| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2543221 = | 209 (1.230) | 4 (0.030) | 4/270 | 13.3 | 2.1% | intergenic (+15/‑552) | hlgA/hlgC_2 | Gamma‑hemolysin component A/Gamma‑hemolysin component C |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2543266 = | 187 (1.210) | intergenic (+60/‑507) | hlgA/hlgC_2 | Gamma‑hemolysin component A/Gamma‑hemolysin component C | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGGCTGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAGACAAGTATGAAGTGTCCCAGGATTTTTTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2543379‑2543221‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caggattttttaaCAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGAAAGCTTAAATA > USA300TCH1516_ALE/2543266‑2543411 tTATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAGTGTTATAAGGCTGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAGACAAGTATGAAGTGTCCCAG < 1:1138099/148‑1GTATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGGCTGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAGACAAGTATGAAGTGTCCCAG < 1:1410625/149‑1GTATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGGCTGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAGACAAGTATGAAGTGTCCCAG < 1:1410634/149‑1GTATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGGCTGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAGACAAGTATGAAGTGTCCCAG < 2:308855/149‑1 TATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTACTGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGGCTGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAGACAAGTATGAAGTGTCCCAGG > 1:661828/1‑149 TATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGGCTGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAGACAAGTATGAAGTGTCCCAGG > 1:519959/1‑149 TATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGGCTGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAAACAAGTATGAAGTGTCCCAGG > 2:501824/1‑149 ATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGGCTGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAGACAAGTATGAAGTGTCCCAGGA > 2:542842/1‑149 ATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGGCTGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAGACAAGTATGAAGTGTCCCAGGA > 2:1612425/1‑149 TTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGGCTGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAGACAAGTATGAAGTGTCCCAGGATTTT < 1:507133/149‑1 TTTGTGTATCTACTAGGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGGCTGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAGAGAAGTATGAAGTGTCCCAGGATTTT > 1:1527321/1‑149 TGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGGCTGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAGACAAGTATGAAGTGTCCCAGGATTTTTTAA > 1:1453283/1‑149 TGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGGCTGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAGACAAGGATGAAGTGTCCCAGGATTTTTTAA > 1:738439/1‑149 TGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGGATGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAGACAAGTATGAAGTGTCCCAGGATTTTTTAA > 1:232004/1‑149 TGTATCTACTATGGTTCAATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAACTTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGGCTGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAGACAAGTATGAAGTGTCTCAGCATTTTTTAA > 2:1106315/1‑149 CTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAATATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATCATTTAATGTTATAAGGCTGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAGACAAGTATGAAATGACCGAGGATTTTTTAACAAATTGA > 1:1052376/1‑149 TATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGGCTGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAGACAAGTATGAAGTGTCCCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATT > 1:31190/1‑149 AATTTAATGTTATAAGGCTGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAGACAAGTATGAAGTGTCCCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATA < 2:31190/149‑1 TCAATTTGTTAAAAAATGCTGAGACAAGTATGAAGTGTCCCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTCATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAG < 2:1052376/149‑1 AGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGAAA > 2:162887/1‑149 GGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGAAAG > 1:458266/1‑149 ATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGCAAGCT > 1:886255/1‑149 ATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGAAAGCT < 2:1241744/149‑1 TTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGAAAGCTT < 1:263806/149‑1 TTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTCTAGCATACATAAAATTTAAGAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACACATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGAAAGCTT < 2:1031382/149‑1 TTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTACTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGAAAGCTT < 2:441935/149‑1 TTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGAAAGCTTA < 2:1074652/149‑1 ttgTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGAAAGCTTAA < 1:1530828/146‑1 taTTAACAAATTGAATTAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATAGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGAAAGCTTAA < 2:1058029/147‑1 TTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACTAATGAAACAATTTAACTTGAAAGCTTAA < 2:500458/149‑1 TTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGAAAGCTTAA < 2:1677108/149‑1 TTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATCTAACTTGAAAGCTTAA < 2:1269768/149‑1 TTTTAACAAATTGAAGCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGAAAGCTTAA < 1:202110/149‑1 TTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGAAAGCTTAAA < 2:1709181/149‑1 TAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATAGTAAAGCAAATTTAATACTAACCACGGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGAAAGCTTAAATA > 1:406427/1‑149 GTATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGGCTGATTCAATTTGTTAAAAAATCCTGAGACAAGTATGAAGTGTCCCAGGATTTTTTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2543379‑2543221‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caggattttttaaCAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGAAAGCTTAAATA > USA300TCH1516_ALE/2543266‑2543411 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |