New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 761262 | 217 (1.070) | 13 (0.070) | 6/148 | NT | 5.9% | coding (440/927 nt) | yciC_2 | Putative metal chaperone YciC |
? | USA300TCH1516_ALE | = 761280 | 215 (1.140) | coding (458/927 nt) | yciC_2 | Putative metal chaperone YciC |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
AGCCGATTATTTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATGATTTG > USA300TCH1516_ALE/761190‑761370 | aGCCGATTATTTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGtt < 2:32242/91‑1 (MQ=255) gCCGATTATTTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATTGAAGATCAGTTg > 1:3030775‑M2/1‑90 (MQ=255) gCCGATTATTTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTg < 1:970805‑M2/91‑2 (MQ=255) gCCGATTATTTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTg > 2:3466410‑M2/1‑90 (MQ=255) gATTATTTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaa > 1:2609758‑M2/1‑87 (MQ=255) attattTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaac < 1:796809‑M2/91‑6 (MQ=255) ttatttatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaact > 1:199013‑M2/1‑85 (MQ=255) ttatttatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaact > 1:424673‑M2/1‑85 (MQ=255) ttatttatGGTGTATTAGAAGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaact > 2:2634248‑M2/1‑85 (MQ=255) tatttatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTa > 2:1684236/1‑91 (MQ=255) atttatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTaa < 1:3803506/91‑1 (MQ=255) atttatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGATGATGGAAGATCAGTTGAAACTaa > 2:3680392/1‑91 (MQ=255) tttatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAg > 2:2247684/1‑91 (MQ=255) tttatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCAGCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAg < 2:3957466/91‑1 (MQ=255) ttatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGt < 2:1794666/91‑1 (MQ=255) ttatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGt < 2:3701701/91‑1 (MQ=255) atGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGa < 2:3540826/91‑1 (MQ=255) tGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGAc > 2:495013/1‑91 (MQ=255) tgtATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATg < 2:144241/91‑1 (MQ=255) tgtATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATg < 1:2471622/91‑1 (MQ=255) taatAGATGCTCCACAATTATTAGAACAACATCAATATACCGAAAAAACAGCGTCTCTAATGGAAGATCAGTTCAAACTAAGTGACATGat < 2:967944/88‑1 (MQ=255) gATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGattatta < 2:540377/91‑1 (MQ=255) aTGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGattattat < 2:2853408/91‑1 (MQ=255) aTGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGattattat < 2:3301349/91‑1 (MQ=255) tGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGattattatt > 2:1743177/1‑91 (MQ=255) tGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGattattatt < 1:235051/91‑1 (MQ=255) cGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaa < 1:3356784/91‑1 (MQ=255) cGACTCGATTTTTAGAACGGCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaa < 2:3825/91‑1 (MQ=255) aCTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaata < 1:2218009/91‑1 (MQ=255) aCTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaata > 1:753677/1‑91 (MQ=255) aCTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaata > 2:2690612/1‑91 (MQ=255) cGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATaaaa > 1:2961587/1‑91 (MQ=255) cGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATaaaa > 1:2033681/1‑91 (MQ=255) cGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATaaaa > 2:2444161/1‑91 (MQ=255) gATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAAt > 1:2687931/1‑91 (MQ=255) gATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAAt > 1:512441/1‑91 (MQ=255) gATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAAt < 1:2568883/91‑1 (MQ=255) gATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAAt > 1:2291596/1‑91 (MQ=255) aTTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGAGGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAAtt < 1:3132463/91‑1 (MQ=255) tttttAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTg > 2:982333/1‑91 (MQ=255) tttAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGAt > 2:1177297/1‑91 (MQ=255) ttAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATc > 2:2072484/1‑91 (MQ=255) tAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCt < 2:2614587/91‑1 (MQ=255) tAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCt < 2:3108757/91‑1 (MQ=255) tAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCt < 1:263511/91‑1 (MQ=255) tAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCt < 1:2179689/91‑1 (MQ=255) tAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCt < 1:2178136/91‑1 (MQ=255) tAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACACTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCt < 1:3173809/91‑1 (MQ=255) aGACCGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAACTGATCtt > 2:3504383/1‑91 (MQ=255) aGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTACTAAAATTGATCtt > 1:488822/1‑91 (MQ=255) aGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCtt < 1:909604/91‑1 (MQ=255) aGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCtt > 1:2122787/1‑91 (MQ=255) aGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCtt < 1:2810352/91‑1 (MQ=255) aGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCtt > 1:3216822/1‑91 (MQ=255) aaCGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTtat > 1:1805043/1‑91 (MQ=255) ttttcatcaATAAACCGAAAATACAGTCTCGCTAATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGCCATGACTATTATTAATAAAATTGATCTtata > 2:2974050/4‑91 (MQ=255) cGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATaa < 1:1149064/91‑1 (MQ=255) cGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATaa > 1:3285921/1‑91 (MQ=255) cGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATaa < 2:1648633/91‑1 (MQ=255) cGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATaa > 2:1203006/1‑91 (MQ=255) ccatcaATCTCCCGAAAATACAGCTTCGCTGCCCGAAGATCAGCCGAAACCCAGTGACATGATTATTACTCATAACACTGACCCTATAAcc > 2:1043498/2‑90 (MQ=255) tcaATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtgat > 2:2760004/1‑91 (MQ=255) tcaATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtgat < 1:2957823/91‑1 (MQ=255) acaATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGGCATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtgat < 2:147642/90‑1 (MQ=255) caATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtgatg < 1:3502312/91‑1 (MQ=255) aaTATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtgatga < 2:912787/91‑1 (MQ=255) aaTATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtgatga < 1:1929322/91‑1 (MQ=255) atatACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGAc > 1:3580128/1‑91 (MQ=255) atatACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGAc > 1:2379338/1‑91 (MQ=255) tataCCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACa < 2:2282196/91‑1 (MQ=255) ataCCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAg > 1:1044618/1‑91 (MQ=255) ataCCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTGGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAg < 2:58075/91‑1 (MQ=255) ccGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCt < 1:146160/91‑1 (MQ=255) ccGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCt > 1:2058090/1‑91 (MQ=255) ccGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCt > 1:3656396/1‑91 (MQ=255) ccGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCt > 1:3739736/1‑91 (MQ=255) cGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCtt < 1:3886693/91‑1 (MQ=255) cGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCtt < 1:3313270/91‑1 (MQ=255) 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ttCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaactgtattttcggtatattgatgacgttctaaaaatcgagtcgcatctaatacaccataaataatcg < 1:1779748‑M2/91‑71 (MQ=255) tCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATa < 1:1379608/91‑1 (MQ=255) tGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCa < 1:2661676/91‑1 (MQ=255) tGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAAtt < 2:1465226/91‑1 (MQ=255) aGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGt > 1:126317/1‑91 (MQ=255) gATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTa < 2:378946/91‑1 (MQ=255) gATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTa < 1:646635/91‑1 (MQ=255) aTCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTAt > 2:1435931/1‑91 (MQ=255) cAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATGa > 2:2557169/1‑91 (MQ=255) aGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATGAt > 2:2386546/1‑91 (MQ=255) aGTTGAAACTAAGTGACATGATCATTATTAATAAAATTGATCTTATAACAGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATGAt < 2:3005592/91‑1 (MQ=255) gTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATGAtt > 1:1632907/1‑91 (MQ=255) ttGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATGAttt > 2:1953957/1‑91 (MQ=255) tGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATGATTtg > 1:3475932/1‑91 (MQ=255) | AGCCGATTATTTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATGATTTG > USA300TCH1516_ALE/761190‑761370 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |