| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1838263 | 164 (0.810) | 26 (0.150) | 10/140 | NT | 15.2% | intergenic (‑67/+40) | gph_2/nagE | Phosphoglycolate phosphatase/PTS system N‑acetylglucosamine‑specific EIICBA component |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1838279 | 147 (0.830) | intergenic (‑83/+24) | gph_2/nagE | Phosphoglycolate phosphatase/PTS system N‑acetylglucosamine‑specific EIICBA component | |||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
TTCTTCACAATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAA > USA300TCH1516_ALE/1838189‑1838369 | tgtcggtacacacgtacagcaggttgctgatgaaattgaaaaacatttataaaatttaaacagctAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGa > 2:2619870‑M1/66‑91 (MQ=255) tcttcACAATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAt < 1:1368152‑M2/91‑2 (MQ=255) cttcACAATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtt < 2:3949077‑M2/91‑3 (MQ=255) cttcACAATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtt < 1:1845358‑M2/91‑3 (MQ=255) cttcACAATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtt > 1:1611554‑M2/1‑89 (MQ=255) cttcACAATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtt < 2:101941‑M2/91‑3 (MQ=255) cttcACAATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtt > 1:3428811‑M2/1‑89 (MQ=255) ctgcacgATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGAGATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCATACCCGATTGAAGTTAGAtt < 2:3243289/88‑1 (MQ=255) ttcACAATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAttt > 2:1678922‑M2/1‑88 (MQ=255) cggtacacacgtacagcaggttgctgatgaaattgaaaaacatttataaaatttaaacagctAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAttt > 2:101376‑M1/63‑91 (MQ=255) tcACAATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtttg < 2:3898639‑M2/91‑5 (MQ=255) gtacacacgtacagcaggttgctgatgaaattgaaaaacatttataaaatttaaacagctAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTgc > 2:1401730‑M1/61‑91 (MQ=255) gtacacacgtacagcaggttgctgatgaaattgaaaaacatttataaaatttaaacagctAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTgc > 2:620331‑M1/61‑91 (MQ=255) cacaATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtttgc > 1:469298‑M2/1‑86 (MQ=255) acaATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtttgcg > 2:2145889‑M2/1‑85 (MQ=255) caATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtttgcgc > 1:3080043‑M2/1‑84 (MQ=255) caATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtttgcgc < 2:548243‑M2/91‑8 (MQ=255) aaTCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtttgcgct > 2:2206773‑M2/1‑83 (MQ=255) aTCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtttgcgctt < 1:2608318‑M2/91‑10 (MQ=255) cccACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAg > 2:3871701/1‑91 (MQ=255) ccACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGc > 2:3138975/1‑91 (MQ=255) cACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCt < 2:2673493/91‑1 (MQ=255) cACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCt > 2:1966157/1‑91 (MQ=255) aCTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTCCTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTg > 2:1067301/1‑91 (MQ=255) tCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGtt < 1:3601663/91‑1 (MQ=255) gcaggttgctgatgaaattgaaaaacatttataaaatttaaacagctAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGttt > 1:146538‑M1/48‑91 (MQ=255) tttCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTaaa > 2:3957161/1‑91 (MQ=255) ttCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAAt > 1:521310/1‑91 (MQ=255) tCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAAtt < 2:3660829/91‑1 (MQ=255) cTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAAttt > 2:3180298/1‑91 (MQ=255) gAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTta > 2:2284090/1‑91 (MQ=255) gAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTta < 2:2442930/91‑1 (MQ=255) aaaTTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTtata < 2:3238827/91‑1 (MQ=255) aTTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATaaa < 1:2553178/91‑1 (MQ=255) aTTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATaaa < 1:3534353/91‑1 (MQ=255) ttCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAAt < 1:3104478/91‑1 (MQ=255) tCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTATATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATg < 2:2350409/91‑1 (MQ=255) aGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGtt < 1:691612/91‑1 (MQ=255) 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aaTCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGCTTAAATTTTATAAATGCTTTTCAAt > 1:2269763/1‑91 (MQ=255) cATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGTGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTtc < 1:3677435/91‑1 (MQ=255) cATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTtc < 2:1159995/91‑1 (MQ=255) cATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTtc < 2:398146/91‑1 (MQ=255) aTTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTtca > 2:1212290/1‑91 (MQ=255) aTTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTtca > 1:107248/1‑91 (MQ=255) aTTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTtca > 2:89137/1‑91 (MQ=255) actaTTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGc < 1:813321/91‑1 (MQ=255) ctaTTTGCCTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCa < 1:1958071/91‑1 (MQ=255) ctaTTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCa < 1:1772224/91‑1 (MQ=255) taTTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCaa < 1:3884895/91‑1 (MQ=255) aTTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAAc > 2:2212752/1‑91 (MQ=255) ttGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACct > 1:2038174/1‑91 (MQ=255) gACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACctgc > 1:3615784/1‑91 (MQ=255) cTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACctgctg > 1:2514278/1‑91 (MQ=255) aaaaaaaGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTa < 2:3349450/91‑1 (MQ=255) aaaaaaaGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTa > 2:12703/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTAc < 1:961389/91‑1 (MQ=255) aaaaGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACgt < 1:2757470/91‑1 (MQ=255) aaaaGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACgt > 1:2200490/1‑91 (MQ=255) aaaaGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACgt < 1:3033490/91‑1 (MQ=255) AAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACgtgt < 1:2798899‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACgtgtg < 1:1191121‑M1/91‑1 (MQ=255) GCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACgtgtgt < 2:740557‑M1/91‑1 (MQ=255) 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aCCCTATTGAAGTTAGAtttgcgctttttttagtcaaatagtagaatgatttatatctgaattttcagaaatggagtggggattgtgaaga < 1:1301937‑M2/91‑75 (MQ=255) cccTATTGAAGTTAGAtttgcgctttttttagtcaaatagtagaatgatttatatctgaattttcagaaatggagtggggattgtgaagaa < 1:1952902‑M2/91‑76 (MQ=255) cccTATTGAAGTTAGAtttgcgctttttttagtcaaatagtagaatgatttatatctgaattttcagaaatggagtggggattgtgaagaa < 1:791529‑M2/91‑76 (MQ=255) cccTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACa > 1:3716521/1‑91 (MQ=255) cTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAAt < 1:103609/91‑1 (MQ=255) tATTTAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATa < 1:3299567/91‑1 (MQ=255) aTTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATaa < 1:810211/91‑1 (MQ=255) tGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTAATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATACCt > 1:15979/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |