| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1628158 = | 106 (1.180) | 4 (0.050) | 3/254 | 14.2 | 3.8% | coding (315/1407 nt) | gnd | 6‑phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1628226 = | 103 (1.250) | coding (247/1407 nt) | gnd | 6‑phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GCAACTTTGTTATAAGCTTCTTCTTGTCCACCCGGCATTAATGACGGACCAGTTAACGCTCCAATTTCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAA > USA300TCH1516_ALE/1628018‑1628298 | gCAACTTTGTTATAAGCTTCTTCTTGTCCACCCGGCATTAATGACGGACCAGTTAACGCTCCAATTTCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCt < 1:460016/141‑1 (MQ=255)gCAACTTTGTTATAAGCTTCTTCTTGTCCACCCGGCATTAATGACGGACCAGTTAACGCTCCAATTTCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTAGTACGTCTGATAGTATCt > 1:549676/1‑141 (MQ=255) aaCTTTGTTATAAGCTTCTTCTTGTCCACCCGGCATTAATGACGGACCAGTTAACGCTCCAATTTCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTg < 2:299831/141‑1 (MQ=255) aCTTTGTTATAAGCTTCTTCTTGTCCACCCGGCATTAATGACGGACCAGTTAACGCTCCAATTTCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGa < 1:127052/141‑1 (MQ=255) tGTTATAAGCTTCTTCTTGTCCACCCGGCATTAATGACGGACCAGTTAACGCTCCAATTTCACAACCAGAACCGGCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTGTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGt > 1:237438/1‑141 (MQ=255) gTTATAAGCTTCTTCTTGTCCACCCGGCATTAATGACGGACCAGTTAACGCTCCAATTTCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGtt > 2:530085/1‑141 (MQ=255) gTTATAAGCTTCTTCTTGTCCACCCGGCATTAATGACGGACCAGTTAACGCTCCAATTTCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGtt > 1:484888/1‑141 (MQ=255) ttATAAGCTTCTTCTTGTCCACCCGGCATTAATGACGGACCAGTTAACGCTCCAATTTCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGttt < 1:413625/141‑1 (MQ=255) tataAGCTTCTTCTTGTCCACCCGGCATTAATGACGGACCAGTTAACGCTCCAATTTCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTg < 4:289378/141‑1 (MQ=255) ataAGCTTCTTCTTGTCCACCCGGCATTAATGACGGACCAGTTAACGCTCCAATTTCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGt > 2:651666/1‑141 (MQ=255) ataAGCTTCTTCTTGTCCACCCGGCATTAATGACGGACCAGTTAACGCTCCAATTTCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGt < 1:58044/141‑1 (MQ=255) aaGCTTCTTCTTGTCCACCCGGCATTAATGACGGACCAGTTAACGCTCCAATTTCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTAt < 3:193758/141‑1 (MQ=255) tcttcttGTCCACCCGGCATTAATGACGGACCAGTTAACGCTCCAATTTCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTacca > 4:23297/1‑141 (MQ=255) ttcttGTCCACCCGGCATTAATGACGGACCAGTTAACGCTCCAATTTCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTaccacc > 3:61199/1‑141 (MQ=255) ttcttGTCCACCCGGCATTAATGACGGACCAGTTAACGCTCCAATTTCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTaccacc > 1:597321/1‑141 (MQ=255) tcttGTCCACCCGGCATTAATGACGGACCAGTTAACGCTCCAATTTCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTAccacca > 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ttCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATc > 3:11820/1‑141 (MQ=255) ttCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATc < 3:124838/141‑1 (MQ=255) ttCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATc < 3:7412/141‑1 (MQ=255) tCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCa > 1:13637/1‑141 (MQ=255) tCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCa > 1:239061/1‑141 (MQ=255) caccacCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCaa > 1:515815/1‑141 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< 1:67890/141‑1 (MQ=255) tAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGATAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAAtttt > 2:394085/1‑141 (MQ=255) aaTGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTCCCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAAATATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTa < 2:484888/141‑1 (MQ=255) aTGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTAc > 3:261694/1‑141 (MQ=255) tGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACg < 1:576958/141‑1 (MQ=255) ttattaCGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGt > 2:224255/1‑141 (MQ=255) ttattaCGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGt > 2:343093/1‑141 (MQ=255) attaCGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGttt < 2:358707/141‑1 (MQ=255) ttaCGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGtttt < 1:204367/141‑1 (MQ=255) aCGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTc < 4:171040/141‑1 (MQ=255) aCGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTc < 2:450052/141‑1 (MQ=255) gTCTGATAGTATCTAGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTa < 2:470315/141‑1 (MQ=255) cTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTACGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTGTCTaaa > 2:414906/1‑141 (MQ=255) tGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAg < 1:151277/141‑1 (MQ=255) gATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGa > 1:315170/1‑141 (MQ=255) gATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGa > 2:672187/1‑141 (MQ=255) aTAGTATGTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGaa > 1:540616/1‑141 (MQ=255) aTAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGaa > 2:231278/1‑141 (MQ=255) tAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAAt < 3:82784/141‑1 (MQ=255) actATCTTGATAGTGTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCAGCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTCAGGAAtt > 4:55459/3‑141 (MQ=255) gTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTa > 3:205209/1‑141 (MQ=255) aTCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTTGTTTTTCTAAAGAATTAAc < 2:240919/141‑1 (MQ=255) aTCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAAc < 3:284514/141‑1 (MQ=255) aTCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAAc < 2:479997/141‑1 (MQ=255) tCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACa < 1:88189/141‑1 (MQ=255) ttGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACaaa > 1:541036/1‑141 (MQ=255) ttGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACaaa < 3:23297/141‑1 (MQ=255) ttGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACaaa < 1:453336/141‑1 (MQ=255) | GCAACTTTGTTATAAGCTTCTTCTTGTCCACCCGGCATTAATGACGGACCAGTTAACGCTCCAATTTCACCACCAGAAACGCCCATACCAATAAAGTTGATTGCACTTTGTGCTAATGCTTTATTACGTCTGATAGTATCTTGATAGTTTGTATTACCACCATCAATTAAAATATCTCCATCATCTAATAAAGGTAACAAACTATCAATCGTTGCGTCCGTAGCTTTACCTGCTTGAACCATTAATAAAATTTTACGTGGTTTTTCTAAAGAATTAACAAA > USA300TCH1516_ALE/1628018‑1628298 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |