New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2605648 = | 229 (1.120) | 31 (0.170) | 15/146 | NT | 13.7% | intergenic (‑442/+10) | ahpD/USA300HOU_RS13415 | Alkyl hydroperoxide reductase AhpD/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2605673 = | 183 (0.990) | coding (405/420 nt) | USA300HOU_RS13415 | hypothetical protein |
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
TTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCACTTTTTATCATAGCG > USA300TCH1516_ALE/2605583‑2605763 | ttATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCtttt < 1:3913988/91‑1 (MQ=255) tataTTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCttttt > 2:2798760/1‑91 (MQ=255) ataaattagtaaaaccagcacatgaaagaaaatcaccagaaaaaatcaaagaagaattagataaaaaagaaggccctagtggccttctttt < 2:2430168‑M2/1‑1 (MQ=255) tatTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTa > 2:1293834/1‑91 (MQ=255) aaTTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTa > 1:3348015/1‑91 (MQ=255) aaTTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTa < 1:1881642/91‑1 (MQ=255) ttGCGAAGCACCTGCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAAt < 2:1640696/91‑1 (MQ=255) tGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAAtt < 2:1056169/91‑1 (MQ=255) gCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAAttc > 2:1906820/1‑91 (MQ=255) gCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAAttc > 1:1724443/1‑91 (MQ=255) cGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAAttct < 2:2311378/91‑1 (MQ=255) aaaCACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAAATAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAAttcttc > 2:3849878/1‑91 (MQ=255) aaCACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATtcttct > 2:2131482/1‑91 (MQ=255) aaCACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATtcttct > 2:3232364/1‑91 (MQ=255) aaCACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATacttct > 2:1868656/1‑91 (MQ=255) acacCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTcttctt < 1:1453998/91‑1 (MQ=255) cacCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCttt > 2:1706161/1‑91 (MQ=255) acCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTg > 1:900539/1‑91 (MQ=255) acCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTg < 1:2306603/91‑1 (MQ=255) ccTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGa < 2:158258/91‑1 (MQ=255) ccTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGa < 2:1361249/91‑1 (MQ=255) ccTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGa < 2:369612/91‑1 (MQ=255) cTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGAt > 2:1945421/1‑91 (MQ=255) cTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGAt > 2:3924456/1‑91 (MQ=255) acatgaaagaaaatcaccagaaaaaatcaaagaagaattagataaaaaagaagaccctagtggccttctttTTTATCTAATTCTTCTTTGa < 1:1377007‑M2/20‑1 (MQ=255) ttCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGAtt < 2:2948368/91‑1 (MQ=255) tCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGAttt > 1:2401701/1‑91 (MQ=255) tCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGAttt > 1:2218247/1‑91 (MQ=255) tCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGAttt > 2:2280542/1‑91 (MQ=255) cGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGAtttt < 2:1794378/91‑1 (MQ=255) gATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTGTCTAATTCTTCTTTGAttttt < 1:544107/91‑1 (MQ=255) tAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTc < 2:3733307/91‑1 (MQ=255) aGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCt < 1:269988/91‑1 (MQ=255) aaatcaccagaaaaaatcaaagaagaattagataaaaaagaagaccctagtggccttctttTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTgg < 2:421900‑M2/30‑1 (MQ=255) tGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGa < 2:147826/91‑1 (MQ=255) aTAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGAtttt < 2:3755449/91‑1 (MQ=255) aTAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGAtttt > 1:771348/1‑91 (MQ=255) attattGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATtttcttt < 2:674872/91‑1 (MQ=255) tgtgggAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCa < 2:2448605/87‑1 (MQ=255) attGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCAt > 1:2145140/1‑91 (MQ=255) ttGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGTTTTTCTTTCAtg > 1:3574596/1‑91 (MQ=255) ttGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCAtg < 1:808555/91‑1 (MQ=255) ttGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCAtg < 1:3264023/91‑1 (MQ=255) tGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGTCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCAtgt < 2:2154110/91‑1 (MQ=255) tGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCAtgt < 1:1688199/91‑1 (MQ=255) tGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCATTGATTTTTTCTGGTGTTTTTCTTTCAtgt > 2:3948225/1‑91 (MQ=255) tGGAAGACTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCAtgt < 1:1960287/91‑1 (MQ=255) ggAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCAtgtg > 2:2168065/1‑91 (MQ=255) gAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGc < 1:65062/91‑1 (MQ=255) gAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGc < 1:2978282/91‑1 (MQ=255) gAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGc > 2:1177753/1‑91 (MQ=255) gAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGc > 1:2079221/1‑91 (MQ=255) aaGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATATGCt > 1:3296446/1‑91 (MQ=255) aGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTg > 1:3709185/1‑91 (MQ=255) tAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGttt < 1:1461146/91‑1 (MQ=255) tAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGttt < 1:707110/91‑1 (MQ=255) aaaTCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGtttt > 1:3761423/1‑91 (MQ=255) aaTCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTta > 2:3012941/1‑91 (MQ=255) ttagataaaAAAGAAGGCCACTAG‑GGTCTTCTTTATTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTtaa < 1:1785668‑M1/82‑1 (MQ=255) aTCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTtaa < 1:1317988/91‑1 (MQ=255) aTCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTtaa > 2:2291659/1‑91 (MQ=255) aTCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTtaa > 1:1085005/1‑91 (MQ=255) tagataaaAAAGAAGGCCACTAG‑GGTCTTCTTTATTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTtaat < 1:978795‑M1/83‑1 (MQ=255) aaaaaTAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTtaataa < 1:1564074/91‑1 (MQ=255) aaaTAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAAtt < 2:1021711/91‑1 (MQ=255) aaTAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAAttt > 1:3437650/1‑91 (MQ=255) AAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCt < 2:1302011‑M1/91‑1 (MQ=255) GAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTAc < 2:489423‑M1/91‑1 (MQ=255) GAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTAc > 1:1810192‑M1/1‑91 (MQ=255) GAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTAc > 1:61116‑M1/1‑91 (MQ=255) GAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTAc > 1:2747144‑M1/1‑91 (MQ=255) gaaggccactagggtcttctttTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTAc > 1:310041‑M2/23‑91 (MQ=255) aaggccactagggtcttctttTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACt > 2:2401124‑M2/22‑91 (MQ=255) AGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTc > 1:1070895‑M1/1‑91 (MQ=255) AGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTc > 1:1474110‑M1/1‑91 (MQ=255) ggccactagggtcttctttTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTcc > 1:2113198‑M2/20‑91 (MQ=255) aCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCt < 2:77240/91‑1 (MQ=255) aCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCt < 2:3642817/91‑1 (MQ=255) aCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATATACTCCt > 2:3518245/1‑91 (MQ=255) aCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAACTTATCTACTCCt > 2:3289237/1‑91 (MQ=255) cc‑cTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCtt < 1:3194507/91‑1 (MQ=255) ccactagggtcttctttTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCtt > 1:668580‑M2/18‑91 (MQ=255) ccactagggtcttctttTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCtt > 2:3493396‑M2/18‑91 (MQ=255) ccactagggtcttctttTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCtt > 2:257697‑M2/18‑91 (MQ=255) ccactagggtcttctgtTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTATCTTTCATGTGCTGGTTTTAACGCTTTATCTGctccct > 2:1225234‑M2/18‑89 (MQ=255) c‑cTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTc < 1:3620670/91‑1 (MQ=255) 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tctttTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCACTTTTTATCa > 2:3074681‑M2/6‑91 (MQ=255) tctttTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCACTTTTTATCa < 1:1107400‑M2/86‑1 (MQ=255) ctttTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCACTTTTTATCAt < 1:2626062‑M2/87‑1 (MQ=255) ctttTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCACTTTTTATCAt > 1:290694‑M2/5‑91 (MQ=255) tttTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCACTTTTTATCATa > 2:2875909‑M2/4‑91 (MQ=255) tttATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCACTTTTTATCATAgcg < 1:3385733/91‑1 (MQ=255) | TTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCACTTTTTATCATAGCG > USA300TCH1516_ALE/2605583‑2605763 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |