| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 393597 | 127 (0.620) | 11 (0.060) | 7/142 | NT | 8.6% | intergenic (+20/+40) | USA300HOU_RS01800/USA300HOU_RS01805 | NAD(P)H‑dependent FAD/FMN reductase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 393621 | 121 (0.670) | intergenic (+44/+16) | USA300HOU_RS01800/USA300HOU_RS01805 | NAD(P)H‑dependent FAD/FMN reductase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TACAACAACAAGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAACGACGATAAAGGCAAGTGATGACAAGCATATTGAGGTAATAATGATTGTCATAAG > USA300TCH1516_ALE/393531‑393711 | tACAACAACAAGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGttt > 1:934943/1‑91 (MQ=255)aatatgcttgtcatcacttgcctttatcgtcgttcattggctatatagttaatatgaaAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGttt > 2:1287171‑M1/59‑91 (MQ=255) atatgcttgtcatcacttgcctttatcgtcgttcattggctatatagttaatatgaaAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTg > 1:1175625‑M1/58‑91 (MQ=255) acaacaacaAGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTg > 2:3957480‑M2/1‑90 (MQ=255) caacaacaaGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTga < 1:1478048‑M2/91‑3 (MQ=255) caacaacaaGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTga < 1:577153‑M2/91‑3 (MQ=255) caacaacaaGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGGGTTTga < 1:3292897‑M2/91‑3 (MQ=255) aacaacaaGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTgag < 1:3262611‑M2/91‑4 (MQ=255) tgcttgtcatcacttgcctttatcgtcgttcattggctatatagttaatatgaaAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGc > 1:2799867‑M1/55‑91 (MQ=255) tgcttgtcatcacttgcctttatcgtcgttcattggctatatagttaatatgaaAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGc > 1:2289484‑M1/55‑91 (MQ=255) acaacaaGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTgagc > 2:2885962‑M2/1‑87 (MQ=255) gcttgtcatcacttgcctttatcgtcgttcattggctatatagttaatatgaaAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCg < 1:3708093‑M1/38‑1 (MQ=255) caacaaGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTgagcg < 1:204369‑M2/91‑6 (MQ=255) caacaaGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTgagcg > 1:285263‑M2/1‑86 (MQ=255) 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aaGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTgagcgtctt > 1:3786729‑M2/1‑82 (MQ=255) aGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCttt > 2:2047024/1‑91 (MQ=255) gtgtTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCtttt < 1:2581006/91‑1 (MQ=255) gtgtTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCtttt < 1:1000033/91‑1 (MQ=255) gtgtTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCtttt < 2:3854690/91‑1 (MQ=255) gtgtTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCtttt < 1:292312/91‑1 (MQ=255) gtTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCa < 2:3089048/91‑1 (MQ=255) gtTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCa > 1:175833/1‑91 (MQ=255) tttGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCat > 2:363736/1‑91 (MQ=255) gaagaagaaAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATAtt < 2:384183/91‑1 (MQ=255) aagaagaaAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTa > 2:692435/1‑91 (MQ=255) agaagaaAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTaa < 2:1866636/91‑1 (MQ=255) gaagaaAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAAc > 2:1495786/1‑91 (MQ=255) gaagaaAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAAc > 1:3614883/1‑91 (MQ=255) gaaAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtat < 1:2056536/91‑1 (MQ=255) gaaAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtat > 2:2465489/1‑91 (MQ=255) aaaCAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtatat < 1:2986075/91‑1 (MQ=255) aacaacCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtatata < 2:1510390/91‑1 (MQ=255) acaacCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAg > 2:2591805/1‑91 (MQ=255) caacCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGc < 2:2390890/91‑1 (MQ=255) caacCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGCGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGc > 1:3364650/1‑91 (MQ=255) acCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCa > 1:3623599/1‑91 (MQ=255) acCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCa > 2:3260677/1‑91 (MQ=255) acCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCa > 2:1827650/1‑91 (MQ=255) acCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATAAACTATATAGCCa < 2:1331411/91‑1 (MQ=255) acCAAGACGACTTATAAAGTAGAAACAGACGGCGCTCGGCACACTCGATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCa < 2:1315313/91‑1 (MQ=255) aaTACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATg < 2:812588/91‑1 (MQ=255) tACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGaa > 1:193914/1‑91 (MQ=255) tACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTAATCATATTAAATATATAGCCAATGaa > 2:3419725/1‑91 (MQ=255) aCGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAac < 2:3258661/91‑1 (MQ=255) cGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAacg < 2:1708234/91‑1 (MQ=255) cGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAacg < 2:358603/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |