New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1015009 = | 207 (1.020) | 19 (0.100) | 11/150 | NT | 9.2% | intergenic (+124/+71) | fabI/USA300HOU_RS05015 | Enoyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase [NADPH] FabI/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1015047 = | 180 (0.940) | intergenic (+162/+33) | fabI/USA300HOU_RS05015 | Enoyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase [NADPH] FabI/hypothetical protein |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
GATGGAAAATTATTTGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCAATAATGCGTTGGCGGTATTTGAAA > USA300TCH1516_ALE/1014958‑1015134 | gATGGAAAATTATTTGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAg > 1:1225204/1‑91 (MQ=255) gATGGAAAATTATTTGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAg < 1:3806971/91‑1 (MQ=255) tGGAAAATTATTTGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGgtagta > 2:449909/1‑91 (MQ=255) tGGAAAATTATTTGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTa > 1:2126616/1‑91 (MQ=255) ggAAAATTATTTGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTAt < 1:3383323/91‑1 (MQ=255) ggAAAATTATTTGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTAt < 2:1726605/91‑1 (MQ=255) gAAAATTATTTGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATc < 1:1003176/91‑1 (MQ=255) aaaaTTATTTGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCt < 2:3860954/91‑1 (MQ=255) aaaaTTATTTGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCt < 1:3863410/91‑1 (MQ=255) tgttaaggactaattctgtggatgtcttttaagaatataagatactATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCt > 2:280488‑M1/47‑91 (MQ=255) aaTTATTTGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTta < 1:2480726/91‑1 (MQ=255) ttattTGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTtata < 2:3799694/91‑1 (MQ=255) ttattTGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTtata < 1:2103836/91‑1 (MQ=255) tattTGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTCTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTatat > 1:3177110/1‑91 (MQ=255) attTGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AACAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATCGTATCTTATAtt > 2:82943/1‑91 (MQ=255) attTGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATAtt > 1:235423/1‑91 (MQ=255) attTGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATAtt > 2:82861/1‑91 (MQ=255) ttGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCt < 1:450721/91‑1 (MQ=255) tGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCtt > 1:894560/1‑91 (MQ=255) tGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCtt > 1:2347382/1‑91 (MQ=255) atatTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTaa < 1:718881/91‑1 (MQ=255) atatTTCATTTAACTGATTTTTTATGCAC‑AACAAAATCGCCTCAAAAGCTGTATTTTCTACTTTTGATGCGCTAGTATCTTATATTCTCaa > 2:18971/1‑91 (MQ=255) tatTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTaaa < 1:15774/91‑1 (MQ=255) atTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTaaaa > 1:70863/1‑91 (MQ=255) tCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGAc > 2:2577355/1‑91 (MQ=255) aTTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACAt < 1:3874533/91‑1 (MQ=255) aTTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACAt < 2:2471104/91‑1 (MQ=255) tttGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATc > 2:2806400/1‑91 (MQ=255) tttGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATAGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATc > 2:209211/1‑91 (MQ=255) ttGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATcc < 2:1282557/91‑1 (MQ=255) ttGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATcc < 1:356985/91‑1 (MQ=255) tGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATcat < 1:2641233/91‑3 (MQ=255) aCTGATTTTTTATGCACAAAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCcac > 1:3272880/1‑91 (MQ=255) aCTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAACGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCcaca > 2:621774/1‑91 (MQ=255) aCTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCcaca > 2:1003426/1‑91 (MQ=255) aCTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCcaca > 2:1074034/1‑91 (MQ=255) aCTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCcaca > 1:1421170/1‑91 (MQ=255) aCTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCcaca < 2:3078703/91‑1 (MQ=255) tGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGa < 2:202772/91‑1 (MQ=255) ttttttATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAAtt < 2:2680851/91‑1 (MQ=255) tttATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGt < 1:2240162/91‑1 (MQ=255) tATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTcc > 1:1600629/1‑91 (MQ=255) aTGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCt > 2:3366855/1‑91 (MQ=255) aTGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCt < 1:1655942/91‑1 (MQ=255) tGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCtt < 1:1683575/91‑1 (MQ=255) tGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCtt > 2:1166701/1‑91 (MQ=255) gCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTa > 1:88116/1‑91 (MQ=255) gCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTa > 1:2448887/1‑91 (MQ=255) gCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTa > 2:1460775/1‑91 (MQ=255) gCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTa > 1:2794868/1‑91 (MQ=255) cac‑aAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTaa < 2:499225/91‑1 (MQ=255) ac‑aAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAAc < 2:805626/91‑1 (MQ=255) ac‑aAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAAc < 2:819583/91‑1 (MQ=255) aaaaaaaTCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACAt < 1:3220568/91‑1 (MQ=255) aaaaaaTCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACAtt > 2:2196546/1‑91 (MQ=255) aaaaaaTCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACAtt < 1:357858/91‑1 (MQ=255) aaaaTCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTAc < 2:1828062/91‑1 (MQ=255) aaTCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTg < 2:2904995/91‑1 (MQ=255) ATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTCAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGt < 2:3118310‑M1/91‑1 (MQ=255) ATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGt < 1:3939717‑M1/91‑1 (MQ=255) TCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTCGTCCTTACCCTTACTGtt < 2:1624493‑M1/91‑1 (MQ=255) TCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGtt < 1:2891745‑M1/91‑1 (MQ=255) CGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGttt > 2:369189‑M1/1‑91 (MQ=255) gcatcaaaagttgaaactacagcttttgaggcgatAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTCCTGTTTg > 1:1962848‑M2/36‑91 (MQ=255) gcatcaaaagttgaaactacagcttttgaggcgatAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTATTTg > 2:546523‑M2/36‑91 (MQ=255) GCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTg > 1:1800849‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTg < 1:1658359‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGc > 1:274124‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaaGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTa > 1:523950/1‑91 (MQ=255) aaaGCTGTAGTTTCAACTGTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAGGACAGCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTAt < 2:3938778/91‑1 (MQ=255) agttgaaactacagcttttgaggcgatAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCa > 1:3769706‑M2/28‑91 (MQ=255) aGCTGTAGTTTAAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCa < 1:58301/91‑1 (MQ=255) gttgaaactacagcttttgaggcgatAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCaa > 2:73278‑M2/27‑91 (MQ=255) ttgaaactacagcttttgaggcgatAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCaat > 1:1177477‑M2/26‑91 (MQ=255) cTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCaat < 2:2228763/91‑1 (MQ=255) tgaaactacagcttttgatgcgatAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCaata > 1:3736123‑M2/25‑91 (MQ=255) tGTAGTTTGAACTTTTGATGCGATAGTATCTGATATTCTTAAAAGACATCCACAGCATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCcata < 2:1475671/91‑1 (MQ=255) tGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCaata > 1:657359/1‑91 (MQ=255) 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ttGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCAATAATGCGTTGGCGGTa > 2:3496971/1‑91 (MQ=255) ttGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCAATAATGCGTTGGCGGTa < 1:2317526/91‑1 (MQ=255) gATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCAATAATGCGTTGGCGGTAtt > 2:3579853/1‑91 (MQ=255) gATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCAATAATGCGTTGGCGGTAtt < 2:1631233/91‑1 (MQ=255) gATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCAATAATGCGTTGGAGGTAtt > 1:127492/1‑91 (MQ=255) gATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTACTTAACATTACTGTTTGCTTTATCAATAATGCGTTGGCGGTAtt > 1:3151477/1‑91 (MQ=255) aTGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCAATAATGCGTTGGCGGTAttt > 1:103749/1‑91 (MQ=255) aTGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCAATAATGCGTTGGCGGTAttt < 1:2067838/91‑1 (MQ=255) aTGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACACAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTATATCAATAATGCGTTGGCGATAttt > 1:3675489/1‑91 (MQ=255) tGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTCTCAATAATGCGCTGGCGGTCTTTg > 2:3290720/1‑91 (MQ=255) tGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCAATAATGCGTTGGCGGTATTTg < 2:1797509/91‑1 (MQ=255) tGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCAATAATGCGGTGGCGGTATTTg < 1:3057742/91‑1 (MQ=255) gcgatAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCAATAATGCGTTGGCGGTATTTGa > 2:1254107‑M2/6‑91 (MQ=255) gcgatAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCAATAATGCGTTGGCGGTATTTGa > 1:2915170‑M2/6‑91 (MQ=255) | GATGGAAAATTATTTGATATTTCATTTGACTGATTTTTTATGCAC‑AAAAAAATCGCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGATGCGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTTTATCAATAATGCGTTGGCGGTATTTGAAA > USA300TCH1516_ALE/1014958‑1015134 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |