| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP000731 | 11951 = | 542 (0.970) | 46 (0.100) | 18/134 | NT | 9.9% | intergenic (+114/+109) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 11987 = | 386 (0.830) | intergenic (+150/+73) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 682 total aligned reads displayed.
ACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATT > CP000731/11897‑12077 | ggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaa > 2:2226434‑M1/55‑91 (MQ=255)aCAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaa < 2:819496/91‑1 (MQ=255)aCAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCCCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaa > 1:1104553/1‑91 (MQ=255) gtattatattaaaaaagcttacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaat > 2:1833308‑M1/54‑91 (MQ=255) aaaGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaata < 2:2262791/91‑1 (MQ=255) aaGACTTTGATTCACTGTCACTCGCTGTAAAAGAGACGTTCTGTCAGCGTTTAACATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATCTtaataa < 2:3604041/91‑1 (MQ=255) aGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaataat > 2:3090008/1‑91 (MQ=255) aGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaataat > 2:1015402/1‑91 (MQ=255) gACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaataata > 2:1354570/1‑91 (MQ=255) aCTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaataataa > 1:3868500/1‑91 (MQ=255) cTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAac > 2:1565571/1‑91 (MQ=255) cTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAac < 1:2665540/91‑1 (MQ=255) tttGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAaca > 1:1677140/1‑91 (MQ=255) ttGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAacac > 2:3753411/1‑91 (MQ=255) 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aaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACaa > 1:1745224‑M1/44‑91 (MQ=255) ttCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGa > 2:1081473/1‑91 (MQ=255) ttCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGa > 1:733847/1‑91 (MQ=255) cAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGaaa < 1:2270805/91‑1 (MQ=255) aTGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGaaaaa > 1:685054/1‑91 (MQ=255) aTGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGaaaaa > 1:525364/1‑91 (MQ=255) aTGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGaaaaa > 2:636580/1‑91 (MQ=255) tGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGaaaaaa < 1:2493298/91‑1 (MQ=255) 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agagACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTAc < 2:2601264/91‑1 (MQ=255) gagaCGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAATTTGTACg < 2:3006928/91‑1 (MQ=255) gagaCGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACg < 2:2758811/91‑1 (MQ=255) gagaCGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACg > 2:3164851/1‑91 (MQ=255) gagaCGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACg > 1:1604462/1‑91 (MQ=255) agaCGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTTCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGc < 2:928742/91‑1 (MQ=39) agaCGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGc < 2:1168495/91‑1 (MQ=255) agaCGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGc < 2:329201/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |