| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2740979 | 120 (0.590) | 30 (0.180) | 15/132 | NT | 22.1% | intergenic (+21/+60) | yhdG_2/USA300HOU_RS14115 | putative amino acid permease YhdG/Isoleucine 2‑epimerase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2741001 | 113 (0.670) | intergenic (+43/+38) | yhdG_2/USA300HOU_RS14115 | putative amino acid permease YhdG/Isoleucine 2‑epimerase | |||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
AGACATTCTAAGAAAAATGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCAAAG > USA300TCH1516_ALE/2740911‑2741091 | atcaatatgacataacaggaaaaggttagtaatagcgattatcttaaaaaaaaaaAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGAtgt > 2:2640253‑M1/56‑91 (MQ=255)aGACATTCGAAGAAAAATGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGAtgt < 2:1443538/91‑1 (MQ=255) tcaatatgacacatctggacaaggttggtaatagcgattatcttaatataaaatAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGAtgtg > 1:3584081‑M1/55‑91 (MQ=255) gACATTCTAAGAAAAATGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTg > 2:1669694‑M2/1‑90 (MQ=255) caatatgacatatctggacaaggttggtaatagcgattatcttaatataaaatAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGAtgt > 1:3113070‑M1/54‑91 (MQ=255) caatatgacagatctggacaaggttggtaatagcgattatcttaatataaaatAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGAtgt > 2:1112238‑M1/54‑91 (MQ=255) aCATTCTAAGAAAAATGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTgg < 2:1900845‑M2/91‑3 (MQ=255) cATTCTAAGAAAAATGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTgga > 1:658479‑M2/1‑88 (MQ=255) cATTCTAAGAAAAATGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTgga > 1:2615137‑M2/1‑88 (MQ=255) aatatgacatatctggacaaggttggtaatagcgattatcttaatataaaatAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGa > 2:2381868‑M1/53‑91 (MQ=255) aatatgacatatctggacaaggttggtaatagcgattatcttaatataaaatAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGa > 2:353080‑M1/53‑91 (MQ=255) aatatgacatatctggacaaggttggtaataactattatcttaatataaaatAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATC‑AGATGTGGaa > 2:2617919‑M1/53‑91 (MQ=255) atatgacatatctggacaaggttggtaatagcgattatcttaatataaaatAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGaa > 1:224752‑M1/52‑91 (MQ=255) aTTCTAAGAAAAATGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTggaa < 2:906938‑M2/91‑5 (MQ=255) atgacatatctggacaaggttggtaatagcgattatcttaatataaaatAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAAt > 1:978374‑M1/50‑91 (MQ=255) aGAAAAATGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTggaaatgatt < 2:3947141‑M2/91‑11 (MQ=255) aaaaTGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTggaaatgattttt < 2:502884‑M2/91‑14 (MQ=255) aaaaTGACGTAGCTGAATACAACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTggaaatgattttt < 2:538132‑M2/91‑14 (MQ=255) aTGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTttttat > 1:2328340/1‑91 (MQ=255) aTGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTttttat < 1:1534946/91‑1 (MQ=255) tGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTttttatt > 2:682401/1‑91 (MQ=255) gACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTttttattt < 2:672700/91‑1 (MQ=255) gACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTCGAAATGATTttttattt > 1:3390965/1‑91 (MQ=255) aCGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAATAAAA‑‑TCATCTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTttttatttt > 1:3150560/1‑91 (MQ=255) aCGTAGCTGAATACCAAACAAAAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTttttatttt < 2:1852486/91‑1 (MQ=255) caaggttggtaatagcgattatcttaatataaaatAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTttttattt > 2:1426847‑M1/36‑91 (MQ=255) gTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTtttattttat < 1:217957/91‑1 (MQ=255) gTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTtttattttat > 1:1226507/1‑91 (MQ=255) aaggttggtaatagcgattatcttaatataaaatAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTttttatttt > 1:1099383‑M1/35‑91 (MQ=255) gCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATAtt < 1:3314877/91‑1 (MQ=255) gCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATAtt > 1:2803973/1‑91 (MQ=255) gCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATAtt > 1:2438420/1‑91 (MQ=255) ctaaaTACAAACCAACAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATATGATTAACATCAAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTa < 2:487374/88‑1 (MQ=255) cTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTa < 1:2969869/91‑1 (MQ=255) cTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTa < 2:3101323/91‑1 (MQ=255) tGAAAACAAACCACAAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTaa < 2:1813794/91‑1 (MQ=255) ggAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTTCCATCTGATTAACAGCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTaa < 2:3480446/90‑1 (MQ=255) cccaccAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGc > 2:3864141/1‑91 (MQ=255) cccaccAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGc > 2:2780037/1‑91 (MQ=255) ccaccaACATACAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGCTTAACATCCAGCTGAGGACATGATTTTCTATTTTATAGTAAGATACTCGcc > 2:223637/1‑90 (MQ=255) ccaccaAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCt < 1:441673/91‑1 (MQ=255) ccaccaAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCt < 1:3767438/91‑1 (MQ=255) caccaAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTGAGATAATCGCTa > 1:2010937/1‑91 (MQ=255) caAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTa < 1:3457350/91‑1 (MQ=255) aaaaataaaaaataaAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTa < 2:944210/90‑1 (MQ=255) tcataaaaaataaaaaAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTAcc < 2:3963177/89‑1 (MQ=255) aataaaaaatcaaaAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTACTACCa > 2:3207442/1‑91 (MQ=255) aataaaaaataaaaAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCa < 2:361854/91‑1 (MQ=255) taaaaaataaaaaaAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTggaaatgattttttattttatattttggtgggtggtattcagcta < 1:1023136‑M2/91‑46 (MQ=255) aaaaataaaaaaAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCt > 2:695642/1‑91 (MQ=255) aaaaataaaaaaAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCt < 2:2704872/91‑1 (MQ=255) aaaaataaaaaaAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCt > 1:2067562/1‑91 (MQ=255) aaaataaaaaaAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCtt > 1:2372726/1‑91 (MQ=255) aataaaaaaAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGt > 1:2514549/1‑91 (MQ=255) aataaaaaaAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGt < 2:1997204/91‑1 (MQ=255) ataaaaaaAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTggaaatgattttttattttttattttggtgggtggtattcagctacgtcat < 1:525966‑M2/91‑52 (MQ=255) ataaaaaaAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTggaaatgaatttttttattttttattttggtgggtggtattcagctacgtc < 1:161916‑M2/91‑52 (MQ=255) taaaaaaAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTggaaatgattttttttatnttttnttttggtgggtggtattcagctacgtca < 1:1107425‑M2/91‑53 (MQ=255) aaaaaaaa‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCa < 2:3602416/91‑1 (MQ=255) aaaaaaa‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCTAGATGTGGAAATGACTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTTTCCAg > 2:3945688/1‑91 (MQ=255) aaaaaaa‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTggaaatgattttttttattttttattttggtgggtggtattcagctacgtcatt < 2:1511658‑M2/91‑55 (MQ=255) AAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGat > 2:2470525‑M1/1‑91 (MQ=255) AAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGatat > 2:741436‑M1/1‑91 (MQ=255) AA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATg < 1:1737624‑M1/91‑1 (MQ=255) CATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCa < 1:82246‑M1/91‑1 (MQ=255) CATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCa < 2:2604879‑M1/91‑1 (MQ=255) tttCCCATCTGATTAACATCCAGATGTggaaatgatttttttttattttttatttttgttggtggtattcagctacgtcatttttcttaga < 2:2338577‑M2/91‑65 (MQ=255) tttCCCATCTGATTAACATCCAGATGTggaaatgattttttttattttttattttggtgggtggtattcagctacgtcatttttcttagaa < 2:1967051‑M2/91‑65 (MQ=255) tttCCCATCTGATTAACATCCAGATGTggaaatgattttttttattttttattttggtgggtggtattcagctacgtcatttttcttagaa < 1:1179018‑M2/91‑65 (MQ=255) TTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGCAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCata < 2:1294171‑M1/91‑1 (MQ=255) TTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTACGATCCTCGCTACTACCCACCTTGTCCCGCTATGTcatt < 2:597473‑M1/91‑2 (MQ=255) TCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATAtt > 1:527216‑M1/1‑91 (MQ=255) TCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATAtt < 2:2796452‑M1/91‑1 (MQ=255) TCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATAtt < 1:2056143‑M1/91‑1 (MQ=255) TCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTCATCTTATACTAACATAATCGCTATTCCCAACCTTGTCCAGATATGTCATAtt < 2:1262694‑M1/91‑1 (MQ=255) cccATCTGATTAACATCCAGATGTggaaatgattttttttattttttattttggtgggtggtattcagctacgtcatttttcttagaatgt < 1:151069‑M2/91‑68 (MQ=255) ccATCTGATTAACATCCAGATGTggaaatgattttttttatttttttttttggtgggtggtattcagctacgtcatttttctttgaatgtc < 2:302161‑M2/91‑69 (MQ=255) cATCTGATTAACATCCAGATGTggaaatgattttttttattttttatttttgtgggtggtattcagctacgtcattttttttagaatgtct < 2:201001‑M2/91‑70 (MQ=255) 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aTTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGt < 1:724868/91‑1 (MQ=255) ttAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGtt < 2:3753207/91‑1 (MQ=255) ttAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGtt < 1:8051/91‑1 (MQ=255) tAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTa < 1:2171519/91‑1 (MQ=255) tAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTa > 1:3020413/1‑91 (MQ=255) tCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGc < 2:1641510/91‑1 (MQ=255) tCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGc < 1:1308446/91‑1 (MQ=255) ccAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCt > 1:579322/1‑91 (MQ=255) ccAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCt < 2:3101177/91‑1 (MQ=255) aGATGTggaaatgattttttttattttttattttggtgggtggtattcagctacgtcatttttcttagaatgtctaagtccataacttaaa < 1:3089017‑M2/91‑86 (MQ=255) tgtgGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCaa > 1:3121985/1‑91 (MQ=255) tgtgGAAATGATTTTTTATTTTAGATTAAGATAATCTCTATTACCAACCTTGTCCAGATAGGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCtttgga < 2:3359591/91‑5 (MQ=255) gtgGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCaaa < 2:3256413/91‑1 (MQ=255) tgGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCAAAg > 1:1044346/1‑91 (MQ=255) | AGACATTCTAAGAAAAATGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAA‑‑TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCAAAG > USA300TCH1516_ALE/2740911‑2741091 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |