| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2543221 = | 209 (1.230) | 4 (0.030) | 4/270 | 13.3 | 2.1% | intergenic (+15/‑552) | hlgA/hlgC_2 | Gamma‑hemolysin component A/Gamma‑hemolysin component C |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2543266 = | 187 (1.210) | intergenic (+60/‑507) | hlgA/hlgC_2 | Gamma‑hemolysin component A/Gamma‑hemolysin component C | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
TTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGAAAGCTTAAATA > USA300TCH1516_ALE/2543122‑2543411 | ttttGAAAACCGTAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAAGTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAAt < 2:244722/149‑1 (MQ=255) aaaaaCCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGCATTTTTTAACAAATTGaa < 1:1247570/149‑1 (MQ=255) aaaaCCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCCTACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAAtgtaaa > 2:184294/1‑144 (MQ=255) aCCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAg < 1:445039/149‑1 (MQ=255) aCCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAg < 1:797560/149‑1 (MQ=255) ccGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGc > 2:925285/1‑149 (MQ=255) ccGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGc > 2:389539/1‑149 (MQ=255) cGAAACGTTACAGGTAAATATGAAGTGAACTTGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGcc < 2:1341297/149‑1 (MQ=255) aaaCGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCtt < 1:64141/149‑1 (MQ=255) gTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGTACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATaa < 2:742707/149‑1 (MQ=255) attACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACATATGAAGTAAAAATTAAAAGTATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATaa < 2:450303/148‑1 (MQ=255) tACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACa > 1:1231328/1‑149 (MQ=255) aCAGTTAAATATGGAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACAt < 2:1240540/149‑1 (MQ=255) aaaTATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAatt < 2:841493/149‑1 (MQ=255) tatGAAACGAACTAGAAAAAACATGAAGGAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAattatt < 1:358176/149‑1 (MQ=255) atGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTAttt < 1:548840/149‑1 (MQ=255) tGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTAtttt > 1:196699/1‑149 (MQ=255) gAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTa > 2:1591073/1‑149 (MQ=255) aaatcatcTGGAAAACAGATGAAGTAAAAATTAAAAGCAGCACAACTTATTACACAGTTCAATCATCTT‑ACAAAAGCCTGTGACACTTCATAATTTTCGCAGGATTTTTTAAGAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTAt < 2:107402/142‑1 (MQ=255) aaGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTAt < 1:731440/149‑1 (MQ=255) aaGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCACCCTTATAACATTAAATTATTTTAt > 2:1262693/1‑149 (MQ=255) aaGTGAACGGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTAt < 1:30439/149‑1 (MQ=255) aGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATc < 2:885847/149‑1 (MQ=255) gtaaaCTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCg < 1:1498384/146‑1 (MQ=255) gTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCg > 2:1410583/1‑149 (MQ=255) tgaccgggAAAACACCTGAAGCAAAAGTTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGTCACTTCATACTTGGCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGt < 1:591181/143‑1 (MQ=255) tGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCga > 2:345865/1‑148 (MQ=255) gAACTGGAAAACACACGAAGGAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTa > 2:1009256/1‑149 (MQ=255) accggAAAACACATGAAGTGAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATTAGCCTTATACCATTAAATTATTTTATCGTACa < 1:1097299/146‑1 (MQ=255) tGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACAtt < 2:42230/149‑1 (MQ=255) aaaCACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAAt > 1:168444/1‑149 (MQ=255) aaaCACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAAt > 1:1519319/1‑149 (MQ=255) accacaTGAAGCTAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAAtt < 1:1453070/147‑1 (MQ=255) aaCACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAATAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATTCTGGGCGCATTATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAAtt < 1:479586/149‑1 (MQ=255) aaCACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAAtt < 1:1340007/149‑1 (MQ=255) aaCACACGAACTAAAAACTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCCTGCTTGCCCCCTAGTAGTTTATCTTAGAAATTGAGCCTTATATCACTAAATTGTTTTATCGTACATTAAAtt < 1:1695938/149‑1 (MQ=255) cacaTGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTta < 1:673820/149‑1 (MQ=255) cacaTGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTta < 1:25168/149‑1 (MQ=255) cacaTGAAGTAAAAATTAAAAGCAACACACTGAAGTAAACACTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTAAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTta < 2:778828/149‑1 (MQ=255) aacctgtaGTTAAAATTATAATCAGCACACCTAAGTAAATAGTTCAATCATCTT‑AAAATATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTACAACATTAAAATATTTTATCGTACATTAAATTta < 1:273045/142‑1 (MQ=255) acaTGAAGCAAAAACTAAAAGCATCACACCTGAGTAAACAGTTCAATCCTCTT‑AAAAAATCCTGGGTCACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACCTTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTtaa < 2:602632/149‑1 (MQ=255) acaTAAACTAAAAATTAAAAACATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTCAATTAGTTTATCGTACATTAAATTtaa < 2:1228443/149‑1 (MQ=255) tGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTtaataa > 1:381885/1‑149 (MQ=255) aaGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACTGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATAGTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTtaataata > 2:1033531/1‑149 (MQ=255) aaGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTtaataata > 2:400160/1‑149 (MQ=255) aaTTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTg > 1:627153/1‑149 (MQ=255) aaaaGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGAttt < 1:1639459/149‑1 (MQ=255) acgCATCACGCCTAACGAAACATTTTATTCAGCTC‑AAAAAATCCTGGGATACTTCATACTTTTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGAttttt < 1:1206391/147‑1 (MQ=255) aGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTta > 1:1316480/1‑149 (MQ=255) aGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTta > 1:1674446/1‑149 (MQ=255) cATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAGTTTAATAATAACAACTGATTCTaata > 1:201604/1‑149 (MQ=255) cacaCCTAAGTAACCAGTACAATCAACCT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGa < 1:1219281/149‑1 (MQ=255) cacaCCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACCCTTCATACGTGGCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGa > 1:758154/1‑149 (MQ=255) cacaCCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGa < 1:1196572/149‑1 (MQ=255) cacaCCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAAAAATTACAACTGATTTTTATAAGa > 1:648885/1‑149 (MQ=255) acacCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGaa > 1:682146/1‑149 (MQ=255) ccTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATACCAACTGATTTTTATAAGAATaa > 1:1118354/1‑149 (MQ=255) ccTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACACTAAATTCAATAACCACTACTGCTCTTTCTAAGAATaa < 2:1703173/149‑1 (MQ=255) aaaCAGTTCAATCATCTT‑AAACATTACCGAATCACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCg > 2:1223325/1‑149 (MQ=255) aaaCAGTTCAATCATCTT‑AAAAACTCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCg > 1:1269768/1‑149 (MQ=255) aaaCAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCg > 1:1634561/1‑149 (MQ=255) aaaCAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCg < 2:1316480/149‑1 (MQ=255) aaaCAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCg < 2:1674446/149‑1 (MQ=255) cAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAAc < 1:538723/149‑1 (MQ=255) cAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAAc < 1:1372374/149‑1 (MQ=255) aGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAAcc < 1:426936/149‑1 (MQ=255) aGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAAcc < 2:1490606/149‑1 (MQ=255) gTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAACTTAGTCATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGAATCGAACCa > 2:177101/1‑149 (MQ=255) gTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTAAATTCACTTTGATCATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAAACa > 1:1602195/1‑149 (MQ=255) cAATCATCTTAAAAAAATCCTGGTACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCAta < 2:830151/149‑1 (MQ=255) atcTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTACAGATTATCTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGAt < 1:1165415/149‑1 (MQ=255) tt‑AAAAAATGCTGAGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAAGTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATTGAACCATAGTAGATaca < 2:1106315/149‑1 (MQ=255) tt‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCATCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATaca < 1:232004/149‑1 (MQ=255) aagaaTCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACaa < 1:56698/146‑1 (MQ=255) tCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAaataat < 2:1612425/149‑1 (MQ=255) tCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAaataat < 2:542842/149‑1 (MQ=255) ccTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAataata < 1:519959/149‑1 (MQ=255) ccTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACAGTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAataata < 1:661828/149‑1 (MQ=255) cTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATAc > 1:1410625/1‑149 (MQ=255) cTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATAc > 2:308855/1‑149 (MQ=255) cTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACACTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAataataa > 1:1138099/1‑148 (MQ=255) ggACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACaaa < 1:1715717/149‑1 (MQ=255) acacTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTCAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATg < 2:464018/149‑1 (MQ=255) acTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGaa < 1:941227/149‑1 (MQ=255) aattCATACTTGTCTCAGAAATATTTAACAAAGTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGaa < 2:1284853/147‑1 (MQ=255) cATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACaa < 1:1009256/149‑1 (MQ=255) aCTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAAttt > 2:808800/1‑149 (MQ=255) aCTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATAAACAAATAATACAAATAAAACAAttt > 2:511402/1‑149 (MQ=255) cTTGTCTCAGGATTTTTTAACACATTGAACCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAAGAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTa > 2:1178361/1‑149 (MQ=255) cTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTCTATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTa < 1:1414763/149‑1 (MQ=255) cTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTa < 1:321254/149‑1 (MQ=255) ttGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTaa < 2:682146/149‑1 (MQ=255) ttGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTACAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGAGACACAAATAATACAAATGAAACAATTTaa < 2:318664/149‑1 (MQ=255) gTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACt < 1:988283/149‑1 (MQ=255) tctcAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACtt > 1:1055028/1‑149 (MQ=255) tctcAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAATATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACtt > 1:505175/1‑149 (MQ=255) aTTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGCAAGCt > 1:886255/1‑149 (MQ=255) ttttAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACTAATGAAACAATTTAACTTGAAAGCTtaa < 2:500458/149‑1 (MQ=255) ttgtAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGAAAGCTtaa < 1:1530828/146‑1 (MQ=255) tattAACAAATTGAATTAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATAGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGAAAGCTtaa < 2:1058029/147‑1 (MQ=255) | TTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTT‑AAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGAAAGCTTAAATA > USA300TCH1516_ALE/2543122‑2543411 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |