| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2259385 = | 215 (1.060) | 19 (0.110) | 9/140 | NT | 9.8% | intergenic (‑30/+642) | USA300HOU_RS11560/USA300HOU_RS11565 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2259420 = | 162 (0.910) | intergenic (‑65/+607) | USA300HOU_RS11560/USA300HOU_RS11565 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
CAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCATTTCCTATAACATTGTAGCGCCCAGGACA > USA300TCH1516_ALE/2259330‑2259510 | cAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCtt < 1:2688940/91‑1 (MQ=255)cAAAAATAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCtt < 2:3833336/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTa > 2:3759501/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTa > 2:1634074/1‑91 (MQ=255) aaaaTAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTAt > 2:2349437/1‑91 (MQ=255) aaaTAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATg < 2:1214531/91‑1 (MQ=255) aaaTAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATg < 2:2405789/91‑1 (MQ=255) aaaTAATTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATg > 2:460213/1‑91 (MQ=255) tcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGc > 1:1829260‑M1/52‑91 (MQ=255) tcgcagtgaacaaagggtatacagttgttcgcatacgcgtccaactgcataAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGc > 1:2618095‑M1/52‑91 (MQ=255) aataatTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGc < 2:3167566/91‑1 (MQ=255) ataatTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCa < 1:1774059/91‑1 (MQ=255) ataatTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCa < 1:3529274/91‑1 (MQ=255) aatTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGt < 2:3940138/91‑1 (MQ=255) aatTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGt < 1:1651006/91‑1 (MQ=255) aatTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGt < 1:3749227/91‑1 (MQ=255) atTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGtt > 2:1996022/1‑91 (MQ=255) atTCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGtt > 1:3409190/1‑91 (MQ=255) ttCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGTATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTg < 2:3123567/91‑1 (MQ=255) ttCGTTTCTGCTGTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTg > 2:1428047/1‑91 (MQ=255) tttCTGCTGTCATCTTAATCCTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGCAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGAcg > 2:2955446/1‑91 (MQ=255) ctgTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATg > 1:1557317/1‑91 (MQ=255) ctgTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATg < 2:3289069/91‑1 (MQ=255) gTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCg > 2:2531678/1‑91 (MQ=255) gTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCg > 1:2796673/1‑91 (MQ=255) gTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCg > 2:3738547/1‑91 (MQ=255) gTCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCg > 1:2032158/1‑91 (MQ=255) tCATCTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGa < 2:1348392/91‑1 (MQ=255) cTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGaacac > 2:1127339/1‑90 (MQ=255) cTTAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGaacaa > 2:66473/1‑91 (MQ=255) ttAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGaacaac > 2:1354569/1‑91 (MQ=255) ttAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGaacaac < 2:2046431/91‑1 (MQ=255) tAATACTCCTTAACCTGACTAAATTTTAGAAACACAATGAATTACACTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACt > 2:3535714/1‑91 (MQ=255) tAATACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACt < 1:738317/91‑1 (MQ=255) aTACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGt > 1:3376821/1‑91 (MQ=255) aTACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGt > 2:2297401/1‑91 (MQ=255) tACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTGTGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGta > 1:1161284/1‑91 (MQ=255) tACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGta > 1:780473/1‑91 (MQ=255) tACTCCTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGta < 2:772502/91‑1 (MQ=255) cTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATAccc < 2:2934328/91‑1 (MQ=255) cTTAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATAccc > 1:185212/1‑91 (MQ=255) ttAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCt > 1:1885813/1‑91 (MQ=255) tAACCTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCtt > 1:227878/1‑91 (MQ=255) ccTGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGt < 1:3834609/91‑1 (MQ=255) tGAATAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTc < 1:1029084/91‑1 (MQ=255) aaTAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCAc > 1:97923/1‑91 (MQ=255) aaTAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCAc < 1:356883/91‑1 (MQ=255) aaTAAATTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCAc > 2:3404922/1‑91 (MQ=255) aTTTTAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGa < 1:2482192/91‑1 (MQ=255) ttttAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAt > 2:2791044/1‑91 (MQ=255) ttttAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAt > 1:1676871/1‑91 (MQ=255) ttAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAttt > 1:112431/1‑91 (MQ=255) ttAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAtta < 2:2251304/91‑2 (MQ=255) ttAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAtta < 2:2139033/91‑2 (MQ=255) tAGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGAttaa < 1:2224366/91‑3 (MQ=255) agaaacactaaaagaatgtaattcatagtgtttctTAGGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTa > 2:888688‑M2/36‑91 (MQ=255) AGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGAGGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTa < 1:3945346‑M1/91‑1 (MQ=255) AGAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACCGcgattaaa > 1:1982637‑M1/1‑88 (MQ=255) GAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTaa > 2:1902777‑M1/1‑91 (MQ=255) GAAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTaa > 1:444726‑M1/1‑91 (MQ=255) AAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTTTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAAt < 1:1503420‑M1/91‑1 (MQ=255) AAACACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAAt < 1:376108‑M1/91‑1 (MQ=255) cactaaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGc > 1:537823‑M2/31‑91 (MQ=255) cactaaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGc > 1:360188‑M2/31‑91 (MQ=255) CACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGc > 1:1290613‑M1/1‑91 (MQ=255) CACTATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGc > 2:512305‑M1/1‑91 (MQ=255) ctaaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCAt > 1:562627‑M2/29‑91 (MQ=255) ctaaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCAt > 2:93551‑M2/29‑91 (MQ=255) taaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCAtt > 1:3664070‑M2/28‑91 (MQ=255) TATGAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCAtt < 1:1212886‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaagaatgtaattcatagtgtttctTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCAttt > 1:2980874‑M2/27‑91 (MQ=255) gAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCATTTcc > 2:1057959/1‑91 (MQ=255) gAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCATTTcc > 1:3290327/1‑91 (MQ=255) gAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCATTTcc < 2:2478836/91‑1 (MQ=255) gAATTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCATTTcc > 1:829599/1‑91 (MQ=255) aTTGCATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCATTTCCta < 1:3114170/91‑1 (MQ=255) aTTACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATCTTAATCGCATTTCCta > 2:1185375/1‑91 (MQ=255) ttACATTCTTTTAGTGTTTCTTATGCAGTTGGACGCGTATGCGAACAACTGTATACCCTTTGTTCACTGCGATTTTAATCGCATTTCCtat < 2:3069086/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |