| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | CP000731 | 11129 = | 465 (0.920) | intergenic (+134/‑130) | blaI/USA300HOU_pUSA300HOUMR0014 | beta‑lactamase regulator BlaI/recombinase | |||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
TTTTTGTTGGGTTTTTGAACACATAATTCTATGTAATACTTACTTATTTAGACAAAAAACAAGAGTGTACAGAAAATGGTTATTTTCTGGACACTCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000731/11189‑11093‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acactctTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGAATTATGTGTTCAAAAACCCAACAAAAAATCTATGTTCACAAAAGACCTCGTAATCA > CP000731/11129‑11218 TTTTTGTTGGGTTTTTGAACACATAATTCTATGTAATACTTACTTATTTAGACAAAAAACAAGAGTGTACAGAAAATGGTTATTTTCTGGA < 2:747777/91‑1TTTTTGTTGGGTTTTTGAACACATAATTCTATGTAATACTTACTTATTTAGACAAAAAACAAGAGTGTACAGAAAATGGTTATTTTCTGGA > 1:3041828/1‑91TTTTTGTTGGGTTTTTGAACACATAATTCTATGTAATACTTACTTATTTAGACAAAAAACAAGAGTGTACAGAAAATGGTTATTTTCTGGA > 2:2323201/1‑91TTTTTGTTGGGTTTTTGAACACATAATTCTATGTAATACTTACTTATTTAGACAAAAAACAAGAGTGTACAGAAAATGGTTATTTTCTGGA > 1:1686967/1‑91 TTTTGTTGGGTTTTTGAACACATAATTCTATGTAATACTTACTTATTTAGACAAAAAACAAGAGTGTACAGAAAATGGTTATTTTCTGGAC > 2:1226112/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |