New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1755658 = | 146 (0.720) | 18 (0.100) | 11/142 | NT | 11.8% | intergenic (‑55/+300) | obg/rpmA | GTPase Obg/50S ribosomal protein L27 |
? | USA300TCH1516_ALE | 1755694 = | 140 (0.780) | intergenic (‑91/+264) | obg/rpmA | GTPase Obg/50S ribosomal protein L27 |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
ATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCACCAATTGTGGTACAGTTTATTCTTTAAACGCTGCAACTG > USA300TCH1516_ALE/1755604‑1755784 | atatCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCtt > 1:179921/1‑91 (MQ=255) tctcACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATg < 2:1767688/91‑1 (MQ=255) tctcACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATg < 2:1466336/91‑1 (MQ=255) tcACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCa > 2:315842/1‑91 (MQ=255) tcACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCa > 2:293383/1‑91 (MQ=255) tcACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCa > 1:2970698/1‑91 (MQ=255) cACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAg < 1:3388770/91‑1 (MQ=255) cACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAg < 1:2532241/91‑1 (MQ=255) aCCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGt > 1:1534417/1‑91 (MQ=255) aCCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGt < 1:1171724/91‑1 (MQ=255) aCCTCTTTTACATATAATTTTCATTTACCCAATAATTATAGCATATTAGAGACCCATATATATTGTAAATAATTAAGGGCTATTATGCAGt > 2:2246928/1‑91 (MQ=255) ccTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGtt < 2:2796083/91‑1 (MQ=255) ccTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGtt < 2:3712340/91‑1 (MQ=255) tctTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTAc > 2:3844001/1‑91 (MQ=255) tctTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTAc < 2:1663228/91‑1 (MQ=255) ctTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTTTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACt < 2:3752033/91‑1 (MQ=255) ttttACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACtt > 1:2205733/1‑91 (MQ=255) ttttACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACtt > 1:2205153/1‑91 (MQ=255) tttACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACttt > 1:3745943/1‑91 (MQ=255) tttACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACttt < 1:2852099/91‑1 (MQ=255) ttACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATCATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACtttt > 2:3602485/1‑91 (MQ=255) aCATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTtat > 1:3015964/1‑91 (MQ=255) aCATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTtat < 1:1632462/91‑1 (MQ=255) aCATATAATTTTCAATTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTTTATATAAGTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTtat > 1:863533/1‑91 (MQ=255) ataATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAAt > 2:1104811/1‑91 (MQ=255) taATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATc > 2:3304965/1‑91 (MQ=255) taATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATc < 1:2140554/91‑1 (MQ=255) taATTTTCATTTGCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATc > 1:3024418/1‑91 (MQ=255) attttcattttcCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCtt > 2:2954393/1‑91 (MQ=255) ttttcattttcCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCttt < 2:1448332/91‑1 (MQ=255) cattttcCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCtt > 2:551411/1‑91 (MQ=255) ttttcCCAATAATTATAGCATATTAGATCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTa > 2:1139718/1‑91 (MQ=255) ttttcCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTa > 1:2559549/1‑91 (MQ=255) ttcCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTaaa < 1:3494180/91‑1 (MQ=255) cccAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAAt > 1:2877251/1‑91 (MQ=255) ccAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATa < 2:273287/91‑1 (MQ=255) cAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATAc < 1:1019425/91‑1 (MQ=255) cAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATAc > 1:2466384/1‑91 (MQ=255) cAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATAc < 1:2350288/91‑1 (MQ=255) aataatTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACt < 1:1610687/91‑1 (MQ=255) ataatTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACtt > 2:2646632/1‑91 (MQ=255) ataatTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACtt < 1:644239/91‑1 (MQ=255) ataatTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGATTTAAAATACtt > 1:3815651/1‑91 (MQ=255) taatTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAAGAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTta < 2:2924254/91‑1 (MQ=255) tatTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTtat > 2:1243577/2‑91 (MQ=255) aatTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTtat < 2:2113573/91‑1 (MQ=255) aatTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTtat < 2:3741300/91‑1 (MQ=255) aatTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTtat < 2:1474450/91‑1 (MQ=255) atTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTtata > 2:721782/1‑91 (MQ=255) tataGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATAtt < 1:1783675/91‑1 (MQ=255) tataGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATAtt < 1:1319406/91‑1 (MQ=255) taGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATTTTtc > 1:27569/1‑91 (MQ=255) aGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTtct > 1:1137976/1‑91 (MQ=255) aGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTtct > 2:1651408/1‑91 (MQ=255) aGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTT‑AAATACTTATATTtctc > 1:1284526/1‑91 (MQ=255) cATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCa < 1:1845035/91‑1 (MQ=255) cATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCa < 2:3433436/91‑1 (MQ=255) tatTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGc < 1:2663114/91‑1 (MQ=255) atTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCa < 1:431417/91‑1 (MQ=255) atTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCa > 1:3003343/1‑91 (MQ=255) aagagcccctaattatttacaatatataaggggctctaaTATGCAGTTCCTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCa > 2:3226317‑M2/40‑91 (MQ=255) ttAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCAc < 2:2803916/91‑1 (MQ=255) 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taatTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCACCAATTGTGGTACAGTTTATTCttt < 1:1847529/91‑1 (MQ=255) taatTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCACCAATTGTGGTACAGTTTATTCttt < 2:635796/91‑1 (MQ=255) aatTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCACCAATTGTGGTACAGTTTATTCTTTa > 1:3614060/1‑91 (MQ=255) atTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCACCAATTGTGGTACAGTTTATTCTTTaa > 2:141622/1‑91 (MQ=255) atTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCACCAATTGTGGTACAGTTTATTCTTTaa < 2:2418047/91‑1 (MQ=255) atTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCACCAATTGTGGTACAGTTTATTCTTTaa > 2:1292359/1‑91 (MQ=255) tAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCACCAATTGTGGTACAGTTTATTCTTTAAAc < 2:799688/91‑1 (MQ=255) aggggctctTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCACCAATTGTGGTACAGTTTATTCTTTAAACg > 1:2451159‑M2/10‑91 (MQ=255) gctctTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCACCAATTGTGGTACAGTTTATTCTTTAAACGCTGc > 1:3778978‑M2/6‑91 (MQ=255) ctctTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCACCAATTGTGGTACAGTTTATTCTTTAAACGCTGCa < 2:454837‑M2/87‑1 (MQ=255) ctctTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCACCAATTGTGGTACAGTTTATTCTTTAAACGCTGCa < 2:3274473‑M2/87‑1 (MQ=255) ctctTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCACCAATTGTGGTACAGTTTATTCTTTAAACGCTGCa < 2:782584‑M2/87‑1 (MQ=255) tctTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCACCAATTGTGGTACAGTTTATTCTTTAAACGCTGCaa > 1:1912518‑M2/4‑91 (MQ=255) tATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCACCAATTGTGGTACAGTTTATTCTTTAAACGCTGCAACTg < 2:1529261/91‑1 (MQ=255) | ATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCACCAATTGTGGTACAGTTTATTCTTTAAACGCTGCAACTG > USA300TCH1516_ALE/1755604‑1755784 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |