New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1084763 | 158 (0.780) | 10 (0.060) | 7/140 | NT | 6.3% | intergenic (+135/+130) | purD/ykoC_1 | Phosphoribosylamine‑‑glycine ligase/Putative HMP/thiamine permease protein YkoC |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1084806 | 161 (0.900) | intergenic (+178/+87) | purD/ykoC_1 | Phosphoribosylamine‑‑glycine ligase/Putative HMP/thiamine permease protein YkoC |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
GATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAA > USA300TCH1516_ALE/1084717‑1084896 | ttCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcctc < 2:2963554‑M2/91‑5 (MQ=255) cTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcctctt > 1:2897647‑M2/1‑85 (MQ=255) cTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcctctt > 2:1597838‑M2/1‑85 (MQ=255) tGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcctcttt < 2:1615820‑M2/91‑8 (MQ=255) tACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcctcttttg > 2:3864666‑M2/1‑82 (MQ=255) aaaaagaaaaccatttattccatactaaACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGt > 2:2020975‑M1/29‑91 (MQ=255) 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tGTCATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGtttt < 1:3065511/91‑1 (MQ=255) tAATACAAAGGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttct < 2:2288883/91‑1 (MQ=255) tAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttct < 1:2729832/91‑1 (MQ=255) tAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttct < 1:3244467/91‑1 (MQ=255) aTACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttcttt > 1:1302472/1‑91 (MQ=255) aACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttctttt > 1:3010870‑M1/2‑91 (MQ=255) CAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttctttttc > 1:866962‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttctttttct > 2:1891493‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttctttttct < 1:2684544‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGCTGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCta < 2:1397864‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCtat > 2:2563391‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGGTTTCTTTTTCtat < 2:3394539‑M1/91‑1 (MQ=255) agagGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcctcttttgtattacatatgcataatcacaaatttggtacaga < 1:2150688‑M2/91‑44 (MQ=255) agGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAACCAACATGATCGTGGCCCCCCTTTCGTTTCGTATGGAATCACTGGCTTTCTTTCTCTATACa > 2:1990865/1‑91 (MQ=255) AGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACa < 1:3910906‑M1/91‑1 (MQ=255) GGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACaa < 1:3086195‑M1/91‑1 (MQ=255) ccACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGaa < 2:3116381/91‑1 (MQ=255) ccACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGaa > 1:33580/1‑91 (MQ=255) acaacaTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAAtt < 2:2571774/91‑1 (MQ=255) caacaTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAAttt < 2:1785143/91‑1 (MQ=255) caacaTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAAttt < 2:217985/91‑1 (MQ=255) acaTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCt < 1:3468267/91‑1 (MQ=255) caTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTa < 2:168486/91‑1 (MQ=255) caTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGATTAGTATGGACTAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTa > 2:155052/1‑91 (MQ=255) caTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTCTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTa > 2:1032910/1‑91 (MQ=255) aTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTaa > 2:688468/1‑91 (MQ=255) tGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAAt > 1:684601/1‑91 (MQ=255) gTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTATAAtt > 2:1482122/1‑91 (MQ=255) tttGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCGcctcttttgtattacatatgcataatcacaaatttggtacagaaatcaatgtcctagact < 2:1249810‑M2/91‑61 (MQ=255) tttGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAAttt > 1:778967/1‑91 (MQ=255) tttGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAAttt < 2:317589/91‑1 (MQ=255) tGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAg < 2:1294657/91‑1 (MQ=255) 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aCAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTTTACAATGAATTTCTAATTTAGTATCtat > 2:2086953/1‑91 (MQ=255) aCAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCtat < 1:3740202/91‑1 (MQ=255) aCAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCtat > 1:1747379/1‑91 (MQ=255) aCAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCtat > 2:483918/1‑91 (MQ=255) aCAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCtat > 1:1670792/1‑91 (MQ=255) aaaaTAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATAc < 1:800047/91‑1 (MQ=255) aaCATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTa > 1:3173210/1‑91 (MQ=255) aaCATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTa < 2:3950343/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |