Predicted mutation | ||||||
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MC JC | USA300TCH1516_ALE | 819,056 | Δ596 bp | [USA300HOU_RS04010] | [USA300HOU_RS04010] |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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* | * | ÷ | USA300TCH1516_ALE | 819056 | 819651 | 596 | 132 [0] | [0] 133 | [USA300HOU_RS04010] | [USA300HOU_RS04010] |
New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 819055 | 0 (0.000) | 132 (1.040) | 87/276 | 0.3 | 100% | coding (2/321 nt) | USA300HOU_RS04010 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 819652 = | 0 (0.000) | intergenic (+278/‑147) | USA300HOU_RS04010/garK_1 | hypothetical protein/Glycerate 2‑kinase |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
TTAGTACTTTTTTACAAACATATGTATAATATATTCGAGTATTTTTATTGAAAATATTTTGGAAAACGACGAATCCAATAAGAAAATTTAAACATGATTTGTAAGTTAGTTTAATAGGAAATATATGCTAAACCAAAAGAAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCACAACAAATAATAAAGTAAGGTGG > USA300TCH1516_ALE/819512‑819790 | aaagttaaaaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagta > 2:828201‑M2/141‑141 (MQ=255) aaagttaaaaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagta > 1:349700‑M2/141‑141 (MQ=255) aaagttaaaaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagta > 2:269042‑M2/141‑141 (MQ=255) aagttaaaaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAg > 2:941011‑M2/140‑141 (MQ=255) aagttaaaaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAg > 1:202636‑M2/140‑141 (MQ=255) gttaaaaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCa > 1:807852‑M2/138‑141 (MQ=255) gttaaaaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCa < 1:235183‑M2/4‑1 (MQ=255) aaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTg < 3:107915‑M2/9‑1 (MQ=255) aaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTg < 1:463403‑M2/9‑1 (MQ=255) 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4:92329‑M2/121‑1 (MQ=255) tttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCACAACaaa > 1:781680‑M2/19‑141 (MQ=255) tagaggggaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATAAATAAAAAACGTATCACAACAaata > 2:153050‑M2/17‑141 (MQ=255) agaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCACAACAaataa < 3:354562‑M2/126‑1 (MQ=255) agagtagCATATTGTTATTTACTGGAGTAATTAATAATCAGGTCATGTTAAATGTTCGCAAATGATCACGAGATAAAATCTATAATTTAAGATCAATCTTTTATGCATAAAAAACATAACACAACAAATAATAAAGTaacg > 2:631992/6‑139 (MQ=255) agtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCACTTATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGCATAAAAAACGTATCACAACAAATAATAAAGTAAggtg < 1:697950‑M2/138‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |