New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1562383 | 140 (1.320) | 3 (0.030) | 3/268 | 13.5 | 2.6% | intergenic (‑349/+41) | hlgC_1/lytN_2 | Gamma‑hemolysin component C/putative cell wall hydrolase LytN |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1562397 | 90 (0.880) | intergenic (‑363/+27) | hlgC_1/lytN_2 | Gamma‑hemolysin component C/putative cell wall hydrolase LytN | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TAACAACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCAATATAAGTAATCCATCTATA > USA300TCH1516_ALE/1562257‑1562537 | tAACAACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTATTTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTAcc > 1:929279/1‑141 (MQ=255) tAACAACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATTATAGTCAAGTACCGAAGTAcc < 1:616522/141‑1 (MQ=255) tAACAACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTAcc > 1:688795/1‑141 (MQ=255) aacaacTTTTTAATCATAGCATACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCt < 2:193318/141‑1 (MQ=255) aacaacTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCt < 1:1033859/141‑1 (MQ=255) acaacTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAACATTTAATATATTAATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAATACCGAAGTACCTg > 1:539781/1‑141 (MQ=255) acaacTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTg > 2:747041/1‑141 (MQ=255) caacTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGc < 1:1053002/141‑1 (MQ=255) caacTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTATTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGc < 1:813581/141‑1 (MQ=255) aacTTTTTAATCATAGCACCAAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGcc < 2:931931/141‑1 (MQ=255) aacTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGcc > 1:469199/1‑141 (MQ=255) aacTTATTAAGCATACCAAACAATACCAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATACTCATGTAAAAACTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGcc < 2:260536/141‑1 (MQ=255) atttttttACCATACCACACAATACGAACACAAATTAATTTATATCCTAAACACGCTTGTTTTTTTAAAATTTAATATCTTCATGTAAAAATTAACTTTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCt < 2:275797/139‑1 (MQ=255) acTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAATAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCt < 1:435685/141‑1 (MQ=255) acTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCt < 2:1188430/141‑1 (MQ=255) acTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCt < 2:627464/141‑1 (MQ=255) cTTTTTAATCATAGCACGCATTACGAACACAAAATAACTTATATACTAATAACTTTTGCTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAATTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGGATCGACGTACCTGCCTa < 2:128088/141‑1 (MQ=255) tttttAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTaa < 1:529718/141‑1 (MQ=255) tttttAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTaa < 1:386641/141‑1 (MQ=255) ttttAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAg > 1:1150487/1‑141 (MQ=255) ttttAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGAACCTGCCTAAg > 1:924100/1‑141 (MQ=255) ttAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGATGTACCTGCGTTAGAt > 2:243875/1‑141 (MQ=255) tAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGAtt < 1:752007/141‑1 (MQ=255) aaTCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATtc < 2:122848/141‑1 (MQ=255) tCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATtcat < 2:189606/141‑1 (MQ=255) aTAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTAACTGCCTAAGCTtcttca > 2:623182/1‑141 (MQ=255) agaacacaATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGGAGGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCata < 2:580029/138‑1 (MQ=255) tACTAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTAt < 2:819130/141‑1 (MQ=255) tACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTAt < 2:194029/141‑1 (MQ=255) acaaaCACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATc < 2:715549/138‑1 (MQ=255) aCGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATc < 2:695510/141‑1 (MQ=255) actacatAAAATAAAGCATCTTCTAAAAACCTTTGTTTTTTTAAAAATTAAATTATTCATAGAAAAATTAAATGTTAATTAATATTAAATAATAGTCAATTACCAAAAGACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCa < 2:251378/138‑1 (MQ=255) acatAAAATAATTTATATACTAAAATCGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATACTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAAc < 1:1149651/141‑1 (MQ=255) acacAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACCATTATCCAAc < 2:312532/141‑1 (MQ=255) acacAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCaaaa > 1:607442/1‑140 (MQ=255) acacAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTCAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAAc < 1:402741/141‑1 (MQ=255) aataatTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCACACTGCACt > 1:304899/1‑141 (MQ=255) tatataCTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTa > 2:315088/1‑141 (MQ=255) tatataCTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTCCACTAAACTTa > 2:475220/1‑141 (MQ=255) aataaCTAAAAACGTTTGTTCTTTTAAAATTTAATATATTCCTGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTAc < 2:804397/137‑1 (MQ=255) aaCGTTTGTTTTTTTAAAATTTGAAAGATTGAGTTAATGATTAAGTGTGTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTAGCGAAGTACCTGCTTAAGATTCATCATATGCAGGTATCAAACTGCGCTAAACTTACCAAAACTGCt < 2:539447/141‑1 (MQ=255) tttgtttTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTAtt < 2:207533/141‑1 (MQ=255) tttgtttTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTAtt < 2:697138/141‑1 (MQ=255) ttgtttTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTc > 1:907012/1‑141 (MQ=255) tgtttTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCg > 2:851475/1‑141 (MQ=255) ttttttAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAGATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGtt < 2:797913/141‑1 (MQ=255) tttttAAAATTTAATAAAGTCATGTAAAAATTTACTGTTTTGTAATTTTAAATACTAGGCCAGTACCGAAGGACCTGCCTATGAGTTATCGTATACTATCATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACGGCTTATTCTGTTg < 2:236552/141‑1 (MQ=25) ttAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGt > 1:618220/1‑141 (MQ=255) ttAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAAGAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGt < 2:250598/141‑1 (MQ=255) tAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGCTTGCCTGCTagacc > 2:1121357/1‑137 (MQ=255) aaTATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCt < 1:457054/141‑1 (MQ=255) tatTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACct > 1:1113227/1‑141 (MQ=255) aatTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACct < 1:770528/140‑1 (MQ=255) aatAAAAATAAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCgg < 1:1001205/139‑1 (MQ=255) tAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTc > 2:184302/1‑141 (MQ=255) aaaTTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCa > 2:190095/1‑141 (MQ=255) aaTTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAACCTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCaa < 2:688795/141‑1 (MQ=255) ttAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAata > 1:539942/1‑141 (MQ=255) ttAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAata > 2:1204694/1‑141 (MQ=255) aCTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAATTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTACACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACTTCTCCGGTGGCAATATAg > 1:43533/1‑141 (MQ=255) aCTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAg < 1:32320/141‑1 (MQ=255) aCTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAg > 1:1089485/1‑141 (MQ=255) aCTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAg > 2:14146/1‑141 (MQ=255) cTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGc < 1:184302/141‑1 (MQ=255) tGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCg < 2:1090172/141‑1 (MQ=255) tttATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGAc < 1:1101941/141‑1 (MQ=255) tttATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGAc < 2:1089485/141‑1 (MQ=255) tttATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGAc < 1:525628/141‑1 (MQ=255) ttactaATATTAAATAATAAGCAAGTACCGACGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACg < 1:3151/141‑1 (MQ=255) tattaATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAATACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCCCCCCGTTTTCAATATAGCGACGt < 1:531852/141‑1 (MQ=38) taATTATAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATTTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGt < 2:125325/141‑1 (MQ=255) aaTTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTACAGTTATCGAAACTACTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTc > 1:877327/1‑141 (MQ=255) aaTTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTc < 1:14146/141‑1 (MQ=255) aaTTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTc < 1:59904/141‑1 (MQ=255) aaTTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTc > 1:651/1‑141 (MQ=255) aTTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCTTCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTcc > 1:1137723/1‑141 (MQ=255) tAAATAATAGGCCAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCACAACTGCTTCTTCGATTGCCTGCTATTTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTa < 2:494930/141‑1 (MQ=37) tAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGCCGTTGTCCACTa < 1:622564/141‑1 (MQ=255) aaaaTAATAGGCAAGCACCAAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCCCTa < 2:607442/140‑1 (MQ=255) aataatAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTAtt < 2:77840/141‑1 (MQ=255) acaataGGCAAGTACCGAATTACCTGCATAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTACTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCTACGTTGTCCActacta < 1:599663/139‑1 (MQ=25) aataGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTCTGTCTACCTCTCCGGTCGCAATCTAGCCACGCTGTCCCCTATTCGc > 2:460757/1‑141 (MQ=25) aataGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTATTAGc < 2:1113227/141‑1 (MQ=255) ataGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTTGCAATATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCa > 2:1106295/1‑141 (MQ=255) ataGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCAGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTAGCAATATAGCACCGTTGTACACCATTCGCa > 2:418026/1‑141 (MQ=25) ataGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTACTGATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTGGTCCACTCTTAGCa > 2:1097964/1‑141 (MQ=255) aggacaGTACCGACGAACCGGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAACCTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATGTAGCGACGTTGTCAACTATTAGCaaa > 2:673119/6‑140 (MQ=21) ggCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATGAAACTGCACTAAGCTTACCAAAACTGCTTATTCGTTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCAata < 2:489738/141‑1 (MQ=255) ggCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCAata < 1:594897/141‑1 (MQ=255) cAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTCTCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCAAtata > 1:826056/1‑141 (MQ=255) aaGCACCGAAGCACCTCCCAAAGATTCATCATATACAATTAACAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTGATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAAGATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCAATATaa < 2:969006/141‑1 (MQ=21) aGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTACCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCAATATAAg < 2:907012/141‑1 (MQ=255) aCCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATCTAGCGACGTTGTCCACTATTAGCAATATAAGTaa > 1:1015023/1‑141 (MQ=255) aCCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCACACACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCAATATAAGTaa > 1:1197613/1‑141 (MQ=255) cGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACACTTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCCCTATTAGCCATATAAGTAATc < 1:623182/141‑1 (MQ=255) cGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCAATATAAGTAATc < 1:212147/141‑1 (MQ=255) aaGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAATCTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCAATATAAGTAATCCa < 2:48628/141‑1 (MQ=255) aaGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCAATATAAGTAATCCa < 2:48431/141‑1 (MQ=255) aGTCCCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCACAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTACGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCAATATAATTAATCCAt < 2:889733/141‑1 (MQ=255) cTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCAATATAAGTAATCCATCtata > 2:810444/1‑141 (MQ=255) | TAACAACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCAATATAAGTAATCCATCTATA > USA300TCH1516_ALE/1562257‑1562537 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |