| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 11093 = | 571 (1.030) | 64 (0.130) | 28/146 | NT | 11.5% | intergenic (+98/‑166) | blaI/USA300HOU_pUSA300HOUMR0014 | beta‑lactamase regulator BlaI/recombinase |
| ? | CP000731 | 11129 = | 465 (0.920) | intergenic (+134/‑130) | blaI/USA300HOU_pUSA300HOUMR0014 | beta‑lactamase regulator BlaI/recombinase | |||||
Only 100 of 758 total aligned reads displayed.
TATGTTTCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGAATTATGTGTTCAAAAACCCAA > CP000731/11003‑11183 | tgattacgaggtcttttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaa < 1:1056812‑M1/1‑1 (MQ=255)tATGTTTGAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATga > 2:2777488/1‑91 (MQ=255)tATGTTTCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATga < 2:1746674/91‑1 (MQ=255) tGTTTCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATgaga > 1:713521/1‑91 (MQ=255) attacgaggtcttttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaaga < 2:2927664‑M1/3‑1 (MQ=255) tCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAgtgt > 1:2378464/1‑91 (MQ=255) cgaggtcttttgtgaacatagattttttgttgtgtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAgtgt < 2:743838‑M1/7‑1 (MQ=255) cgaggtcttttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAgtgt > 2:3100500‑M1/85‑91 (MQ=255) aaaCATAAGACATATGGAAACCAGACGTGACTCGTAGTAAATTAGTTTGGTGAAGGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTcc < 1:2234048/91‑1 (MQ=255) aaCATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGCCCa > 1:3498159/1‑91 (MQ=255) taataCATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGaaa < 1:9462/91‑1 (MQ=255) aataCATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGaaaa > 2:2698842/1‑91 (MQ=255) ataCATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAAt < 2:196746/91‑1 (MQ=255) ataCATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAAt < 2:3589169/91‑1 (MQ=255) ataCATATGTAAACCATACTTGACTCCTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAAt < 1:766640/91‑1 (MQ=255) taCATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATa < 1:1221605/91‑1 (MQ=255) cATATGTAAACTATGCTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATAACATTTAAAATATATTATTAAATATGAGAGTGTCCAGAAAATAAc < 1:606674/91‑1 (MQ=255) atatGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAAcc < 2:2828573/91‑1 (MQ=255) tatGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCa < 1:3595720/91‑1 (MQ=255) tatGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCa > 2:655472/1‑91 (MQ=255) gaacatagattttttgttgggttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCa > 2:2879344‑M1/71‑91 (MQ=255) aacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCa > 1:382278‑M1/71‑91 (MQ=255) acatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCAt > 2:2457519‑M1/70‑91 (MQ=255) acatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCAt > 2:3342910‑M1/70‑91 (MQ=255) tGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCAtt > 1:862955/1‑91 (MQ=255) catagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCAtt > 2:379508‑M1/69‑91 (MQ=255) catagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCAtt > 1:1924697‑M1/69‑91 (MQ=255) agattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTc > 2:296892‑M1/66‑91 (MQ=255) aaaCCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTc < 1:3096519/91‑1 (MQ=255) gattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCt > 2:529179‑M1/65‑91 (MQ=255) aaCCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCt > 1:405962/1‑91 (MQ=255) aaCCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCt < 2:1183875/91‑1 (MQ=255) aaCCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCt > 1:2929812/1‑91 (MQ=255) attttttgttgggtttttgaacacataattctatgtgatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTg > 2:3064058‑M1/64‑91 (MQ=255) aCCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTg > 2:1425489/1‑91 (MQ=255) aCCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTg < 1:3869046/91‑1 (MQ=255) aCCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTg < 2:393997/91‑1 (MQ=255) aCCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTg < 1:127164/91‑1 (MQ=255) ccATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGt > 2:3537835/1‑91 (MQ=255) tttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTa > 2:1899093‑M1/62‑91 (MQ=255) ttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTac > 2:224311‑M1/61‑91 (MQ=255) aTACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTac > 2:161120/1‑91 (MQ=255) tACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTaca > 1:1996560/1‑91 (MQ=255) tACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTaca > 1:1323459/1‑91 (MQ=255) aCTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTacac > 1:2054593/1‑91 (MQ=255) aCTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTacac < 1:227723/91‑1 (MQ=255) aCTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTacac < 1:803795/91‑1 (MQ=255) aCTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTacac < 1:209020/91‑1 (MQ=255) ttGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACActc < 1:1644166/91‑1 (MQ=255) ttGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACActc < 1:1007418/91‑1 (MQ=255) ttGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACActc < 1:2183935/91‑1 (MQ=255) ttGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACActc < 1:3401773/91‑1 (MQ=255) ttGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACActc < 2:2606208/91‑1 (MQ=255) ttGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACActc < 2:2343205/91‑1 (MQ=255) gttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACActc > 1:3198622‑M1/57‑91 (MQ=255) tGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACActct > 2:3388910/1‑91 (MQ=255) gACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCtt > 1:1724189/1‑91 (MQ=255) ctctTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGt > 1:1140044/1‑91 (MQ=255) tattaAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGttttt < 2:2104963/91‑1 (MQ=255) taAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGt < 2:2563978/91‑1 (MQ=255) taAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGt < 2:2282778/91‑1 (MQ=255) aaTTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCt > 1:1693868/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |