| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1562383 | 140 (1.320) | 3 (0.030) | 3/268 | 13.5 | 2.6% | intergenic (‑349/+41) | hlgC_1/lytN_2 | Gamma‑hemolysin component C/putative cell wall hydrolase LytN |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1562397 | 90 (0.880) | intergenic (‑363/+27) | hlgC_1/lytN_2 | Gamma‑hemolysin component C/putative cell wall hydrolase LytN | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACCACGATATAGTTGACCATAACAACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1562238‑1562383‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taggcaGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAGTATATAAATTATTTTGTGTTCGTATTGTGTGCTATGATTAAAAAGTTGTT < USA300TCH1516_ALE/1562397‑1562258 ACCACGATATAGTTGACCATAACAACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAAT > 2:936406/1‑141 CACGATATAGTTGACCATAACAACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAG < 1:741786/141‑1 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ACGATATAGTTGACCATAACAACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGG < 2:223320/141‑1 ACGATATAGTTGACCATAACAACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGG < 1:21268/141‑1 CGATATAGTTGACCATAACAACTTTTTAATCATAGCACACAATACGGACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGC < 2:265726/141‑1 CGATATAGTTGACCATAACAACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGC < 1:262268/141‑1 CGATATAGTTGACCATAACAACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGC < 2:265695/141‑1 ACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAGGTAATTAGGTATTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAAAAGTTAATTT > 2:653668/1‑141 AAAATAATATATATAATAAAAACGTTTATTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAGGTATTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTT < 2:1183627/141‑1 AAACTAAGTGGTTATTAATTTTAAATAATAGGCAGGTAATTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAGTATATAAATTATTTTGT < 1:653668/141‑1 atctaacGCAGGTACATCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAGTATATAAATTATTTTGTGTTCGTATTGTGTGCTATGATTAA < 2:243875/134‑1 TAGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAGTATATAAATTATTTTGTGTTCGTATTGTGTGCTATGATTAAAAAG > 1:42751/1‑141 TAGGCAGGTACGTCGATCCTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAATTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAGCAAAAGTTATTAGTATATAAGTTATTTTGTGTTCGTAATGCGTGCTATGATTAAAAAG > 2:128088/1‑141 AGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAGTATATAAATTATTTTGTGTTCGTATTGTGTGCTATGATTAAAAAGT > 2:1188430/1‑141 AGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAGTATATAAATTATTTTGTGTTCGTATTGTGTGCTATGATTAAAAAGT > 1:653266/1‑141 AGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAGTATATAAATTATTTTGTGTTCGTATTGTGTGCTATGATTAAAAAGT > 2:627464/1‑141 AGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTATTAGTATATAAATTATTTTGTGTTCGTATTGTGTGCTATGATTAAAAAGT > 1:435685/1‑141 AGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAAAAGTTAATTTTTACATGAAGATATTAAATTTTAAAAAAACAAGCGTGTTTAGGATATAAATTAATTTGTGTTCGTATTGTGTGGTATGGTAAAAAAat > 2:275797/1‑139 GGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAGTTTTTACATGAGTATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAGTATATAAATTATTTTGTGTTGGTATTGTTTGGTATGCTTAATAAGTT > 2:260536/1‑141 GGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAGTATATAAATTATTTTGTGTTCGTATTTGGTGCTATGATTAAAAAGTT > 2:931931/1‑141 GGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAGTATATAAATTATTTTGTGTTCGTATTGTGTGCTATGATTAAAAAGTT < 1:469199/141‑1 GCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAATAACAAACGTTTTTAGTATATAAATTATTTTGTGTTCGTATTGTGTGCTATGATTAAAAAGTTG > 1:813581/1‑141 GCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAGTATATAAATTATTTTGTGTTCGTATTGTGTGCTATGATTAAAAAGTTG > 1:1053002/1‑141 GCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAGTATATAAATTATTTTGTGTTCGTATTGTGTGCTATGATTAAAAAGTTG > 2:789895/1‑141 CAGGTACTTCGGTATTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATTAATATATTAAATGTTAAAAAAACAAACGTTTTTAGTATATAAATTATTTTGTGTTCGTATTGTGTGCTATGATTAAAAAGTTGT < 1:539781/141‑1 CAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAGTATATAAATTATTTTGTGTTCGTATTGTGTGCTATGATTAAAAAGTTGT < 2:747041/141‑1 AGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAGTATATAAATTATTTTGTGTTCGTATTGTGTGCTATGATTAAAAAGTTGTT > 1:1033859/1‑141 AGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAGTATATAAATTATTTTGTGTTCGTATTGTATGCTATGATTAAAAAGTTGTT > 2:193318/1‑141 AGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAGTATATAAATTATTTTGGGTTGGTATTGTGTGCATAGATTAAAAAGTTGTT > 1:1153447/1‑141 ACCACGATATAGTTGACCATAACAACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1562238‑1562383‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taggcaGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAGTATATAAATTATTTTGTGTTCGTATTGTGTGCTATGATTAAAAAGTTGTT < USA300TCH1516_ALE/1562397‑1562258 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |