic (+66/‑106) | arcC1_2/USA300HOU_RS05870 | Carbamate kinase 1/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1177574 | 162 (0.900) | intergenic (+93/‑79) | arcC1_2/USA300HOU_RS05870 | Carbamate kinase 1/hypothetical protein |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
GAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTAAATGTCGAAGGAGATGAAACCGTGGAAAATAC > USA300TCH1516_ALE/1177484‑1177663 | ttGAAAAGCGTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggg < 1:986460‑M2/91‑4 (MQ=255) tGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCgggg > 1:1513710‑M2/1‑87 (MQ=255) atttagcctagcatttctaccttaaagattttataaatataaattaagaaaGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCgggg > 2:3200334‑M1/52‑91 (MQ=255) gAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggggc < 2:808704‑M2/91‑6 (MQ=255) gAAAAGCGTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggggt < 1:1196790‑M2/91‑6 (MQ=255) aaaCGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggggtg > 1:1679096‑M2/1‑85 (MQ=255) aaaCGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggggtg < 1:2622316‑M2/91‑7 (MQ=255) aCGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggggtgca < 2:3558352‑M2/91‑9 (MQ=255) aCGCTTGTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggggtgca > 2:842389‑M2/1‑83 (MQ=255) gCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACt > 2:576744/1‑91 (MQ=255) cgtttCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGCTGCGGGGTGCACtt > 2:752433/3‑91 (MQ=255) cTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACtt > 2:2271468/1‑91 (MQ=255) cTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACtt > 2:910699/1‑91 (MQ=255) ttttCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACttt > 1:2994180/1‑91 (MQ=255) tttCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTc < 1:892033/91‑1 (MQ=255) ttCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCt < 1:3452266/91‑1 (MQ=255) tCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCtt > 1:1568127/1‑91 (MQ=255) tCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCtt > 1:335244/1‑91 (MQ=255) tCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCtt > 1:333343/1‑91 (MQ=255) aaTTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTaa < 2:1982777/91‑1 (MQ=255) aaTTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTaa < 2:1712905/91‑1 (MQ=255) aaTTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGCGCACTTTCTTaa > 1:2772759/1‑91 (MQ=255) aCTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAattta < 1:2239514/91‑1 (MQ=255) aCTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAattta > 2:170363/1‑91 (MQ=255) atatGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAatttatat > 1:2520663/1‑91 (MQ=255) tCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCGCCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAAtttatatatata < 2:3646384/91‑1 (MQ=255) cAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATaa < 1:1056719/91‑1 (MQ=255) cAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATaa < 1:2524072/91‑1 (MQ=255) aaaTGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATaaa < 1:1010351/91‑1 (MQ=255) tGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATc > 1:1146947/1‑91 (MQ=255) tGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATc > 1:1147221/1‑91 (MQ=255) tGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATc < 1:638637/91‑1 (MQ=255) gCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCt > 2:1391403/1‑91 (MQ=255) cATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCtt < 1:2336682/91‑1 (MQ=255) aTGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCttt < 2:1629620/91‑1 (MQ=255) gATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTaa > 1:1637363/1‑91 (MQ=255) gATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGACTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCATAATTTATATTTATAAAATCTTTaa > 1:3674630/1‑91 (MQ=255) gATGTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTaa < 1:3191737/91‑1 (MQ=255) aTTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAg > 2:517413/1‑91 (MQ=255) aTTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAAGTTATATTTATAAAATCTTTAAg > 1:713977/1‑91 (MQ=255) tttttATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAgg > 2:3336718/1‑91 (MQ=255) tttttATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAgg < 1:155157/91‑1 (MQ=255) tttttATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAgg < 2:2296768/91‑1 (MQ=255) ttttATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGt > 2:2161815/1‑91 (MQ=255) tattatTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGa < 1:2296978/91‑1 (MQ=255) atttttTATTTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGaa > 2:120274/1‑91 (MQ=255) ttatttatGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGaaa < 1:2155450/91‑1 (MQ=255) ttatttatGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGaaa < 1:3141892/91‑1 (MQ=255) ttatttatGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGaaa > 1:2839046/1‑91 (MQ=255) ttatttatGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGaaa < 2:2539522/91‑1 (MQ=255) ttatttatGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGCGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGaaa > 2:389738/1‑91 (MQ=255) tatttatGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAAt > 1:3758695/1‑91 (MQ=255) atttatGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATg > 1:2741192/1‑91 (MQ=255) tttatGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGc > 1:2432488/1‑91 (MQ=255) ttgatGTGCACCCCCGAAAAATAATGCCACTATTTCTATACGGGGTGCACTTTCGTAACTTATATTTATAAACTCTTTAAGGTAGAAATGc < 2:2832106/88‑1 (MQ=255) ttatGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCt > 2:1883732/1‑91 (MQ=255) tgtgCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAgg > 2:1435106/1‑91 (MQ=255) GTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGt > 2:1776776‑M1/1‑91 (MQ=255) GCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTa < 1:3750646‑M1/91‑1 (MQ=255) CACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTaa < 1:1981809‑M1/91‑1 (MQ=255) CACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTaa > 2:2975099‑M1/1‑91 (MQ=255) CACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATATTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTaa > 1:3686701‑M1/1‑91 (MQ=255) aCCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggggtgcacataaataataaaaatcatgcatttgacatatagtaattgaaaagcgtttc < 1:424286‑M2/91‑60 (MQ=255) ACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTaaa > 1:838193‑M1/1‑91 (MQ=255) CCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTAAAt > 2:1603827‑M1/1‑91 (MQ=255) CCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTAAAt > 1:2967624‑M1/1‑91 (MQ=255) CCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTAAATg < 1:3547323‑M1/91‑1 (MQ=255) CCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTAAATGt > 1:3092170‑M1/1‑91 (MQ=255) acTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTAAATGTc < 2:3930635/90‑1 (MQ=255) cTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggggtgcacataaataataaaaatcatgcatttgacatatagtaattgaaaagcgtttcaattc < 2:967205‑M2/91‑65 (MQ=255) cTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggggtgcacataaataataaaaatcatgcatttgacatatagtaattgaaaagcgtttcaattc < 1:218350‑M2/91‑65 (MQ=255) cTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTAAATGTCg < 2:2393774/91‑1 (MQ=255) cTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTAAATGTCg < 1:780309/91‑1 (MQ=255) tGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCggggtgcacataaataataaaaatcatgcatttgacatatagtaattgaaaagcgtttcaattca < 2:3693587‑M2/91‑66 (MQ=255) tGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTAAATGTCGa > 2:606823/1‑91 (MQ=255) tGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTAAATGTCGa > 1:2916077/1‑91 (MQ=255) aaaaTAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTAAATGTCGAAg > 1:1226079/1‑91 (MQ=255) aataatGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTTCTTAATTTATATTTATAAAATCTTTAAGGTAGAAATGCTAGGTTAAATGTCGAAGga > 1:1172948/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |