New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 634596 | 178 (0.870) | 18 (0.100) | 13/146 | NT | 9.6% | coding (777/1377 nt) | yhfT | putative acyl‑‑CoA ligase YhfT |
? | USA300TCH1516_ALE | = 634622 | 177 (0.950) | coding (803/1377 nt) | yhfT | putative acyl‑‑CoA ligase YhfT |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
CAATCCAATCATTTTTTAGCAGTGGAGATAAGCTGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAGGTGTGCTATTTCCAAATGT > USA300TCH1516_ALE/634532‑634712 | atccaatcATTTTTTAGCAGTGGAGATAAGCTGCATTCTTCTATTTTTAAGAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAat > 2:3257747‑M2/1‑89 (MQ=255) atccaatcATTTTTTAGCAGTGGAGATAAGCTGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAat > 2:2906157‑M2/1‑89 (MQ=255) ccaatcATTTTTTAGCAGTGGAGATAAGCTGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAattt < 1:1052573‑M2/91‑5 (MQ=255) ccaatcATTTTTTAGCAGTGGAGATAAGCTGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAattt < 1:1532460‑M2/91‑5 (MQ=255) caatcATTTTTTAGCAGTGGAGATAAGCTGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAatttt > 1:2889508‑M2/1‑86 (MQ=255) aatcATTTTTTAGCAGTGGAGATAAGCTGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAattttt > 2:3412597‑M2/1‑85 (MQ=255) aatcATTTTTTAGCAGTGGAGATAAGCTGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAattttt > 1:636977‑M2/1‑85 (MQ=255) cATTTTTTAGCAGTGGAGATAAGCTGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTgg > 2:2051388/1‑91 (MQ=255) ttttttAGCAGTGGAGATAAGCTGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTa > 2:1222043/1‑91 (MQ=255) ttttttAGCAGTGGAGATAAGCTGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTa > 1:333954/1‑91 (MQ=255) ttttttAGCAGTGGAGATAAGCTGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTa > 1:3021200/1‑91 (MQ=255) tttAGCAGTGGAGATAAGCTGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACAt < 1:2217681/91‑1 (MQ=255) tttAGCAGTGGAGATAAGCTGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATAAAGCAAATGACATAAATTTGAGTGCATTTTTTGGTACAt > 2:941894/1‑91 (MQ=255) cAGTGGAGATAAGCTGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGaa > 1:1203970/1‑91 (MQ=255) 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tAAGCTGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGtttt < 2:3508128/91‑1 (MQ=255) aGCTGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTAt > 2:1760842/1‑91 (MQ=255) aGCTGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTAt < 1:1247577/91‑1 (MQ=255) aGCTGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTAt > 2:1095134/1‑91 (MQ=255) tGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAg > 1:1879990/1‑91 (MQ=255) tGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAg < 2:3792321/91‑1 (MQ=255) tGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAg < 1:2320855/91‑1 (MQ=255) tGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAg > 2:1910574/1‑91 (MQ=255) gCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTTCATCGGAAACCAGTTTTATCAGc > 2:2304392/1‑91 (MQ=255) cATTCTTCTTTTTTTAAAAAGATAAAACATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGACTTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCt > 2:244494/1‑91 (MQ=255) cATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCt < 2:3222661/91‑1 (MQ=255) aTTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTATATCAGCta > 1:3799215/1‑91 (MQ=255) ttcttcTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCtat < 1:2685706/91‑1 (MQ=255) tcttctATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAA‑TTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATaa < 1:2879882/91‑1 (MQ=255) cttctATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGGCATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATaa < 2:3907646/91‑1 (MQ=255) ttctATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAAc < 1:1013604/91‑1 (MQ=255) tctATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACt > 2:2402714/1‑91 (MQ=255) ctATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACtt > 2:18280/1‑91 (MQ=255) ctATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACtt > 1:2102184/1‑91 (MQ=255) ctATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACtt < 1:2343625/91‑1 (MQ=255) ttttAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCGGCTATAACTTGAAt < 2:3474252/91‑1 (MQ=255) tttAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATc < 2:222267/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAatctttatctttttaaaaatagaagaatgcagcttatctccactgctaa < 2:1777037‑M2/91‑50 (MQ=255) tAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCag > 2:1363766/1‑91 (MQ=255) aaaaGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCagca < 2:1465265/91‑1 (MQ=255) aaaGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCagcaa < 2:1543323/91‑1 (MQ=255) aGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAatttttatctttttaaaaatagaagaatgcagcttatctccactgctaaaaaat < 1:2410562‑M2/91‑55 (MQ=255) aGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCagcaagc < 2:2551352/91‑1 (MQ=255) aGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTAAATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCagcaagc > 2:2835932/1‑91 (MQ=255) gATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCagcaagca < 1:1558409/91‑1 (MQ=255) gATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCagcaagca < 1:2782101/91‑1 (MQ=255) aTAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCCGCTATAACTTGAATCAGCAAGCAc > 2:1468451/1‑91 (MQ=255) aTAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCAc < 2:426892/91‑1 (MQ=255) aTAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCAc > 1:3309051/1‑91 (MQ=255) aTAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCAc > 1:342357/1‑91 (MQ=255) tAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAattttttatcttcttaaaaatagaagaatgcagcttatctccactgctaaaaaatga < 1:3140321‑M2/91‑58 (MQ=255) aaaaaaTCAAGCGAATGACGTGAAGTTGATTGAATTTTGGGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCa < 2:162024/91‑1 (MQ=255) aaaaaaTCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAattttttatctttttaaaaatagaagaatgcagcttatctccactgctaaaaaatgat < 1:2487474‑M2/91‑59 (MQ=255) aaaaaTCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAg > 1:2070215/1‑91 (MQ=255) aaaaTCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAatttttcatctttttaaaaatagaagaatgcagcttatctccactgctaaaaaatgattg < 2:1470508‑M2/91‑61 (MQ=255) 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aTCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGa > 1:3061353/1‑91 (MQ=255) aTCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGa > 2:2349671/1‑91 (MQ=255) tCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGaa > 1:3705082/1‑91 (MQ=255) cAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAAt < 1:839505/91‑1 (MQ=255) aGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCa > 1:2666596/1‑91 (MQ=255) gCAAATGACATAAATTTGCTTGAttttttatctttttaaaaatagaagaatgcagcttatctccactgctaaaaaatgattggattgtatg < 1:131330‑M2/91‑69 (MQ=255) gCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGCAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAg < 2:3619293/91‑1 (MQ=255) aaTGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAg < 2:3317788/91‑1 (MQ=255) aaTGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAg < 2:622334/91‑1 (MQ=255) aaTGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAg > 1:2584506/1‑91 (MQ=255) aTGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAgg > 1:455444/1‑91 (MQ=255) tGACATAAATTTGATTGAttttttatctttttaaaaatagaagaatgcagcttatctccactgctaaaaaatgattggattgtatgttcat < 1:403036‑M2/91‑74 (MQ=255) tGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAGgt > 1:2131435/1‑91 (MQ=255) gACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAGgtg < 1:3616816/91‑1 (MQ=255) cATAAATTTGATTGAttttttatctttttaaaaatagaagaatgcagcttatctccactgctaaaaaatgattggattgtatgttcattgt < 2:114282‑M2/91‑77 (MQ=255) tAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAGGTGTGCt < 1:617782/91‑1 (MQ=255) tAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAGGTGTGCt < 1:169053/91‑1 (MQ=255) aaaTTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAGGTGTGCTa > 2:3637780/1‑91 (MQ=255) aTTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAGGTGTGCTAtt < 1:981642/91‑1 (MQ=255) aTTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAGGTGTGCTAtt < 2:868632/91‑1 (MQ=255) tttGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAGGTGTGCTAttt < 2:3140292/91‑1 (MQ=255) tttGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAGGTGTGCTAttt < 1:482482/91‑1 (MQ=255) tttGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAGGTGTGCTAttt < 2:1956722/91‑1 (MQ=255) tttGATTGAATTGTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTAGCAGGTATAACTTGAAACAGCAAGAACGAGTTGAATCAGGACGTGAGCTAgtt < 2:1956680/91‑1 (MQ=255) ttgattgaATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAGGTGTGCTATTTc < 2:3091796/91‑1 (MQ=255) gattgaATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAGGTGTGCTATTTCCa < 1:177839/91‑1 (MQ=255) attgaATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAGGTGTGCTATTTCCaa > 2:3762347/1‑91 (MQ=255) ttgaATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAGGTGTGCTATTTCCaaa < 1:1846709/91‑1 (MQ=255) gaATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAGGTGTGCTATTTCCAAAtg < 2:2207701/91‑1 (MQ=255) aaTGTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAGGTGTGCTATTTCGAAAtgt < 1:3069491/91‑1 (MQ=255) | CAATCCAATCATTTTTTAGCAGTGGAGATAAGCTGCATTCTTCTATTTTTAAAAAGATAAAAAATCAAGCAAATGACATAAATTTGATTGAATTTTTTGGTACATCGGAAACCAGTTTTATCAGCTATAACTTGAATCAGCAAGCACCAGTTGAATCAGTAGGTGTGCTATTTCCAAATGT > USA300TCH1516_ALE/634532‑634712 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |