New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1628158 = | 106 (1.180) | 4 (0.050) | 3/254 | 14.2 | 3.8% | coding (315/1407 nt) | gnd | 6‑phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating |
? | USA300TCH1516_ALE | 1628226 = | 103 (1.250) | coding (247/1407 nt) | gnd | 6‑phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CATTGGAAGAATTTGTTAATTCTTTAGAAAAACCACGTAAAATTTTATTAATGGTTCAAGCAGGTAAAGCTACGGACGCAACGATTGATAGTTTGTTACCTTTATTAGATGATGGAGATATTTTAATTGATGGTGGTAATACAAACTATCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1628309‑1628158 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acaaactatcaaTCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTAAATCAGTTTTT > USA300TCH1516_ALE/1628226‑1628365 CATTGGAAGAATTTGTTAATTCTTTAGAAAAACCACGTAAAATTTTATTAATGGTTCAAGCAGGTAAAGCTACGGACGCAACGATTGATAGTTTGTTACCTTTATTAGATGATGAAGATACTTTAATTGATGGTGGTAATA > 2:93189/1‑141 ATTGGAAGAATTTGTTAATTCTTTAGAAAAACCACGTAAAATTTTATTAATGGTTCAAGCAGGTAAAGCTACGGACGCAACGATTGATAGTTTGTTACCTTTATTAGATGATGGAGATATTTTAATTGATGGTGGTAATAC > 1:485351/1‑141 TTGGAAGAATTTGTTAATTCTTTAGAAAAACCACGTAAAATTTTATTAATGGTTCAAGCAGGTAAAGCTACGGACGCAACGATTGATAGTTTGTTACCTTTATTAAATGATGGAGATATTTTAATTGATGGTGGTAATACA > 1:30207/1‑141 TGGAAGAATTTGTTAATTCTTTAGAAAAACCACGTAAAATTTTATTAATGGTTCAAGCAGGTAAAGCTACGGACGCAACGATTGATAGTTTGTTACCTTTATTAGATGATGGAGATATTTTAATTGATGGTGGTAATACAA < 1:366503/141‑1 AAGAATTTGTTAATTCTTTAGAAAAACCACGTAAAATTTTATTAATGGTTCAAGCAGGTAAAGCTACGGACGCAACGATTGATAGTTTGTTACCTTTATTAGATGATGGAGATATTTTAATTGATGGTGGTAATACAAACT > 2:74884/1‑141 AGAATTTGTTAATTCTTTAGAAAAACCACGTAAAATTTTATTAATGGTTCAAGCAGGTAAAGCTACGGACGCAACGATTGATAGTTTGTTACCTGTATTAGATGATGGAGATATTTTAATTGATGGTGGTAATACAAACga > 4:243062/1‑139 ATTTGTTAATTCTTTAGAAAAACCACGTAAAATTTTATTAATGGTTCAAGCAGGTAAAGCTACGGACGCAACGATTGATAGTTTGTTACCTTTATTAGATGATGGAGATATTTTAATTGATGGTGGTAATACAAACTATCA < 1:250689/141‑1 TTTGTTAATTCTTTAGAAAAACCACGTAAAATTTTATTAATGGTTCAAGCAGGTAAAGCTACGGACGCAACGATTGATAGTTTGTTACCTTTATTAGATGATGGAGATATTTTAATTGATGGTGGTAATACAAACTATCAA < 1:541036/141‑1 TTTGTTAATTCTTTAGAAAAACCACGTAAAATTTTATTAATGGTTCAAGCAGGTAAAGCTACGGACGCAACGATTGATAGTTTGTTACCTTTATTAGATGATGGAGATATTTTAATTGATGGTGGTAATACAAACTATCAA > 3:23297/1‑141 TTTGTTAATTCTTTAGAAAAACCACGTAAAATTTTATTAATGGTTCAAGCAGGTAAAGCTACGGACGCAACGATTGATAGTTTGTTACCTTTATTAGATGATGGAGATATTTTAATTGATGGTGGTAATACAAACTATCAA > 1:453336/1‑141 GATAGTTTGTTACCTTTATTAGATGATGGAGATATTTTAATTGATGGTGGTAATACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATT > 1:456623/1‑141 GTTTGTTACCTTTATTAGATGATGGAGATATTTTAATTGATGGTGGTAATACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTC > 3:148124/1‑141 GTTTGTTACCTTTATTAGATGATGGAGATATTTTAATTGATGGTGGTAATACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTC > 2:608497/1‑141 ATGATGGAGATATTTTAATTGATGGTGGTAATACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATG < 2:456623/141‑1 ACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAGTACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTA > 4:25723/1‑141 ACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTA > 1:98755/1‑141 ACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTA > 4:6222/1‑141 AACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTAAAT < 1:530085/141‑1 ACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTAAATC < 2:386995/141‑1 ACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTAAATC > 1:278731/1‑141 TATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTAAATCAG > 1:564091/1‑141 TCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTAAATCAGTT > 1:584457/1‑141 ATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTAAATCAGTTTTT > 1:585150/1‑141 ATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCAAATGAATAAGTTGGATGAATATTTTTAACTTTTGCTTATTCAACCATTAAATAAGTTTTT > 3:291656/1‑141 CATTGGAAGAATTTGTTAATTCTTTAGAAAAACCACGTAAAATTTTATTAATGGTTCAAGCAGGTAAAGCTACGGACGCAACGATTGATAGTTTGTTACCTTTATTAGATGATGGAGATATTTTAATTGATGGTGGTAATACAAACTATCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1628309‑1628158 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acaaactatcaaTCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTAAATCAGTTTTT > USA300TCH1516_ALE/1628226‑1628365 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |