| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 868310 | 146 (0.720) | 19 (0.100) | 8/148 | NT | 11.7% | coding (458/465 nt) | smpB | SsrA‑binding protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 868335 | 153 (0.810) | intergenic (+18/+1304) | smpB/USA300HOU_RS04240 | SsrA‑binding protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
GATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTCATGGATT > USA300TCH1516_ALE/868246‑868424 | gATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACAAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATc < 1:3324882‑M2/91‑2 (MQ=255) aTAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcg > 1:3704592‑M2/1‑89 (MQ=255) tAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcgg > 1:1081746‑M2/1‑88 (MQ=255) tAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcgg > 1:3453095‑M2/1‑88 (MQ=255) aCGTGAAGCGTTGAAAGAAGAAGCAGTCGAACGAGATGTTGCGCGCGAGATGAGAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcgggct > 2:34925‑M2/1‑85 (MQ=255) aCGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcgggct > 2:35095‑M2/1‑85 (MQ=255) cGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCta > 2:1956932/1‑91 (MQ=255) aaGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATAtt > 1:2894935/1‑91 (MQ=255) aGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATAttt > 1:791136/1‑91 (MQ=255) gCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTg > 1:2357839/1‑91 (MQ=255) gCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTACTTAATCGGGCTATATTTg < 2:1689877/91‑1 (MQ=255) tGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGatat > 1:2112252/1‑91 (MQ=255) aaagaaaAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAg > 2:1256040/1‑91 (MQ=255) aaagaaaAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAg > 1:3874747/1‑91 (MQ=255) aagaaaAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGt < 1:1510222/91‑1 (MQ=255) gaaaAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTta > 1:1360901/1‑91 (MQ=255) gaaaAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTta < 1:2790129/91‑1 (MQ=255) gaaaAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTta < 2:3282535/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTtat > 2:3525600/1‑91 (MQ=255) aaaaGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTtata > 1:103924/1‑91 (MQ=255) aaGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATAtg > 2:2442169/1‑91 (MQ=255) aaGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATAtg < 2:747363/91‑1 (MQ=255) gCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATAtgtg < 2:2677352/91‑1 (MQ=255) cAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGc > 2:620488/1‑91 (MQ=255) cAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGc > 1:2172912/1‑91 (MQ=255) aGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCt > 2:1971691/1‑91 (MQ=255) aGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCt > 2:316658/1‑91 (MQ=255) tCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCttt < 2:592863/91‑1 (MQ=255) aaaCGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTg > 2:2984084/1‑91 (MQ=255) aCGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTa > 1:1718263/1‑91 (MQ=255) cGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTaa > 1:1033059/1‑91 (MQ=255) cGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTaa > 2:434283/1‑91 (MQ=255) gaTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAAtt < 2:2717545/91‑1 (MQ=255) ctGTTGCGCGCCATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCACTATATGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTa < 2:179333/90‑1 (MQ=255) aTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTa > 2:2996452/1‑91 (MQ=255) aTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTa > 1:2382571/1‑91 (MQ=255) tGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTAc > 1:44458/1‑91 (MQ=255) gTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAATTTACa < 1:229183/91‑1 (MQ=255) gTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACa > 2:919790/1‑91 (MQ=255) gTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACa > 2:3938381/1‑91 (MQ=255) gTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACa > 2:472888/1‑91 (MQ=255) gTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACa > 2:528198/1‑91 (MQ=255) gTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACa < 1:2658440/91‑1 (MQ=255) ttGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACaa < 2:1670880/91‑1 (MQ=255) ttGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACaa < 2:1250853/91‑1 (MQ=255) tGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACaaa > 1:1272728/1‑91 (MQ=255) tGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACaaa > 1:39330/1‑91 (MQ=255) cgcgcgATATGAATGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAATTTACAAAAg < 2:3558585/91‑1 (MQ=255) cgATGTGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTGAGTTGCTTGATCGGGCTATATTTGATATAGTTAGATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATg < 2:1260963/91‑1 (MQ=255) cgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATg < 1:1719416/91‑1 (MQ=255) gtatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTGAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAt < 2:183984/90‑1 (MQ=255) atatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAt < 2:3457748/91‑1 (MQ=255) aaaGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAtttgtt < 2:2856326/91‑1 (MQ=255) aaaGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAtttgtt > 2:1176263/1‑91 (MQ=255) gCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGa > 2:3749165/1‑91 (MQ=255) gCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGa > 2:3231505/1‑91 (MQ=255) cccGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGAt > 2:2309134/1‑91 (MQ=255) cGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGAttt < 2:639294/91‑1 (MQ=255) cGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGAttt < 2:2017327/91‑1 (MQ=255) gTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTGTTCGGGCTATATTTGATATAGTTATAGGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATtta < 2:3675986/91‑1 (MQ=255) gTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATtta > 1:1804462/1‑91 (MQ=255) ttattaAGCGATTTAGTTGCTTAATcgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtttatca < 1:399297‑M2/91‑67 (MQ=255) ttattaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttat > 1:2456215/1‑91 (MQ=255) ttattaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttat < 1:377732/91‑1 (MQ=255) ttattaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttat > 2:2634877/1‑91 (MQ=255) tattaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttatt > 1:526930/1‑91 (MQ=255) ttaAGCGATTTAGTTGCTTAATcgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtttatcatat < 1:922465‑M2/91‑70 (MQ=255) ttaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTtattat < 2:3095342/91‑1 (MQ=255) taAGCGATTTAGTTGCTTAATaacgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtttatcatt < 1:1700362‑M2/91‑71 (MQ=255) aaGCGATTTAGTTGCTTAATcgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtttatcatattt < 1:1646869‑M2/91‑72 (MQ=255) aaGCGATTTAGTTGCTTAATcgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtttatcatattt < 2:3366995‑M2/91‑72 (MQ=255) aaGCGATTTAGTTGCTTAATcgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgaccgctttttctttcaacgcttgacgcttatcatattt < 2:1863878‑M2/91‑72 (MQ=255) aaGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTAttt < 2:2073402/91‑1 (MQ=255) aaGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTAttt > 2:1242608/1‑91 (MQ=255) aaGCGATTTAGTTGATTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTAttt > 2:368133/1‑91 (MQ=255) aGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGCTATAGGTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTc > 2:2454733/1‑91 (MQ=255) gCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCg < 2:2382953/91‑1 (MQ=255) gCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCg < 1:2531216/91‑1 (MQ=255) 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aGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGt < 1:3778950/91‑1 (MQ=255) aGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGt > 1:3302105/1‑91 (MQ=255) aGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGt < 1:658782/91‑1 (MQ=255) gTTGCTTAATCGGGCTGTATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGtt < 2:1103028/91‑1 (MQ=255) gTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGGCGtt < 1:1481879/91‑1 (MQ=255) gTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGtt > 2:1000639/1‑91 (MQ=255) ttGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTc > 1:492764/1‑91 (MQ=255) ttGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTc > 1:3530193/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |