| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1628158 = | 106 (1.180) | 4 (0.050) | 3/254 | 14.2 | 3.8% | coding (315/1407 nt) | gnd | 6‑phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1628226 = | 103 (1.250) | coding (247/1407 nt) | gnd | 6‑phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
ACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTAAATCAGTTTTT > USA300TCH1516_ALE/1628086‑1628365 | accaccAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAAt > 1:580905/1‑141 (MQ=255)accaccAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAAt > 1:401438/1‑141 (MQ=255)accaccAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAAt > 2:274328/1‑141 (MQ=255) accaGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGt > 2:84605/1‑141 (MQ=255) caGAACCGCCCATCCCAATAACGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCACATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTg < 3:218818/141‑1 (MQ=255) caGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTGGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATAGCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTg < 1:73576/141‑1 (MQ=255) aGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGc > 2:621065/1‑141 (MQ=255) cGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCg < 2:420309/141‑1 (MQ=255) cGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCg < 1:377197/141‑1 (MQ=255) cGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCg < 1:583569/141‑1 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gATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAAc > 1:622385/1‑141 (MQ=255) gATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAAc > 1:106949/1‑141 (MQ=255) ttGCACTTTGTGCTAATTCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCa < 3:92189/141‑1 (MQ=255) gCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGTTAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCAtt < 1:57237/141‑1 (MQ=255) gCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCAtt < 2:91457/141‑1 (MQ=255) aCTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCTTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATtaa > 4:59945/1‑141 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gTCTGATAGTATCTAGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTa < 2:470315/141‑1 (MQ=255) cTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTACGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTGTCTaaa > 2:414906/1‑141 (MQ=255) tGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAg < 1:151277/141‑1 (MQ=255) gATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGa > 2:672187/1‑141 (MQ=255) gATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGa > 1:315170/1‑141 (MQ=255) aTAGTATGTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGaa > 1:540616/1‑141 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tctcCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCt > 2:594068/1‑60 (MQ=255) ctcCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTcc > 3:69508/1‑141 (MQ=255) tcCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTAGCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTccc < 3:278585/141‑1 (MQ=255) tcatcTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCtttt < 1:288884/141‑1 (MQ=255) catcTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTg < 4:28331/141‑1 (MQ=255) cTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGAtt > 3:244804/1‑141 (MQ=255) cTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGAtt > 2:274776/1‑141 (MQ=255) taataaAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTACCTTTTGAttc > 1:427517/1‑141 (MQ=255) taataaAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTATTCTAATGTATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGAttc < 1:577140/141‑1 (MQ=255) ataaAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGAttctt > 1:442186/1‑141 (MQ=255) agaaaGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGAttctt < 1:83/139‑1 (MQ=255) taaAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAATAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGAttcttg < 3:223753/141‑2 (MQ=255) aaaGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCa < 1:223255/141‑1 (MQ=255) aaaGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCa > 3:13422/1‑141 (MQ=255) gTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCa < 2:401438/141‑1 (MQ=255) aaCAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCAtt > 3:206938/1‑141 (MQ=255) aCAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAGTACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTa > 4:25723/1‑141 (MQ=255) aCAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTa > 4:6222/1‑141 (MQ=255) aCAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTa > 1:98755/1‑141 (MQ=255) aaCTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTAAAt < 1:530085/141‑1 (MQ=255) aCTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTAAATc < 2:386995/141‑1 (MQ=255) aCTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTAAATc > 1:278731/1‑141 (MQ=255) tATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTAAATCAg > 1:564091/1‑141 (MQ=255) tCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTAAATCAGtt > 1:584457/1‑141 (MQ=255) agtCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTAAATCAGtttt < 1:33213/139‑1 (MQ=255) aTCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTAAATCAGttttt > 1:585150/1‑141 (MQ=255) aTCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCAAATGAATAAGTTGGATGAATATTTTTAACTTTTGCTTATTCAACCATTAAATAAGttttt > 3:291656/1‑141 (MQ=255) | ACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAATTCTTCCAATGAATACGTTGGATGAATATTTTTCCCTTTTGATTCTTCAACCATTAAATCAGTTTTT > USA300TCH1516_ALE/1628086‑1628365 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |