New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2684279 = | 151 (0.740) | 12 (0.070) | 9/136 | NT | 8.3% | intergenic (+38/+132) | mvaS/ogt | Hydroxymethylglutaryl‑CoA synthase/Methylated‑DNA‑‑protein‑cysteine methyltransferase |
? | USA300TCH1516_ALE | 2684320 = | 138 (0.800) | intergenic (+79/+91) | mvaS/ogt | Hydroxymethylglutaryl‑CoA synthase/Methylated‑DNA‑‑protein‑cysteine methyltransferase |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
GACCAGAGTAGTCGGTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGAAGTTTTCCTAATGCCTGGATCCTTTATA > USA300TCH1516_ALE/2684231‑2684408 | aaataggcataatgaattcattcaatacgaagtgttataaatagagaacagcagtaagaccacttctaattgaaatcgtcttactgctgtt < 1:3751380‑M2/2‑1 (MQ=255) aCCAGAGTAGTCGGTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTtc < 1:2210151/91‑1 (MQ=255) ccAGAGTAGTCGGTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTtct > 2:1533201/1‑91 (MQ=255) cAGAGTAGTCGGTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTtctc < 1:2360405/91‑1 (MQ=255) gagTAGTCGGTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTa > 1:3434768/1‑91 (MQ=255) gagTAGTCGGTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTa > 1:2018741/1‑91 (MQ=255) gagTAGTCGGTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTa > 2:3691514/1‑91 (MQ=255) agtagtCGGTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTAt > 1:68205/1‑91 (MQ=255) agtagtCGGTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTAt > 1:505383/1‑91 (MQ=255) agtagtCGGTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTAt > 2:2519791/1‑91 (MQ=255) agtagtCGGTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTAt > 1:337844/1‑91 (MQ=255) tagtCGGTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGGTGTTCTCTAttt < 1:3026129/91‑1 (MQ=255) tagtCGGTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTAttt > 2:61571/1‑91 (MQ=255) agtCGGTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTta > 2:2972465/1‑91 (MQ=255) gtCGGTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTtat > 2:791205/1‑91 (MQ=255) gtCGGTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTtat > 2:859063/1‑91 (MQ=255) tCGGTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTtata < 1:3438389/91‑1 (MQ=255) cGGTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATaa < 1:947244/91‑1 (MQ=255) ggTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAac < 1:2579937/91‑1 (MQ=255) ggTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAac < 1:134805/91‑1 (MQ=255) ggTGTATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAac > 1:2757756/1‑91 (MQ=255) gtgtATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAaca < 2:710487/91‑1 (MQ=255) gtgtATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAaca > 2:3347290/1‑91 (MQ=255) tgtATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAacac < 1:1034874/91‑1 (MQ=255) gtATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACt < 2:2002119/91‑1 (MQ=255) tATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACtt < 1:3115782/91‑1 (MQ=255) tATTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACtt < 2:3922936/91‑1 (MQ=255) tATTTAAAACACATACAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACtt > 2:1943768/1‑91 (MQ=255) aTTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTc < 2:1637810/91‑1 (MQ=255) aTTTAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTc < 2:3656485/91‑1 (MQ=255) tttAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCg > 2:234282/1‑91 (MQ=255) tttAAAACACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCg > 2:956680/1‑91 (MQ=255) aaaCACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTAtt > 1:2283372/1‑91 (MQ=255) aaCACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtg < 1:3564879/91‑1 (MQ=255) aaCACATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtg < 2:1550671/91‑1 (MQ=255) acacATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtga < 2:3713319/91‑1 (MQ=255) acacATATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtga < 1:2397091/91‑1 (MQ=255) cacaTATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtgaa < 1:1006092/91‑1 (MQ=255) caTATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtgactg > 2:1123959/1‑91 (MQ=255) caTATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtgaatg > 1:26692/1‑91 (MQ=255) caTATAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtgaatg > 2:1123868/1‑91 (MQ=255) atatAATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtgaatga > 1:2329323/1‑91 (MQ=255) tataATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtgaatgaa < 2:1589195/91‑1 (MQ=255) ataataAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTgaatgaat < 2:3281022/91‑1 (MQ=255) ataataAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTgaatgaat < 1:2471481/91‑1 (MQ=255) taataaAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAAtt > 2:2093653/1‑91 (MQ=255) aataaAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAGTTc > 2:3956067/1‑91 (MQ=255) aataaAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTc < 1:2129884/91‑1 (MQ=255) aaaaCCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCAtt < 1:366905/91‑1 (MQ=255) aaaCCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTa < 1:2474284/91‑1 (MQ=255) aaCCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTAt < 1:3250727/91‑1 (MQ=255) aaCCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTAt > 2:1790256/1‑91 (MQ=255) aCCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTAGTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATg < 2:3549071/91‑1 (MQ=255) ccTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGc > 1:1116981/1‑91 (MQ=255) ccTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTAATGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGc > 2:2550057/1‑91 (MQ=255) cTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGcc < 1:2811532/91‑1 (MQ=255) cTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGcc > 1:2620597/1‑91 (MQ=255) tAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCt > 2:669179/1‑91 (MQ=255) aaaaGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTa > 2:127338/1‑91 (MQ=255) aaaGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTAt < 1:381565/91‑1 (MQ=255) aaGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTAtt > 2:1687848/1‑91 (MQ=255) aaGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTAtt > 2:2481758/1‑91 (MQ=255) 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AGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACattat < 1:849834‑M1/91‑1 (MQ=255) GACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACattatt > 1:2201292‑M1/1‑91 (MQ=255) acgatttcaattagaagtggtcttactgctgTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTg > 2:558835‑M2/32‑91 (MQ=255) cgatttcaattagaagtggtcttactgctgTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGa > 1:107670‑M2/31‑91 (MQ=255) gatttcaattagaagtggtcttactgctgTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGaa > 2:1408942‑M2/30‑91 (MQ=255) gatttcaattagaagtggtcttactgctgTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGaa > 2:3920123‑M2/30‑91 (MQ=255) cTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGAAGt > 1:2818748/1‑91 (MQ=255) tCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGAAGttt > 2:1216459/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |