New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1759680 | 163 (0.800) | 16 (0.100) | 11/132 | NT | 10.6% | intergenic (‑387/+87) | USA300HOU_RS08780/USA300HOU_RS08785 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1759708 | 136 (0.810) | intergenic (‑415/+59) | USA300HOU_RS08780/USA300HOU_RS08785 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
GGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGATTACTATTACTTACGCCCAAATGCGTTAGATAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/1759618‑1759797 | ggATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTcc > 1:1894662/1‑91 (MQ=255) agtaatagtaatgtgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTcc > 2:3293963‑M1/50‑91 (MQ=255) gATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCa < 2:1539538‑M2/91‑2 (MQ=255) tACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattag > 1:1605168‑M2/1‑84 (MQ=255) tACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattag < 1:637909‑M2/91‑8 (MQ=255) tACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattag < 2:1830200‑M2/91‑8 (MQ=255) taatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAgg > 2:2755377‑M1/42‑91 (MQ=255) cGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattaggag > 2:264922‑M2/1‑81 (MQ=255) cGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattaggag < 2:2619901‑M2/91‑11 (MQ=255) cGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattaggag > 2:3196196‑M2/1‑81 (MQ=255) atctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAg > 1:818760‑M1/40‑91 (MQ=255) gCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattaggagt < 1:2993336‑M2/91‑12 (MQ=255) cACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattaggagtt < 2:2469704‑M2/91‑13 (MQ=255) cACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattaggagtt > 2:1442019‑M2/1‑79 (MQ=255) 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aCAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTc > 2:2643132/1‑91 (MQ=255) aaTTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCaa < 2:1635805/91‑1 (MQ=255) tAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCa > 1:2041459/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCAc < 1:1485761/91‑1 (MQ=255) aaTTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACg < 1:3034209/91‑1 (MQ=255) aaTTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACg < 1:378787/91‑1 (MQ=255) aTTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACgg > 2:3743233/1‑91 (MQ=255) aTTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACgg < 2:224138/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |