BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	= 407101	132 (0.650)	8 (0.050)	7/136	NT	6.4%	intergenic (+16/+67)	USA300HOU_RS01880/kynB	putative acetyl‑CoA acyltransferase/Kynurenine formamidase
*	?	USA300TCH1516_ALE	= 407127	123 (0.710)	8 (0.050)	7/136	NT	6.4%	intergenic (+42/+41)	USA300HOU_RS01880/kynB	putative acetyl‑CoA acyltransferase/Kynurenine formamidase

Only 100 of 243 total aligned reads displayed.

TATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTG  >  USA300TCH1516_ALE/407037‑407217

 aTTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCa                                                                                           <  1:102780‑M2/91‑2 (MQ=255)

  ttGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCat                                                                                          >  2:1012348‑M2/1‑89 (MQ=255)

  caattaaaccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCAt                                                                                          >  1:3775954‑M1/52‑91 (MQ=255)

    ggtggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataa                                                                                        >  1:684060‑M2/1‑87 (MQ=255)

    ggtggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataa                                                                                        <  2:1698526‑M2/91‑5 (MQ=255)

     gtggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataac                                                                                       >  2:1763322‑M2/1‑86 (MQ=255)

      tggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCATAACAGTATTAATTACATGTTGGCataacc                                                                                      <  1:3231721‑M2/91‑7 (MQ=255)

      tggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataacc                                                                                      >  1:1142059‑M2/1‑85 (MQ=255)

      taaaccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAAcc                                                                                      >  2:1960139‑M1/48‑91 (MQ=255)

        gCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATCAGAAAACAGGTTATCACCACAGTATTAATTACATGTTGGAATCAACTg                                                                                    >  2:2536958/1‑91 (MQ=255)

        aaccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataAAAACTGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTg                                                                                    >  2:3256517‑M1/46‑91 (MQ=255)

         cGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataacctgt                                                                                   <  2:2248662‑M2/91‑10 (MQ=255)

          ccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGtt                                                                                  >  1:2259086‑M1/44‑91 (MQ=255)

           gTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataacctgttt                                                                                 >  2:714501‑M2/1‑80 (MQ=255)

             cAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTAATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATCACCTGttttt                                                                               >  1:1695747/1‑91 (MQ=255)

              aaGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTa                                                                              <  2:3332667/91‑1 (MQ=255)

              aaGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTa                                                                              <  1:3937085/91‑1 (MQ=255)

               aGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTAt                                                                             <  1:2769963/91‑1 (MQ=255)

                gCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTAtt                                                                            >  2:3415637/1‑91 (MQ=255)

                gCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTAtt                                                                            >  1:3534488/1‑91 (MQ=255)

                 cTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATCACCTGTTTTTAttt                                                                           <  2:1314936/91‑1 (MQ=255)

                   aTCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGt                                                                         >  2:2297616/1‑91 (MQ=255)

                    tCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGtt                                                                        >  1:969205/1‑91 (MQ=255)

                       cTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTAt                                                                     <  1:503558/91‑1 (MQ=255)

                        tGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATg                                                                    >  1:2652703/1‑91 (MQ=255)

                        tGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATg                                                                    <  1:1937983/91‑1 (MQ=255)

                          cAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGa                                                                  <  1:1268609/91‑1 (MQ=255)

                           aGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGAt                                                                 >  2:2508404/1‑91 (MQ=255)

                            gTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGAtt                                                                <  1:2328609/91‑1 (MQ=255)

                             ttGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGAttt                                                               <  1:3084410/91‑1 (MQ=255)

                               gTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTAt                                                             >  2:1790589/1‑91 (MQ=255)

                                tATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTAtt                                                            >  1:725192/1‑91 (MQ=255)

                                tATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTAtt                                                            >  1:725338/1‑91 (MQ=255)

                                   cAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTggg                                                         >  2:2444375/1‑91 (MQ=255)

                                     aaGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTa                                                       <  2:110932/91‑1 (MQ=255)

                                     aaGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTa                                                       >  2:2322096/1‑91 (MQ=255)

                                      aGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTaa                                                      <  2:3313451/91‑1 (MQ=255)

                                      aGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTaa                                                      >  2:472849/1‑91 (MQ=255)

                                       gTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAat                                                     <  2:3235433/91‑1 (MQ=255)

                                        tataAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGTTTTATTGGGTAata                                                    >  1:3617007/1‑91 (MQ=255)

                                         ataaataaTAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAatat                                                   >  1:1825508/1‑91 (MQ=255)

                                          taaataaTAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataacctgtttttatttgtttatactttgatacaactgcagc                                                  <  1:1952726‑M2/91‑43 (MQ=255)

                                          taaataaTAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATAtt                                                  <  2:3792287/91‑1 (MQ=255)

                                            aataatAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAg                                                <  2:279901/91‑1 (MQ=255)

                                             ataataAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTatt                                               >  2:1651602/1‑89 (MQ=255)

                                             ataataAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGt                                               >  2:3373268/1‑91 (MQ=255)

                                             ataataAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGt                                               >  2:1290296/1‑91 (MQ=255)

                                                ataaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCAt                                            <  1:2824508/91‑1 (MQ=255)

                                                ataaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCAt                                            >  2:652230/1‑91 (MQ=255)

                                                ataaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCAt                                            >  2:781383/1‑91 (MQ=255)

                                                ataaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTGTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTcgt                                            <  2:1893161/91‑3 (MQ=255)

                                                 taaGAAAACAGGTTATCACCACAGTATTAATTCCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTCATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCAtt                                           >  2:2354849/1‑91 (MQ=255)

                                                 taaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGCCAtt                                           >  1:3291292/1‑91 (MQ=255)

                                                   aGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTg                                         >  1:2210501/1‑91 (MQ=255)

                                                    gAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGa                                        >  1:1118364/1‑91 (MQ=255)

                                                     AAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGAt                                       <  2:1947000‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                      AAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATg                                      >  2:1857971‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                        ACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGt                                    >  1:1220883‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                         cAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataacctgttttcttattatttatactttgatacaactgcagcgatagcttgaccgc                                   <  2:1601534‑M2/91‑58 (MQ=255)

                                                           GGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTa                                 <  2:1923625‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                            GTTATCAGAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTaa                                >  2:3512681‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                            GTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTaa                                >  1:3754658‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                            GTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTaa                                >  1:835107‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                             ttATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataacctgttttcttactatttatactttgatacaactgcagcgatagcttgaccgccacc                               <  1:3138678‑M2/91‑62 (MQ=255)

                                                             TTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAAt                               >  2:2821693‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                             TTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAAt                               <  2:2047365‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                              TATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAAtt                              >  1:2587396‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                              TATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAAtt                              <  1:458104‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                              TATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAAtt                              >  1:3820508‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                              TATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAAtt                              <  2:1101033‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                TCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGc                            >  1:2091832‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                  acaacaGTATTAATTACATGTTGGCATATCCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCaa                          <  2:2666076/91‑1 (MQ=255)

                                                                    aacaGTATTAATTACATGTTGGCATAGCCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAAt                        <  2:688903/91‑1 (MQ=255)

                                                                    aacaGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAAt                        <  1:2959358/91‑1 (MQ=255)

                                                                     acaGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCATATg                       <  1:2428943/91‑1 (MQ=255)

                                                                     acaGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATg                       >  1:843155/1‑91 (MQ=255)

                                                                     acaGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATg                       <  1:3442796/91‑1 (MQ=255)

                                                                      caGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGc                      >  1:2347926/1‑91 (MQ=255)

                                                                      caGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGc                      <  2:3866527/91‑1 (MQ=255)

                                                                        gTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGctc                    >  2:356821/1‑91 (MQ=255)

                                                                         tATTAATTACATGTTGGCATGACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGctct                   <  1:547350/91‑1 (MQ=255)

                                                                         tATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGctct                   >  1:1644271/1‑91 (MQ=255)

                                                                           ttaattaCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAACTGCTCTaa                 >  2:3437829/1‑91 (MQ=255)

                                                                            taattaCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTCGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAAc                >  2:1435448/1‑91 (MQ=255)

                                                                             aattaCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACa               >  2:3701375/1‑91 (MQ=255)

                                                                             aattaCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACa               >  2:822225/1‑91 (MQ=255)

                                                                             aattaCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACa               >  1:660997/1‑91 (MQ=255)

                                                                               ttaCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAgt             >  2:3923906/1‑90 (MQ=255)

                                                                               ttaCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAgg             >  1:3713205/1‑91 (MQ=255)

                                                                                taCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAggg            >  1:3398431/1‑91 (MQ=255)

                                                                                taCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAggg            <  2:3068007/91‑1 (MQ=255)

                                                                                taCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAggg            >  1:3888603/1‑91 (MQ=255)

                                                                                taCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAggg            <  2:2079242/91‑1 (MQ=255)

                                                                                     gTTGGCATAGCCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAAccc       <  1:1779900/91‑1 (MQ=255)

                                                                                        ggCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAgg    >  2:420824/1‑91 (MQ=255)

                                                                                        ggCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAgg    <  1:2063564/91‑1 (MQ=255)

                                                                                          cATAACCTGTTTTTATTTGTTTGAGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATGTGATGGTTTTATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTg  <  2:3011750/91‑1 (MQ=255)

                                                                                          cATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTg  <  2:1184221/91‑1 (MQ=255)

                                                                                          cATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTg  >  2:1530284/1‑91 (MQ=255)

                                                                                          cATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTg  <  1:71763/91‑1 (MQ=255)

TATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTG  >  USA300TCH1516_ALE/407037‑407217

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.