| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2248208 = | 209 (1.030) | 23 (0.120) | 10/150 | NT | 10.9% | intergenic (+2/+128) | coaW/USA300HOU_RS11505 | Type II pantothenate kinase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2248263 = | 182 (0.950) | intergenic (+57/+73) | coaW/USA300HOU_RS11505 | Type II pantothenate kinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
AGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGTTCATT > USA300TCH1516_ALE/2248173‑2248353 | aGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCtttta < 1:3577431/91‑1 (MQ=255) ggTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGCAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATACACGCTCTCTAAATGGCCttttat > 2:18287/1‑91 (MQ=255) gTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCttttatt < 1:334547/91‑1 (MQ=255) gTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCttttatt < 2:1119469/91‑1 (MQ=255) gCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCttttatttt < 2:2345230/91‑1 (MQ=255) tATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTtttattttat < 1:3285026/91‑1 (MQ=255) aTTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATg < 2:3243752/91‑1 (MQ=255) tGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGt < 1:3526821/91‑1 (MQ=255) ggTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTc > 1:2567408/1‑91 (MQ=255) ggTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTc < 2:1238937/91‑1 (MQ=255) ggTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTc < 2:2397838/91‑1 (MQ=255) cATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAg < 2:1375064/91‑1 (MQ=255) cATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATGTTATGGTCTAAg > 1:191071/1‑91 (MQ=255) ttATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAgtg > 2:1724549/1‑91 (MQ=255) ttATATTTAGAAAAACAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAgtg > 1:1661660/1‑91 (MQ=255) tataTTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAgtgt > 2:1464064/1‑91 (MQ=255) tataTTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAgtgt > 1:1127890/1‑91 (MQ=255) atatTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGtt < 1:3488233/91‑1 (MQ=255) atatTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGtt < 2:2300271/91‑1 (MQ=255) atTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGtttt < 1:2619893/91‑1 (MQ=255) atTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGtttt > 2:3952177/1‑91 (MQ=255) tttAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTg > 1:1039629/1‑91 (MQ=255) ttAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGa > 1:3203308/1‑91 (MQ=255) gtagaaaaatagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGa < 2:3937802/90‑1 (MQ=255) tagaaaaatagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGaa < 1:42121/91‑1 (MQ=255) gaaaaatagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATa > 2:3627837/1‑91 (MQ=255) aaaaatagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATAc < 1:1330873/91‑1 (MQ=255) aaaatagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACg < 1:3915704/91‑1 (MQ=255) aaatagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGt < 2:3453127/91‑1 (MQ=255) aaatagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGt < 2:571183/91‑1 (MQ=255) atagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTAt < 2:277645/91‑1 (MQ=255) tagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTAtt > 2:1785217/1‑91 (MQ=255) gaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAACTGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGACTCCGTATTGt > 2:2521441/1‑91 (MQ=255) gaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGt < 1:884719/91‑1 (MQ=255) gaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGt > 2:1870018/1‑91 (MQ=255) gaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGt > 1:2445492/1‑91 (MQ=255) gaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGt > 2:1084906/1‑91 (MQ=255) gaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGt > 1:1422095/1‑91 (MQ=255) gaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGt > 1:1937500/1‑91 (MQ=255) AAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTc < 2:1548076‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTc > 2:2763702‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTc < 1:3417186‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAGACAATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCCTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTc < 2:3684450‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaggccatttatatagcgtttatttaaaacaacgcgcatataaatggtcttttATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTcc > 1:2892780‑M2/55‑91 (MQ=255) aaaggccatttatatagcgtttatttaaaacaacgcgcatataaatggtcttttATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTcc > 2:161489‑M2/55‑91 (MQ=255) aaaggccatttatatagcgtttatttaaaacaacgcgcatataaatggtcttttATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATAGTTcc > 2:3206357‑M2/55‑91 (MQ=255) aggccatttatatagcgtttatttaaaacaacgcgcatataaatggtcttttATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCAt > 1:2574649‑M2/53‑91 (MQ=255) aggccatttatatagcgtttatttaaaacaacgcgcatataaatggtattttATTTTATGGTATAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCAt > 2:1306486‑M2/53‑91 (MQ=255) ccatttatatagcgtttatttaaaacaacgcgcatataaatggtcttttCTTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATtta > 2:1694979‑M2/50‑91 (MQ=255) ccatttatatagcgtttatttaaaacaacgcgcatataaatggtcttttATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATtta > 2:1690071‑M2/50‑91 (MQ=255) ccATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATtta > 1:3737414/1‑91 (MQ=255) aTTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATGGTTCCATttatt < 1:3026598/91‑1 (MQ=255) ttATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTtattat > 1:3267679/1‑91 (MQ=255) tatatagcgtttatttaaaacaacgcgcatataaatggtcttttATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATc > 2:2669130‑M2/45‑91 (MQ=255) tatatagcgtttatttaaaacaacgcgcatataaatggtcttttATTTTATGGTATAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATc > 1:2607187‑M2/45‑91 (MQ=255) atatGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCa < 1:2332976/91‑1 (MQ=255) atGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACt < 2:315831/91‑1 (MQ=255) tGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACtt < 2:1402330/91‑1 (MQ=255) tGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACtt < 1:1483920/91‑1 (MQ=255) tGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACtt < 1:2489178/91‑1 (MQ=255) gcgcGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTa > 2:3354214/1‑91 (MQ=255) gcgcGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTa > 2:2115010/1‑91 (MQ=255) 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aataaaCGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACt > 1:952583/1‑91 (MQ=255) ataaaCGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtc > 2:2603124/1‑91 (MQ=255) ataaaCGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtc < 1:971625/91‑1 (MQ=255) cgcgcatataaatggccttttAGTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaatt < 2:3192134‑M2/70‑1 (MQ=255) aCGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaatt < 1:2137000/91‑1 (MQ=255) cGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaattc > 2:3849643/1‑91 (MQ=255) cGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaattc > 1:3236825/1‑91 (MQ=255) gCTGTATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCT‑AGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaattcaa < 1:2167179/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |