New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1562383 | 140 (1.320) | 3 (0.030) | 3/268 | 13.5 | 2.6% | intergenic (‑349/+41) | hlgC_1/lytN_2 | Gamma‑hemolysin component C/putative cell wall hydrolase LytN |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1562397 | 90 (0.880) | intergenic (‑363/+27) | hlgC_1/lytN_2 | Gamma‑hemolysin component C/putative cell wall hydrolase LytN | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
ATATAGTTGACCATAACA‑ACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCAATATAA > USA300TCH1516_ALE/1562244‑1562523 | atatAGTTGACCATAACA‑ACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCaa > 1:849095/1‑141 (MQ=255) atatAGTTGACCATAACA‑ACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATAATAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATATAAAACTTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCaa > 1:1137787/1‑141 (MQ=255) ataGTTGACCATAACA‑ACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGt < 1:1008456/141‑1 (MQ=255) ataGTTGACCATAACA‑ACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGt < 2:1016295/141‑1 (MQ=255) 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2:522493/140‑1 (MQ=255) gaacATAACA‑ACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTCAAATAATAGGCAAGTACCGaa < 2:674938/138‑1 (MQ=255) gACCATAACATGTTTTTTAATCAAATTGAACGAGACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGa < 2:900896/141‑1 (MQ=255) gACCATAACA‑ACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGaa < 2:1126451/141‑1 (MQ=255) gACCATAACA‑ACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGaa < 2:1126374/141‑1 (MQ=255) gACCATAACA‑ACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGaa < 2:715049/141‑1 (MQ=255) 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2:1018659/141‑1 (MQ=255) aCCATAACA‑ACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAg < 1:1092181/141‑1 (MQ=255) aCCATAACA‑ACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAg < 1:76376/141‑1 (MQ=255) aCCATAACA‑ACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAg < 2:595596/141‑1 (MQ=255) aCCATAACA‑ACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAg < 1:559359/141‑1 (MQ=255) aCCATAACA‑ACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACAAAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAg < 2:565563/141‑1 (MQ=255) aTAACA‑ACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTCTAGAATAGGCAAGTACCGAAGTAc < 1:1199604/141‑1 (MQ=255) aTAACA‑ACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTAc > 1:201290/1‑141 (MQ=255) tAACA‑ACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTATTTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTAcc > 1:929279/1‑141 (MQ=255) tAACA‑ACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTAcc > 1:688795/1‑141 (MQ=255) aaca‑acTTTTTAATCTATGCACACAATACCAACCCAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCt < 1:1153447/141‑1 (MQ=255) aaca‑acTTTTTAATCATAGCATACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCt < 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2:627464/141‑1 (MQ=255) acTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCt < 1:653266/141‑1 (MQ=255) cTTTTTAATCATAGCACGCATTACGAACACAAAATAACTTATATACTAATAACTTTTGCTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAATTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGGATCGACGTACCTGCCTa < 2:128088/141‑1 (MQ=255) cTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTa < 1:42751/141‑1 (MQ=255) tttttAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTaa < 1:529718/141‑1 (MQ=255) ttttAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGAACCTGCCTAAg > 1:924100/1‑141 (MQ=255) 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2:184302/1‑141 (MQ=255) aaTTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAACCTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCaa < 2:688795/141‑1 (MQ=255) ttAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAata > 2:1204694/1‑141 (MQ=255) aCTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAATTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTACACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACTTCTCCGGTGGCAATATAg > 1:43533/1‑141 (MQ=255) aCTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAg < 1:32320/141‑1 (MQ=255) cTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGc < 1:184302/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaTTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTACAGTTATCGAAACTACTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTc > 1:877327/1‑141 (MQ=255) aaTTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTc < 1:59904/141‑1 (MQ=255) tAAATAATAGGCCAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCACAACTGCTTCTTCGATTGCCTGCTATTTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTa < 2:494930/141‑1 (MQ=37) tAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGCCGTTGTCCACTa < 1:622564/141‑1 (MQ=255) acaataGGCAAGTACCGAATTACCTGCATAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTACTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCTACGTTGTCCActacta < 1:599663/139‑1 (MQ=25) aataGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTCTGTCTACCTCTCCGGTCGCAATCTAGCCACGCTGTCCCCTATTCGc > 2:460757/1‑141 (MQ=25) ataGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTTGCAATATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCa > 2:1106295/1‑141 (MQ=255) ataGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCAGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTAGCAATATAGCACCGTTGTACACCATTCGCa > 2:418026/1‑141 (MQ=25) ataGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTACTGATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTGGTCCACTCTTAGCa > 2:1097964/1‑141 (MQ=255) gCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCAatat < 2:618220/141‑1 (MQ=255) cAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTCTCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCAAtata > 1:826056/1‑141 (MQ=255) aaGCACCGAAGCACCTCCCAAAGATTCATCATATACAATTAACAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTGATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAAGATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCAATATaa < 2:969006/141‑1 (MQ=21) | ATATAGTTGACCATAACA‑ACTTTTTAATCATAGCACACAATACGAACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGTCTACCTCTCCGGTCGCAATATAGCGACGTTGTCCACTATTAGCAATATAA > USA300TCH1516_ALE/1562244‑1562523 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |