| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 344426 | 177 (0.870) | 48 (0.280) | 14/136 | NT | 23.1% | intergenic (+25/‑183) | yezG_1/USA300HOU_RS01545 | putative antitoxin YezG/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 344433 | 170 (0.980) | intergenic (+32/‑176) | yezG_1/USA300HOU_RS01545 | putative antitoxin YezG/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
AATATGAAATTAATAAAGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCTCATCAAATAATAATATAAAGATAATTTTAGGT > USA300TCH1516_ALE/344343‑344522 | aaTATGAAATTAATAAAGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCt > 1:1922398/1‑91 (MQ=255) atatGAAATTAATAAAGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTt < 1:603086‑M2/91‑2 (MQ=255) tatGAAATTAATAAAGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTtt > 2:672292‑M2/1‑89 (MQ=255) tatGAAATTAATAAAGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTtt < 1:2725722‑M2/91‑3 (MQ=255) tatGAAATTAATAAAGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTtt < 1:797619‑M2/91‑3 (MQ=255) gAAATTAATAAAGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTttgtt < 1:3934613‑M2/91‑6 (MQ=255) gAAATTAATAAAGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTttgtt < 2:2279672‑M2/91‑6 (MQ=255) gAAATTAATAAAGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTttgtt > 2:2312129‑M2/1‑86 (MQ=255) gAAATTAATAAAGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTttgtt > 1:1263421‑M2/1‑86 (MQ=255) aaTTAATAAAGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTttgttta > 2:1226973‑M2/1‑84 (MQ=255) taataaAGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTttgtttagtc > 1:2935703‑M2/1‑81 (MQ=255) aaaGTTAAAGAAATCGGGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCtttt < 2:3784399/91‑1 (MQ=255) aaaGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCtttt > 2:1905874/1‑91 (MQ=255) aaGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCttttt < 2:451636/91‑1 (MQ=255) aGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTa > 1:2887758/1‑91 (MQ=255) gTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAg > 1:2389603/1‑91 (MQ=255) ttAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGc < 2:3487016/91‑1 (MQ=255) aaaGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGt < 2:495312/91‑1 (MQ=255) gAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTa < 1:52438/91‑1 (MQ=255) aaaTCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTaa < 1:2189267/91‑1 (MQ=255) aTCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGt < 1:2019292/91‑1 (MQ=255) aTCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGt < 1:2472014/91‑1 (MQ=255) tCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTa < 1:2082854/91‑1 (MQ=255) tCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTa > 2:3618199/1‑91 (MQ=255) gAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTaaa > 2:1564053/1‑91 (MQ=255) aGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTaaaa < 2:3198992/91‑1 (MQ=255) cAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAg < 1:2932550/91‑1 (MQ=255) aaTATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGc > 1:1057312/1‑91 (MQ=255) atatatTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCa < 1:2806444/91‑1 (MQ=255) atatatTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCa < 2:2807119/91‑1 (MQ=255) tatatTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCaa > 2:1621544/1‑91 (MQ=255) tatTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATa < 2:1757716/91‑1 (MQ=255) atTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAg > 1:1035455/1‑91 (MQ=255) ttAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGa < 1:1302119/91‑1 (MQ=255) aaaGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATa > 2:199399/1‑91 (MQ=255) aaGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATAc < 2:1315387/91‑1 (MQ=255) aaGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATAc < 2:1854668/91‑1 (MQ=255) agagCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTGTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATAcc < 2:3017698/91‑1 (MQ=255) gagCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTTGCGGTTAAGTAAAAAGCAATAGATAGCg < 2:286767/91‑1 (MQ=255) gagCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCg < 1:1654940/91‑1 (MQ=255) gagCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCg < 2:3084878/91‑1 (MQ=255) agCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGt < 1:74541/91‑1 (MQ=255) gCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTa < 1:1237657/91‑1 (MQ=255) cTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTaa > 1:2264922/1‑91 (MQ=255) cTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTaa > 2:3874009/1‑91 (MQ=255) tAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTaaa > 2:2596482/1‑91 (MQ=255) gaagaaTAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGt > 1:3453135/1‑91 (MQ=255) agaaTAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTg > 2:3517589/1‑91 (MQ=255) agaaTAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTg < 1:3618941/91‑1 (MQ=255) gaaTAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGa > 2:3691853/1‑91 (MQ=255) aaTAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGAt > 2:1799074/1‑91 (MQ=255) tAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGc > 2:3208456/1‑91 (MQ=255) aTCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCtcatca > 1:3217659/1‑91 (MQ=255) tCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCTTTGTTTAGTCTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCTCATCaa > 2:944440/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |