New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2543221 = | 209 (1.230) | 4 (0.030) | 4/270 | 13.3 | 2.1% | intergenic (+15/‑552) | hlgA/hlgC_2 | Gamma‑hemolysin component A/Gamma‑hemolysin component C |
? | USA300TCH1516_ALE | 2543266 = | 187 (1.210) | intergenic (+60/‑507) | hlgA/hlgC_2 | Gamma‑hemolysin component A/Gamma‑hemolysin component C | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
TGCTTACGTGACAAGACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACA > USA300TCH1516_ALE/2543074‑2543369 | tGCTTACGTGACAAGACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAACCCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCtt > 2:1498357/1‑149 (MQ=255) tGCTTACGTGACAAGACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCAAACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCtt > 2:693930/1‑149 (MQ=255) gattACGAGAAAAGACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATAATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAATAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTa < 2:241759/147‑1 (MQ=255) gCTTACGTGACAAGACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTa > 1:849586/1‑149 (MQ=255) gCTTACGTGACAAGACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGAAAACAGTTCAATCATCTTa > 2:1553169/1‑149 (MQ=255) gTGACAAGACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAAt > 2:661828/1‑149 (MQ=255) aCAAGACACCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAATAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCt < 1:1021671/149‑1 (MQ=255) cAAGACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTg < 1:1450087/149‑1 (MQ=255) cGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACtt > 2:1176163/1‑149 (MQ=255) cGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACtt < 2:472475/149‑1 (MQ=255) cGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACtt < 2:32812/149‑1 (MQ=255) cGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTAAAAAAAAAAAAAAAATCCTGGGACACtt < 2:201791/149‑1 (MQ=255) cGTTTAGCCGTGGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGGGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACtt < 1:606492/149‑1 (MQ=255) tttAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAACTATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACTCCTAAGTAAACAGTTCAACCAGCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCa < 1:964059/149‑1 (MQ=255) tttAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCa < 1:159049/149‑1 (MQ=255) gTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATACTGGGACACTTCATACTTGt > 1:1074652/1‑149 (MQ=255) tGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGtct < 1:931077/149‑1 (MQ=255) gacaGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGtctc < 1:544243/146‑1 (MQ=255) aaaaaCATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGa < 1:146448/148‑1 (MQ=255) aaaCATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGAtt < 2:1249648/149‑1 (MQ=255) aaCATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGAttt < 2:1484823/149‑1 (MQ=255) aaCATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGAttt > 1:1058029/1‑149 (MQ=255) aaCATGATGCTTTTAAAAACCCAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCAGCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAACATCCTGGGACACTTCGTACGTGTCTCAGGAttt < 2:1425775/149‑1 (MQ=255) cATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGAttttt < 1:1185205/149‑1 (MQ=255) aatgatgCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGAttttt < 1:1524109/148‑1 (MQ=255) tgatgCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACTCCTTCACAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACGTGTCTCAGGATTTTTTa < 2:1651336/149‑1 (MQ=255) gatgCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGCAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATAGTTGTCGCAGGATTTTTTaa > 2:87391/1‑149 (MQ=255) gatgCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTaa > 1:1109046/1‑149 (MQ=255) gatgCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTaa < 2:90324/149‑1 (MQ=255) aaaaaCCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGCATTTTTTAACAAATTGaa < 1:1247570/149‑1 (MQ=255) aaaaCCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCCTACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAAtgtaaa > 2:184294/1‑144 (MQ=255) aCCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAg > 2:538723/1‑149 (MQ=255) aCCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAg < 1:445039/149‑1 (MQ=255) ccGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGc > 2:925285/1‑149 (MQ=255) ccGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGc > 2:389539/1‑149 (MQ=255) cGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGcc < 2:263606/149‑1 (MQ=255) cGAAACGTTACAGGTAAATATGAAGTGAACTTGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGcc < 2:1341297/149‑1 (MQ=255) gAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCt < 1:1638092/149‑1 (MQ=255) gAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCt < 2:1144966/149‑1 (MQ=255) attACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACATATGAAGTAAAAATTAAAAGTATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATaa < 2:450303/148‑1 (MQ=255) ttACAGTTAAATATGAACTAAACTTGAAAACACGTTAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAATTAAACATTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGCACACTTCATACTTTTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAAc < 1:556928/149‑1 (MQ=255) tACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACa > 1:1231328/1‑149 (MQ=255) cAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAACCACAGGAAGGAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACAtt < 1:1511276/149‑1 (MQ=255) tatGAAACGAACTAGAAAAAACATGAAGGAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAattatt < 1:358176/149‑1 (MQ=255) atGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTAttt < 1:1418897/149‑1 (MQ=255) tGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTAtttt > 1:1560754/1‑149 (MQ=255) tGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTAtttt > 2:778104/1‑149 (MQ=255) aaatcatcTGGAAAACAGATGAAGTAAAAATTAAAAGCAGCACAACTTATTACACAGTTCAATCATCTTACAAAAGCCTGTGACACTTCATAATTTTCGCAGGATTTTTTAAGAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTAt < 2:107402/142‑1 (MQ=255) aaGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTAt > 2:835019/1‑149 (MQ=255) aaGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTAt < 1:731440/149‑1 (MQ=255) aaGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCACCCTTATAACATTAAATTATTTTAt > 2:1262693/1‑149 (MQ=255) aaGTGAACGGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTAt < 1:30439/149‑1 (MQ=255) tgaccgggAAAACACCTGAAGCAAAAGTTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGTCACTTCATACTTGGCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGt < 1:591181/143‑1 (MQ=255) tGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATTACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGt < 2:499104/149‑1 (MQ=255) tGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGt < 2:1293054/149‑1 (MQ=255) gAACTGGAAAACACACGAAGGAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTa > 2:1009256/1‑149 (MQ=255) aCTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACa < 1:1126428/149‑1 (MQ=255) aCTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACa < 1:542633/149‑1 (MQ=255) aaaCACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAAt > 2:971384/1‑149 (MQ=255) aaaCACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAAt > 1:168444/1‑149 (MQ=255) aaaCACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAAt > 1:499196/1‑149 (MQ=255) accacaTGAAGCTAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAAtt < 1:1453070/147‑1 (MQ=255) aaCACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACATATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAAtt < 2:849586/149‑1 (MQ=255) aaCACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAAtt < 1:1340007/149‑1 (MQ=255) aaCACATGAAGGAAAAATTAAGAGCATCACACCTACGTAAACAGTTTAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAAtt < 1:647371/149‑1 (MQ=255) aaCACACGAACTAAAAACTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCCTGCTTGCCCCCTAGTAGTTTATCTTAGAAATTGAGCCTTATATCACTAAATTGTTTTATCGTACATTAAAtt < 1:1695938/149‑1 (MQ=255) cacaTGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTta < 1:673820/149‑1 (MQ=255) aacctgtaGTTAAAATTATAATCAGCACACCTAAGTAAATAGTTCAATCATCTTAAAATATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTACAACATTAAAATATTTTATCGTACATTAAATTta < 1:273045/142‑1 (MQ=255) caaTGAAGTAAAAATTAAAAGCATCATACCTGAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACGCTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATTAGTCTTATATCATTAAATTATTTTATCGTACATTGCATTtaa < 2:1043956/147‑1 (MQ=255) acaTGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTtaa < 1:1629451/149‑1 (MQ=255) acaTGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTtaa < 2:1604666/149‑1 (MQ=255) acaTGAAGCAAAAACTAAAAGCATCACACCTGAGTAAACAGTTCAATCCTCTTAAAAAATCCTGGGTCACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACCTTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTtaa < 2:602632/149‑1 (MQ=255) tGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTtaataa > 1:381885/1‑149 (MQ=255) tGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTtaataa < 2:81784/149‑1 (MQ=255) aaGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTtaataata > 2:400160/1‑149 (MQ=255) aaTTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTg > 1:627153/1‑149 (MQ=255) acgCATCACGCCTAACGAAACATTTTATTCAGCTCAAAAAATCCTGGGATACTTCATACTTTTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGAttttt < 1:1206391/147‑1 (MQ=255) aGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTta > 1:1674446/1‑149 (MQ=255) aGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTta > 1:1316480/1‑149 (MQ=255) aGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTta < 2:1231328/149‑1 (MQ=255) gCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTtat < 1:854608/149‑1 (MQ=255) cacaCCTAAGTAACCAGTACAATCAACCTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGa < 1:1219281/149‑1 (MQ=255) cacaCCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACCCTTCATACGTGGCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGa > 1:758154/1‑149 (MQ=255) acacCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGaa > 1:682146/1‑149 (MQ=255) acacCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGACTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGaa > 1:318664/1‑149 (MQ=255) ccTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATACCAACTGATTTTTATAAGAATaa > 1:1118354/1‑149 (MQ=255) tAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATc > 1:533547/1‑149 (MQ=255) aaaCAGTTCAATCATCTTAAACATTACCGAATCACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCg > 2:1223325/1‑149 (MQ=255) aaaCAGTTCAATCATCTTAAAAACTCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCg > 1:1269768/1‑149 (MQ=255) aaaCAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCg < 2:1316653/149‑1 (MQ=255) aaaCAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCg < 2:1674446/149‑1 (MQ=255) aaCAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACGGATTTTTATAAGAATAAGGTATCGa > 1:184481/1‑149 (MQ=255) aCAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGaa > 1:24838/1‑149 (MQ=255) cAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAAc < 2:1226999/149‑1 (MQ=255) cAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAAc < 1:1372374/149‑1 (MQ=255) aGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAAcc < 1:426936/149‑1 (MQ=255) gTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAACTTAGTCATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGAATCGAACCa > 2:177101/1‑149 (MQ=255) tcatcTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGCATAAAGTATCGAATCAtagtag > 1:201062/1‑149 (MQ=255) atcTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTACAGATTATCTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGAt < 1:1165415/149‑1 (MQ=255) tcTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATGAAGTATCGAACCATAGTAGATa < 1:925285/149‑1 (MQ=255) | TGCTTACGTGACAAGACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACA > USA300TCH1516_ALE/2543074‑2543369 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |