New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1181842 = | 186 (0.910) | 34 (0.190) | 12/144 | NT | 17.4% | intergenic (+409/+65) | USA300HOU_RS05885/USA300TCH1516_01103 | hypothetical protein/tRNA‑Arg |
? | USA300TCH1516_ALE | 1181881 = | 156 (0.850) | intergenic (+448/+26) | USA300HOU_RS05885/USA300TCH1516_01103 | hypothetical protein/tRNA‑Arg |
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
CTTATGCGGGGGACGTTTTGGTGACGCATCATACTATATTACTGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCCCGACCGATGGCTTAGAAGGCCATTGCTCTATCCAGCTGAG > USA300TCH1516_ALE/1181791‑1181971 | cTTATGCGGGGGACGTTTTGGTGACGCATCATACTATATTACTGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCTCGTAATCACGGAACTCTtttgtttg > 1:3690850/1‑91 (MQ=255) ttATGCGGGGGACGTTTTGGTGACGCATCATACTATATTACTGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTgg < 1:1713893/91‑1 (MQ=255) tATGCGGGGGACGTTTTGGTGACGCATTATACTATATTACTGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGt > 2:858034/1‑91 (MQ=255) tGCGGGGGACGTTTTGGTGACGCATCATACTATATTACTGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTaa < 2:3300505/91‑1 (MQ=255) tGCGGGGGACGTTTTGGTGACGCATCATACTATATTACTGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTaa < 1:1407448/91‑1 (MQ=255) cGGGGGACGTTTTGGTGACGCATCATACTATATTACTGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATg > 1:3162131/1‑91 (MQ=255) cGGGGGACGTTTTGGTGACGCATCATACTATATTACTGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATg > 1:1670811/1‑91 (MQ=255) gggggACGTTTTGGTGACGCATCATACTATATTACTGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGc < 2:767535/91‑1 (MQ=255) gggACGTTTTGGTGACGTATCATACTATATTATTGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGt < 1:3388610/91‑1 (MQ=255) ggACGTTTTGGTGACGCATCATACTATATTACTGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGta > 1:479949/1‑91 (MQ=255) cGTTTTGGTGACGCATCATACTATATTACTGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATaa > 2:3109041/1‑91 (MQ=255) tGGTGACGCATCATACTATATTACTGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATa < 1:509601/91‑1 (MQ=255) tGGTGACGCATCATACTATATTACTGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATa > 1:1374166/1‑91 (MQ=255) gTGACGCATCATACTATATTACTGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATAcc > 1:2611557/1‑91 (MQ=255) 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ttACTGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTgggagg > 1:3506906/1‑91 (MQ=255) ttACTGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTgggagg < 1:2353386/91‑1 (MQ=255) tACTGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTgggaggg < 2:2455037/91‑1 (MQ=255) tGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGAtt < 1:792266/91‑1 (MQ=255) tGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGAtt > 1:364828/1‑91 (MQ=255) cattaccaaacaaaagagttccgtgattacggggctctttttgtttTGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCg > 2:1973984‑M2/47‑91 (MQ=255) aaaTTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCg < 1:2400159/91‑1 (MQ=255) tCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAAcc < 2:1379438/91‑1 (MQ=255) tCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAAcc > 2:1104881/1‑91 (MQ=255) tCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAAcc < 2:1905175/91‑1 (MQ=255) caaaacaaaaAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAAccc > 1:1927709/1‑91 (MQ=255) caaaacaaaaAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAAccc < 1:67181/91‑1 (MQ=255) aaaacaaaaAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAAcccc < 2:1310134/91‑1 (MQ=255) aaaacaaaaAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAAcccc > 2:2869455/1‑91 (MQ=255) AAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAAccccc > 2:274122‑M1/1‑91 (MQ=255) AAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAAccccc > 1:3202713‑M1/1‑91 (MQ=255) aaacaaaagagttccgtgattacggggctcttttgtttGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCccg > 1:2159678‑M2/39‑91 (MQ=255) AACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCccg < 1:3783914‑M1/91‑1 (MQ=255) AACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCccg > 2:2558617‑M1/1‑91 (MQ=255) ACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCccga < 1:2564775‑M1/91‑1 (MQ=255) caaaagagttccgtgattacggggctctttttgtttGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCccgac > 1:3271108‑M2/37‑91 (MQ=255) CAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCccgac < 1:3926827‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCccgacc > 1:2982454‑M1/1‑91 (MQ=255) aagagttccgtgattacggggctctttttgtttGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCccgaccga > 1:3252590‑M2/34‑91 (MQ=255) AAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCccgaccga > 1:1321870‑M1/1‑91 (MQ=255) agagttccgtgattacggggctctttttgtttGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCCCGACCGAt > 1:1601169‑M2/33‑91 (MQ=255) AAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCCCGACCGAt > 1:2791260‑M1/1‑91 (MQ=255) gagttccgtgattacggggctctttttgtttGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCCCGACCGATg > 2:2352044‑M2/32‑91 (MQ=255) gagttccgtgattacggggctctttttgtttGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCCCGACCGATg > 2:1168399‑M2/32‑91 (MQ=255) agggCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCCCGACCGATg < 2:1351232/88‑1 (MQ=255) agagCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCCCGACCGATg > 2:174685/1‑91 (MQ=255) agagCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCCCGACCGATg < 1:2551218/91‑1 (MQ=255) gagCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTTATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCCCGACCGATgg > 2:1482537/1‑91 (MQ=255) gagCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAAGACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCCCGACCGATgg < 1:1898802/91‑1 (MQ=255) agttccgtgattacggggctctttttgtttGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCCCGACCGATgg > 2:3083488‑M2/31‑91 (MQ=255) gttccgtgattacggggctctttttgtttGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCCCGACCGATGGc > 1:2970609‑M2/30‑91 (MQ=255) gttccgtgattacggggctctttttgtttGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCCCGACCGATGGc > 1:1093009‑M2/30‑91 (MQ=255) agCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCCCGACCGATGGc > 1:2933727/1‑91 (MQ=255) gCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTCATGCGTATAAAAATACCTATAAACGTCCTGGGAGGAATTCGAACCCCAGACCGATGGCt > 2:3021511/1‑91 (MQ=255) gCCCCGTAATCACGGAACTCTTTTGTTTGGTAATGCGTATAAACATACCTATGACCGTCCTGGGAGGGATTCGAACCCCCGACCGATGGCt < 2:2607666/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |