New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 710532 | 237 (1.160) | 22 (0.120) | 12/142 | NT | 8.8% | intergenic (+25/+36) | tarA/tagH_1 | N‑acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N‑acetyl‑beta‑D‑mannosaminyltransferase/Teichoic acids export ATP‑binding protein TagH |
? | USA300TCH1516_ALE | = 710552 | 244 (1.350) | intergenic (+45/+16) | tarA/tagH_1 | N‑acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N‑acetyl‑beta‑D‑mannosaminyltransferase/Teichoic acids export ATP‑binding protein TagH |
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
GTATAAAATAGCCAAAGCAAAAAGAAAAATAAAAAAGGCGAAATAATCATGATGACAAAAATAAAACCGAGGAAATCCTTAAATGGAGATTCTCGGTTTTTTCGGTTTATTTAATAACGAAGCGGGACTCATCGAGTTTGTTTCTAAATTCTTTTTGTTCGGCTTTGGATTTCTTTTTAAA > USA300TCH1516_ALE/710462‑710642 | gTATAAAATAGCCAAAGCAAAAAGAAAAATAAAAAAGGCGAAATAATCATGATGACAAAAATAAAACCGAGGAAATCCTTAAATGGAGAtt > 1:1987737/1‑91 (MQ=255) aaaaTAGCCAAAGCAAAAAGAAAAAAAAAAAAGGCGAAATAATCATGATGACAAAAATAAAACCGAGGAAATCCTTAAATGGAGATTctcg > 2:350976‑M2/1‑87 (MQ=255) aaaTAGCCAAAGCAAAAAGAAAAATAAAAAAGGCGAAATAATCATGATGACAAAAATAAAACCGAGGAAATCCTTAAATGGAGATTctcgg > 2:2651007‑M2/1‑86 (MQ=255) aTAGCCAAAGCAAAAAGAAAAATAAAAAAGGCGAAATAATCATGATGACAAAAATAAAACCGAGGAAATCCTTAAATGGAGATTctcggtt > 2:3300657‑M2/1‑84 (MQ=255) aGCCAAAGCAAAAAGAAAAATAAAAAAGGCGAAATAATCATGATGACAAAAATAAAACCGAGGAAATCCTTAAATGGAGATTctcggtttt > 1:1000566‑M2/1‑82 (MQ=255) gCCAAAGCAAAAAGAAAAATAAAAAAGGCGAAATAATCATGATGACAAAAATAAAACCGAGGAAATCCTTAAATGGAGATTCTCGGttttt < 2:1583601/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |