| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1168782 | 286 (1.400) | 17 (0.090) +AGCTGT |
7/148 | NT | 7.3% | intergenic (+638/+15) | scn_2/USA300HOU_RS05810 | Staphylococcal complement inhibitor/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2664923 = | 181 (0.890) | intergenic (+158/+280) | pitA_2/USA300TCH1516_02535 | L‑methionine sulfoximine/L‑methionine sulfone acetyltransferase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
ATAAAATTTTAAACTTCTCAGGGGAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTATAGAAAAAGTATTTCTTTATCGTCG > USA300TCH1516_ALE/2664833‑2665013 | taAAATTTTAAACTTCTCAGGGGAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAg > 1:1556029/1‑91 (MQ=255) aaaTTTTAAACTTCTCAGGGGAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCt < 1:685468/91‑1 (MQ=255) aaTTTTAAACTTCTCAGGGGAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTa < 1:1013398/91‑1 (MQ=255) aTTTTAAACTTCTCAGGGGAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTaa < 2:1067922/91‑1 (MQ=255) ttAAACTTCTCAGGGGAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAAtgt < 1:2489281/91‑1 (MQ=255) aaCTTCTCAGGGGAGTGGGACAGAAATGATAAATAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTa > 2:2849176/1‑91 (MQ=255) aCTTCTCAGGGGAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTAc > 2:3213611/1‑91 (MQ=255) cTTCTCAGGGGAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACt < 1:3875013/91‑1 (MQ=255) cTTCTCAGGGGAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACt < 2:1766452/91‑1 (MQ=255) cTTCTCAGGGGAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGAATTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACt < 2:3538679/91‑1 (MQ=255) ttCTCAGGGGAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACtt < 1:1330363/91‑1 (MQ=255) aGGGGAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTaaaaa < 1:251879/91‑1 (MQ=37) ggggAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAAt < 1:2678944/91‑1 (MQ=35) gggAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATa < 2:1404663/91‑1 (MQ=34) gAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTCTGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAAGAgg > 2:3841335/1‑91 (MQ=16) gAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAgg > 2:1809039/1‑91 (MQ=34) taagACAAAAATAATAAAGAGCCACTAAAAATTTATTATGTAATGGTTCTTACACATTAGCTACAGCTAATATATAAATAAAAATAGGAAt < 2:672874/88‑1 (MQ=11) tGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAAt > 1:2040598/1‑91 (MQ=34) tGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAAt > 2:1145523/1‑91 (MQ=34) tGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTACTATGGAGTGGTTCCTACACATCAGCCCACGCTACTGTGCACTCAACAATAGGact > 2:2767948/1‑89 (MQ=2) ggACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATAc < 2:2123611/91‑1 (MQ=34) ggACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATAc > 2:3961007/1‑91 (MQ=34) 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aTGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGttt < 2:3083428/91‑3 (MQ=18) tGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGtttt < 1:1074831/91‑4 (MQ=21) tGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTaaa > 1:1844850/1‑91 (MQ=34) gATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTaaca > 2:3605193/1‑89 (MQ=21) gATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTaaaa > 1:838118/1‑91 (MQ=34) gATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTaaaa > 1:3931100/1‑91 (MQ=34) aTAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAAc < 2:605685/91‑1 (MQ=34) aaaGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTc > 2:3723646/1‑91 (MQ=34) aaaGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTc > 1:2280056/1‑91 (MQ=34) aaGAGCCACGAATGATTTATTATGTGGTGGTTCTTACACATGAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCa < 2:2366704/91‑1 (MQ=255) agagCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCAt < 2:3752989/91‑1 (MQ=34) agagCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCAt > 1:1586431/1‑91 (MQ=34) gagCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCATg < 1:968389/91‑1 (MQ=33) gagCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCATg < 1:1411443/91‑1 (MQ=33) agCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCATGc < 1:3918827/91‑1 (MQ=34) gCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCATGCa < 2:2277654/91‑1 (MQ=34) ccactacataataaatcattagtggttctttatcattagctgtAGCTAATGTGTACTTAAAAA‑ATGAATACATGAGTAAAGCTCATGCATa > 1:2702539‑M2/44‑91 (MQ=255) ccACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCATGCAt < 1:1936688/91‑1 (MQ=34) tactacataataaatcattagtggttctttatcattagctgtAGCTACTGTGTACTTCAAAA‑ATGAATACATGAGCAAAGCTCATGCATaa > 2:1554441‑M2/43‑91 (MQ=255) cACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCATGCATa > 1:188216/1‑91 (MQ=34) actacataataaatcattagtggttctttatcattagctgtAGCTAATGTGTACTTAAAAA‑ATGAATACATGAGTAAAGCTCATGCATAAg > 1:3272864‑M2/42‑91 (MQ=255) ctacataataaatcattagtggttctttatcattagctgtAGCTAATGTGTACTTAAAAA‑ATGAATACATGAGTAAAGCTCATGCATAAGa > 2:3653535‑M2/41‑91 (MQ=255) cTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCATGCATAAg > 1:846703/1‑91 (MQ=34) tAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTTAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCATGCATAAGa < 2:452883/91‑1 (MQ=34) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |