| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP000731 | 11951 = | 542 (0.970) | 46 (0.100) | 18/134 | NT | 9.9% | intergenic (+114/+109) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 11987 = | 386 (0.830) | intergenic (+150/+73) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
CATTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTTCTTGTGTTATTATTAAAATCTCATAACAGGAAAATATTATGAGATTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000731/12053‑11951‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttatgagattttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCAT > CP000731/11987‑12076 CATTAGTGAAACGGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTTCTTGTGTTATTATTAAAATCTCATAACAGGAAAATAT > 2:277038/1‑91CATTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTTCTTGTGTTATTATTAAAATCTCATAACAGGAAAATAT < 2:654253/91‑1CATTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTTCTTGTGTTATTATTAAAATCTCATAACAGGAAAATAT < 1:226444/91‑1 ATTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTTCTTGTGTTATTATTAAAATCTCATAACAGGAAAATATT < 2:785629/91‑1 ATTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTTCTTGTGTTATTATTAAAATCTCATAACAGGAAAATATT < 2:761841/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |