New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2533537 = | 140 (0.690) | 21 (0.120) | 8/142 | NT | 13.3% | intergenic (+33/+64) | femA_3/tcyC_2 | Aminoacyltransferase FemA/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC |
? | USA300TCH1516_ALE | 2533595 = | 150 (0.830) | intergenic (+91/+6) | femA_3/tcyC_2 | Aminoacyltransferase FemA/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
ATATCGCTCCAAGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCTCTTCTGGAGCCCCTTGTTCT > USA300TCH1516_ALE/2533506‑2533685 | atatCGCTCCAAGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTAt < 1:2417855/91‑1 (MQ=255) atatCGCTCCAAGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGTATACGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTAt > 2:1294559/1‑91 (MQ=255) tCGCTCCAAGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTg > 2:72190/1‑91 (MQ=255) cGCTCCAAGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGa > 2:1561284/1‑91 (MQ=255) gCTCCAAGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGat > 2:955464/1‑91 (MQ=255) gCTCCAAGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGat > 1:3906662/1‑91 (MQ=255) gCTCCAAGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGat < 1:2321618/91‑1 (MQ=255) cAAGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGattatt > 1:184240/1‑91 (MQ=255) aaGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTAttc < 1:883028/91‑1 (MQ=255) gATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTAttctt > 1:2513268/1‑91 (MQ=255) ttATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCa < 1:663205/91‑1 (MQ=255) tATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCAt > 1:2114422/1‑91 (MQ=255) tATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCAt > 1:2899638/1‑91 (MQ=255) tATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCAt < 2:2745378/91‑1 (MQ=255) aTGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCAtt > 1:1398422/1‑91 (MQ=255) aTGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCAtt > 1:51600/1‑91 (MQ=255) gACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTta > 1:1829476/1‑91 (MQ=255) acaacaTAAGAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTtat < 1:3547222/91‑1 (MQ=255) acaacaTAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTtat < 1:2476469/91‑1 (MQ=255) aacaTAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATaa < 1:96150/91‑1 (MQ=255) aacaTAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATaa < 1:1353856/91‑1 (MQ=255) aTAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACAt < 2:2808066/91‑1 (MQ=255) aaGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGa > 1:3652238/1‑91 (MQ=255) aaGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGa > 1:1075709/1‑91 (MQ=255) GAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGaaa < 1:2776717‑M1/91‑1 (MQ=255) GAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGaaa < 1:2778844‑M1/91‑1 (MQ=255) AACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAAc > 1:70801‑M1/1‑91 (MQ=255) AACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAAc > 2:1267635‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACg > 2:3132947‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACg < 2:1008576‑M1/91‑1 (MQ=255) CACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTc < 2:1906200‑M1/91‑1 (MQ=255) ACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCt < 2:1073455‑M1/91‑1 (MQ=255) ACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCt < 2:2678349‑M1/91‑1 (MQ=255) CGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTCAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTCAGAAACGTCtt < 2:3018093‑M1/91‑1 (MQ=255) CGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCtt < 2:1395715‑M1/91‑1 (MQ=255) CGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCtt < 1:1251893‑M1/91‑1 (MQ=255) CGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCtt > 2:2599033‑M1/1‑91 (MQ=255) GCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTa < 2:3210986‑M1/91‑1 (MQ=255) catcatGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTaa < 2:44274/91‑1 (MQ=255) catcatGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTaa < 1:2208705/91‑1 (MQ=255) tcatGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAtt < 2:1541989/91‑1 (MQ=255) catGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttc < 2:2741077/91‑1 (MQ=255) catGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttc > 2:2300325/1‑91 (MQ=255) catGTATATGGCGTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttc < 2:221127/91‑1 (MQ=255) atgttttagtatggcgatgaagccatatacatgatgcgtggttctATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttct > 1:3781210‑M2/46‑91 (MQ=255) atgttttagtatggcgatgaagccatatacatgatgcgtggttctATTTGATTATTCTTCA‑TTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttctt > 1:1601861‑M2/46‑91 (MQ=255) atGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttct < 1:368306/91‑1 (MQ=255) atGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttct < 2:814597/91‑1 (MQ=255) atGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttct < 1:1101652/91‑1 (MQ=255) tgttttagtatggcgatgaagccatatacatgatgcgtggttctATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttctt > 1:2817012‑M2/45‑91 (MQ=255) tgttttagtatggcgatgaagccatatacatgatgcgtggttctATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttctt < 2:1772023‑M2/47‑1 (MQ=255) tGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttctt < 2:1586905/91‑1 (MQ=255) gttttagtatggcgatgaagccatatacatgatgcgtggttctATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttcttc > 2:1791579‑M2/44‑91 (MQ=255) gttttagtatggcgatgaagccatatacatgatgcgtggttctATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttcttc > 2:580490‑M2/44‑91 (MQ=255) gttttagtatggcgatgaagccatatacatgatgcgtggttctATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttcttc > 1:3554263‑M2/44‑91 (MQ=255) gttttagtatggcgatgaagccatatacatgatgcgtggttctATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttcttc > 1:2501030‑M2/44‑91 (MQ=255) gttttagtatggcgatgaagccatatacatgatgcgtggttctATGTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttcttc > 2:2417936‑M2/44‑91 (MQ=255) tagtatggcgatgaagccatatacatgatgcgtggttctATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGtt > 1:195841‑M2/40‑91 (MQ=255) atGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGtt > 1:3398857/1‑91 (MQ=255) tGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGttt < 2:214031/91‑1 (MQ=255) ggCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGtttt > 1:289307/1‑91 (MQ=255) cTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCg > 1:200150/1‑91 (MQ=255) ttCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCgg < 1:1698378/91‑1 (MQ=255) tCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGa > 2:1218468/1‑91 (MQ=255) tCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGa > 1:832591/1‑91 (MQ=255) tCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGa > 2:197142/1‑91 (MQ=255) cGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGgatgat > 1:3193657/1‑91 (MQ=255) cGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGAt > 1:3898313/1‑91 (MQ=255) cGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGAt > 2:1308836/1‑91 (MQ=255) gCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGAtt < 1:689901/91‑1 (MQ=255) gCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGAtt > 2:1733921/1‑91 (MQ=255) aTACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGaa > 2:3241196/1‑91 (MQ=255) aTACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGaa < 2:136711/91‑1 (MQ=255) aTACTAAAACATGATACGTGGTTCGATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGaa < 2:3686711/91‑1 (MQ=255) tACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAAc < 2:2565512/91‑1 (MQ=255) tACTAAAACATGATACATGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAAc < 2:2901874/91‑1 (MQ=255) cTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACAt > 2:3893442/1‑91 (MQ=255) cTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACAt > 2:3867357/1‑91 (MQ=255) tAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACAtc < 1:1473690/91‑1 (MQ=255) aaaCATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACAtctc > 1:2055517/1‑91 (MQ=255) aaCATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATctct > 1:2971078/1‑91 (MQ=255) aaCATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATctct < 1:414019/91‑1 (MQ=255) aCATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACGTTGAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCtctt < 2:3810635/91‑1 (MQ=255) aCATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCtctt > 2:3534180/1‑91 (MQ=255) cATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCtcttc > 2:758654/1‑91 (MQ=255) aTGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCtcttct < 1:2546956/91‑1 (MQ=255) aTGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCtcttct > 2:1509818/1‑91 (MQ=255) tGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACGTCTCTTCTg > 2:3054262/1‑91 (MQ=255) gATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCTCTTCTgg < 2:1768037/91‑1 (MQ=255) aTACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCTCTTCTGGa > 1:3700894/1‑91 (MQ=255) tACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCTCTTCTGGAg > 2:879118/1‑91 (MQ=255) tACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCTCTTCTGGAg > 2:338215/1‑91 (MQ=255) tACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCTCTTCTGGAg < 2:3751605/91‑1 (MQ=255) aCGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCTCTTCTGGAGc > 1:1618807/1‑91 (MQ=255) cgtggttctATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCTCTTCTGGAGcc < 2:3450173‑M2/82‑1 (MQ=255) gtggttctATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCTCTTCTGGAGccc < 2:2837242‑M2/83‑1 (MQ=255) tggttctATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCTCTTCTGGAGcccc > 1:3311929‑M2/8‑91 (MQ=255) tggttctATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCTCTTCTGGAGcccc > 1:1704363‑M2/8‑91 (MQ=255) gttctATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCTCTTCTGGAGCCCCtt < 1:3051303‑M2/86‑1 (MQ=255) tATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCTCTTCTGGAGCCCCTTGTTc < 1:2353342‑M2/90‑1 (MQ=255) | ATATCGCTCCAAGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGTATATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCTCTTCTGGAGCCCCTTGTTCT > USA300TCH1516_ALE/2533506‑2533685 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |