BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
MC JC	USA300TCH1516_ALE	819,056	Δ596 bp		[USA300HOU_RS04010]	[USA300HOU_RS04010]

Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	USA300TCH1516_ALE	819056	819651	596	132 [0]	[0] 133	[USA300HOU_RS04010]	[USA300HOU_RS04010]

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	= 819055	0 (0.000)	132 (1.040)	87/276	0.3	100%	coding (2/321 nt)	USA300HOU_RS04010	hypothetical protein
*	?	USA300TCH1516_ALE	819652 =	0 (0.000)	132 (1.040)	87/276	0.3	100%	intergenic (+278/‑147)	USA300HOU_RS04010/garK_1	hypothetical protein/Glycerate 2‑kinase

Only 100 of 133 total aligned reads displayed.

TTAGTACTTTTTTACAAACATATGTATAATATATTCGAGTATTTTTATTGAAAATATTTTGGAAAACGACGAATCCAATAAGAAAATTTAAACATGATTTGTAAGTTAGTTTAATAGGAAATATATGCTAAACCAAAAGAAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCACAACAAATAATAAAGTAAGGTGG  >  USA300TCH1516_ALE/819512‑819790

aaagttaaaaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagta                                                                                                                                            >  2:828201‑M2/141‑141 (MQ=255)

aaagttaaaaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagta                                                                                                                                            >  1:349700‑M2/141‑141 (MQ=255)

aaagttaaaaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagta                                                                                                                                            >  2:269042‑M2/141‑141 (MQ=255)

 aagttaaaaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAg                                                                                                                                           >  2:941011‑M2/140‑141 (MQ=255)

 aagttaaaaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAg                                                                                                                                           >  1:202636‑M2/140‑141 (MQ=255)

   gttaaaaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCa                                                                                                                                         >  1:807852‑M2/138‑141 (MQ=255)

   gttaaaaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCa                                                                                                                                         <  1:235183‑M2/4‑1 (MQ=255)

        aaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTg                                                                                                                                    <  3:107915‑M2/9‑1 (MQ=255)

        aaattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTg                                                                                                                                    <  1:463403‑M2/9‑1 (MQ=255)

         aattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGt                                                                                                                                   <  1:873562‑M2/10‑1 (MQ=255)

         aattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGt                                                                                                                                   <  4:402640‑M2/10‑1 (MQ=255)

         aattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGt                                                                                                                                   <  2:757574‑M2/10‑1 (MQ=255)

         aattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGt                                                                                                                                   <  3:271300‑M2/10‑1 (MQ=255)

         aattttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGt                                                                                                                                   >  3:334355‑M2/132‑141 (MQ=255)

            tttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTAt                                                                                                                                <  2:857425‑M2/13‑1 (MQ=255)

             ttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTAtt                                                                                                                               >  3:118999‑M2/128‑141 (MQ=255)

             ttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTAtt                                                                                                                               >  3:293449‑M2/128‑141 (MQ=255)

             ttgaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTAtt                                                                                                                               >  3:122075‑M2/128‑141 (MQ=255)

               gaatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagagttgaatagagtAGCATATTGTTATTTa                                                                                                                             >  2:141116‑M2/126‑141 (MQ=255)

                aatttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTAc                                                                                                                            <  1:767807‑M2/17‑1 (MQ=255)

                 atttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACt                                                                                                                           <  4:88045‑M2/18‑1 (MQ=255)

                   ttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTgg                                                                                                                         <  3:256238‑M2/20‑1 (MQ=255)

                   ttatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTgg                                                                                                                         <  2:877858‑M2/20‑1 (MQ=255)

                    tatggttaacatgtcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGa                                                                                                                        <  2:774673‑M2/21‑1 (MQ=255)

                                 tcaacttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAAtc                                                                                                           >  2:748882‑M2/108‑141 (MQ=255)

                                    acttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAAtcatg                                                                                                        <  2:87701‑M2/37‑1 (MQ=255)

                                     cttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAAtcatgt                                                                                                       <  2:489093‑M2/38‑1 (MQ=255)

                                      ttactatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAAtcatgtc                                                                                                      <  1:922184‑M2/39‑1 (MQ=255)

                                          tatttatattatgttaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATcatgtcatgt                                                                                                  <  2:279903‑M2/43‑1 (MQ=255)

                                          tatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATcatgtcatgt                                                                                                  <  1:961314‑M2/43‑1 (MQ=255)

                                          tatgtgtataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATcatgtcatgt                                                                                                  <  2:262307‑M2/43‑1 (MQ=255)

                                          tatgtgtataatggaaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATcatgtcatgt                                                                                                  <  2:730598‑M2/43‑1 (MQ=255)

                                                 ataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGt                                                                                           <  2:949792‑M2/50‑1 (MQ=255)

                                                 ataatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGt                                                                                           >  3:68913‑M2/92‑141 (MQ=255)

                                                   aatggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTc                                                                                         >  2:520611‑M2/90‑141 (MQ=255)

                                                     tggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGc                                                                                       >  3:146670‑M2/88‑141 (MQ=255)

                                                      ggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCa                                                                                      >  1:550047‑M2/87‑141 (MQ=255)

                                                      ggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCa                                                                                      <  1:363572‑M2/55‑1 (MQ=255)

                                                      ggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCa                                                                                      >  1:852576‑M2/87‑141 (MQ=255)

                                                      ggtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATGTACTGGAATAATTAATAATCATGTTATGTTAAATGTTCGCa                                                                                      >  1:309057‑M2/87‑141 (MQ=255)

                                                       gtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCat                                                                                     >  1:19408‑M2/86‑141 (MQ=255)

                                                       gtaaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCat                                                                                     >  1:55724‑M2/86‑141 (MQ=255)

                                                        taaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGcatg                                                                                    <  2:819945‑M2/57‑2 (MQ=255)

                                                         aaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCatat                                                                                   >  3:50139‑M2/84‑141 (MQ=255)

                                                         aaacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCatat                                                                                   >  3:350774‑M2/84‑141 (MQ=255)

                                                          aacattgatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCAtata                                                                                  >  3:74423‑M2/83‑141 (MQ=255)

                                                              ttgatattaactatatgtataaaaatggcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCa                                                                              <  1:131441‑M2/63‑1 (MQ=255)

                                                                gatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACg                                                                            >  2:127553‑M2/77‑141 (MQ=255)

                                                                gatattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACg                                                                            <  1:563666‑M2/65‑1 (MQ=255)

                                                                 atattaactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttacaggttaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACga                                                                           <  3:110188‑M2/66‑1 (MQ=255)

                                                                     taactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATa                                                                       <  1:835082‑M2/70‑1 (MQ=255)

                                                                     taactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATa                                                                       <  1:878269‑M2/70‑1 (MQ=255)

                                                                      aactatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATaa                                                                      >  2:408374‑M2/71‑141 (MQ=255)

                                                                       actatatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATaaa                                                                     >  1:221749‑M2/70‑141 (MQ=255)

                                                                           tatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCt                                                                 <  1:674377‑M2/76‑1 (MQ=255)

                                                                           tatgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCt                                                                 <  4:146670‑M2/76‑1 (MQ=255)

                                                                            atgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTa                                                                <  1:278588‑M2/77‑1 (MQ=255)

                                                                             tgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTaa                                                               >  2:610543‑M2/64‑141 (MQ=255)

                                                                             tgtataaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTaa                                                               >  1:441796‑M2/64‑141 (MQ=255)

                                                                                 taaaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGACTAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATCATCACGAGATAAAATCTAAAAtt                                                           <  1:141116‑M2/82‑1 (MQ=255)

                                                                                  aaaaatgtcgcgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAAttt                                                          >  3:358880‑M2/59‑141 (MQ=255)

                                                                                   aaaatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCAGGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTa                                                         >  1:760903‑M2/58‑141 (MQ=255)

                                                                                     aatgtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAg                                                       <  1:168987‑M2/86‑1 (MQ=255)

                                                                                        gtcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATCAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGAtt                                                    <  2:335327‑M2/89‑1 (MQ=255)

                                                                                         tcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTa                                                   >  1:363156‑M2/52‑141 (MQ=255)

                                                                                         tcacgcagatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTa                                                   <  2:92435‑M2/90‑1 (MQ=255)

                                                                                               agatgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCttt                                             <  2:576547‑M2/96‑1 (MQ=255)

                                                                                                 atgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTa                                           <  2:579743‑M2/98‑1 (MQ=255)

                                                                                                  tgctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTAt                                          <  1:828201‑M2/99‑1 (MQ=255)

                                                                                                   gctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATg                                         <  1:898808‑M2/100‑1 (MQ=255)

                                                                                                   gctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATg                                         <  3:126904‑M2/100‑1 (MQ=255)

                                                                                                   gctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTAGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATg                                         <  1:894101‑M2/100‑1 (MQ=255)

                                                                                                    ctatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATAGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAATATTAATCTTTTATGa                                        >  4:15688‑M2/41‑141 (MQ=255)

                                                                                                     tatttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGaa                                       <  1:130492‑M2/102‑1 (MQ=255)

                                                                                                        ttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATaa                                    <  1:231516‑M2/105‑1 (MQ=255)

                                                                                                        ttaaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATaa                                    <  3:149253‑M2/105‑1 (MQ=255)

                                                                                                         taaatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATaaa                                   <  1:474073‑M2/106‑1 (MQ=255)

                                                                                                           aatgtgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATaaaaa                                 >  2:885055‑M2/34‑141 (MQ=255)

                                                                                                              gtgataaatatttttattgttgtgttgagtAGCAGATGGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCTCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACg                              >  4:90312‑M2/31‑141 (MQ=255)

                                                                                                               tgataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGt                             <  2:170982‑M2/112‑1 (MQ=255)

                                                                                                                gataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTa                            >  3:189827‑M2/29‑141 (MQ=255)

                                                                                                                gataaatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAACGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTa                            <  1:710040‑M2/113‑1 (MQ=255)

                                                                                                                 aaaaatattgttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGTAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTAt                           <  2:821315‑M2/114‑1 (MQ=255)

                                                                                                                    aatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATcac                        >  2:429455‑M2/25‑141 (MQ=255)

                                                                                                                    aatatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATcac                        <  2:713272‑M2/117‑1 (MQ=255)

                                                                                                                      tatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCacaa                      <  3:147518‑M2/119‑1 (MQ=255)

                                                                                                                      tatttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCacaa                      >  4:226394‑M2/23‑141 (MQ=255)

                                                                                                                        tttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCacaaca                    >  3:310562‑M2/21‑141 (MQ=255)

                                                                                                                        tttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCacaaca                    <  2:449588‑M2/121‑1 (MQ=255)

                                                                                                                        tttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCacaaca                    <  1:107748‑M2/121‑1 (MQ=255)

                                                                                                                        tttttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTAATGAATAAAAAACGTATCacaaca                    <  4:182777‑M2/121‑1 (MQ=255)

                                                                                                                        gttttagaggtgaatagaggAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATTATGTCATGTTAAATGTTCGTATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCacaaca                    <  4:92329‑M2/121‑1 (MQ=255)

                                                                                                                          tttagaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCACAACaaa                  >  1:781680‑M2/19‑141 (MQ=255)

                                                                                                                            tagaggggaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATAAATAAAAAACGTATCACAACAaata                >  2:153050‑M2/17‑141 (MQ=255)

                                                                                                                             agaggtgaatagagtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCACAACAaataa               <  3:354562‑M2/126‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                       agagtagCATATTGTTATTTACTGGAGTAATTAATAATCAGGTCATGTTAAATGTTCGCAAATGATCACGAGATAAAATCTATAATTTAAGATCAATCTTTTATGCATAAAAAACATAACACAACAAATAATAAAGTaacg     >  2:631992/6‑139 (MQ=255)

                                                                                                                                         agtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCACTTATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGCATAAAAAACGTATCACAACAAATAATAAAGTAAggtg   <  1:697950‑M2/138‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                          gtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCACAACAAATAATAAAGTAAggtgg  >  1:259636‑M2/3‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                          gtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCACAACAAATAATAAAGTAAggtgg  >  4:324330‑M2/3‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                          gtAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCACAACAAATAATAAAGTAAggtgg  <  1:941011‑M2/139‑1 (MQ=255)

TTAGTACTTTTTTACAAACATATGTATAATATATTCGAGTATTTTTATTGAAAATATTTTGGAAAACGACGAATCCAATAAGAAAATTTAAACATGATTTGTAAGTTAGTTTAATAGGAAATATATGCTAAACCAAAAGAAGCATATTGTTATTTACTGGAATAATTAATAATCATGTCATGTTAAATGTTCGCATATAATCACGAGATAAAATCTAAAATTTAAGATTAATCTTTTATGAATAAAAAACGTATCACAACAAATAATAAAGTAAGGTGG  >  USA300TCH1516_ALE/819512‑819790

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`