| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 11951 = | 542 (0.970) | 46 (0.100) | 18/134 | NT | 9.9% | intergenic (+114/+109) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 11987 = | 386 (0.830) | intergenic (+150/+73) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 730 total aligned reads displayed.
ATGAATCTACTAAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCT > CP000731/11861‑12041 | aTGAATCTACTAAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCt > 1:2773555/1‑91 (MQ=255)aTGAATCGACTAAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCt < 1:1932375/91‑1 (MQ=255) tgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatta < 1:2333668‑M1/2‑1 (MQ=255) tgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatta < 2:3244000‑M1/2‑1 (MQ=255) gAATCTACTAAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTaa < 2:1112714/91‑1 (MQ=255) tgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtcatatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgcgttatcattacaa < 2:908055‑M1/5‑4 (MQ=255) tgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTaaaa < 2:1350064‑M1/5‑1 (MQ=255) tgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTaaaa > 2:146821‑M1/87‑91 (MQ=255) tgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTaaaa < 1:1545245‑M1/5‑1 (MQ=255) aTCTACTAAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTaaaa > 2:3013623/1‑91 (MQ=255) gaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAAt < 1:408866‑M1/6‑1 (MQ=255) tactaAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAAtct < 1:2481520/91‑1 (MQ=255) atacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCa < 1:2620912‑M1/10‑1 (MQ=255) taAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCat < 2:3042887/91‑1 (MQ=255) taAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCat < 2:15391/91‑1 (MQ=255) taAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCat < 1:1397336/91‑1 (MQ=255) taAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCat < 2:1786137/91‑1 (MQ=255) aaaTAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCata < 2:2733188/91‑1 (MQ=255) aataatTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCataa < 2:2299039/91‑1 (MQ=255) taatTTTATATATCATCAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCataata < 2:2977789/91‑1 (MQ=255) aatTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAatat > 1:1441075/1‑91 (MQ=255) aatTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAatat < 2:3609673/91‑1 (MQ=255) aatTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAatat > 2:712247/1‑91 (MQ=255) ttttATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATAttt > 2:2656957/1‑91 (MQ=255) ttttATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATAttt < 2:1024582/91‑1 (MQ=255) aacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatta < 1:2702908‑M1/2‑1 (MQ=255) aacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATAttt > 2:656956‑M1/74‑91 (MQ=255) tttATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATAtttt < 1:516353/91‑1 (MQ=255) ttATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTc > 1:3724178/1‑91 (MQ=255) atatatCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCt > 1:648552/1‑91 (MQ=255) atatatCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCt > 1:936709/1‑91 (MQ=255) tatCATTAACATACAAAGACTTTGATCCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAGTATTTTCCTGtt < 1:2976931/91‑1 (MQ=255) atCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCat < 2:2122168/76‑1 (MQ=255) tCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTAt > 2:3865930/1‑91 (MQ=255) cATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATg < 1:3376307/91‑1 (MQ=255) aaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGAt > 2:762076‑M1/60‑91 (MQ=255) aaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGAt > 2:3424493‑M1/60‑91 (MQ=255) aaCATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGAt < 1:266776/91‑1 (MQ=255) aCATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGAtt < 2:1225595/91‑1 (MQ=255) cATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGAttt < 1:598109/91‑1 (MQ=255) caggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGAtttt > 1:1056846‑M1/57‑91 (MQ=255) tACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTta < 2:941894/91‑1 (MQ=255) aCAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaa < 2:819496/91‑1 (MQ=255) aCAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCCCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaa > 1:1104553/1‑91 (MQ=255) tattatattaaaaatgcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaata > 2:2601769‑M1/53‑91 (MQ=255) ttatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaataat > 2:246536‑M1/51‑91 (MQ=255) aGACATTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaataat < 2:310408/91‑1 (MQ=255) gACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaataata > 1:784090/1‑91 (MQ=255) gACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaataata > 1:728142/1‑91 (MQ=255) aCTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaataataa > 1:3119281/1‑91 (MQ=255) cTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAac > 1:1312567/1‑91 (MQ=255) tGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGAGAGCGTCTAAAATCGCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATGAcaca > 1:3613960/1‑91 (MQ=255) gATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACaa > 1:2113678/1‑91 (MQ=255) gATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACaa > 1:1233044/1‑91 (MQ=255) aaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACaa > 1:1745224‑M1/44‑91 (MQ=255) aTTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAg < 2:1693402/91‑1 (MQ=255) tCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGaa < 1:368259/91‑1 (MQ=255) cAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGaaa > 2:2955188/1‑91 (MQ=255) aTGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGaaaaa > 1:2242113/1‑91 (MQ=255) aTGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGaaaaa > 1:1471483/1‑91 (MQ=255) aTGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGaaaaa > 1:2568697/1‑91 (MQ=255) tGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTTATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGaaaaaa < 2:3477163/91‑1 (MQ=255) tCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAACAGc > 1:3496417/1‑91 (MQ=255) tCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTAATAATATTTTCCTGTTATGAGATTATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGc < 2:481500/91‑1 (MQ=255) cTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTa < 2:1170810/91‑1 (MQ=255) cGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACa > 2:395192/1‑91 (MQ=255) cGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACa < 2:2567494/91‑1 (MQ=255) aTGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACgaa < 2:3570081/91‑1 (MQ=255) aTGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACaaa < 2:328368/91‑1 (MQ=255) tAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAAttt < 2:2237852/91‑2 (MQ=255) aaaaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCCTAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCg > 2:3806762/1‑91 (MQ=255) aaaaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCg < 1:1812925/91‑1 (MQ=255) aaaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTACTAATAACACAAGAAGAAAGCGTACAAATTCGt > 1:3316850/1‑91 (MQ=255) aaaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAAtttgt < 2:2785623/91‑4 (MQ=255) aaGGGACGTTGTGACAGCGTCTAAAAGCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTa < 2:186846/91‑1 (MQ=255) aaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAATTTGTa < 1:1013313/91‑1 (MQ=255) aaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTa > 1:3186176/1‑91 (MQ=255) agagACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAATTTGTAc < 2:1372209/91‑1 (MQ=255) gagaCGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACg > 1:1604462/1‑91 (MQ=255) gagaCGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACg < 2:1916608/91‑1 (MQ=255) agaCGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGc < 1:3156764/91‑1 (MQ=255) agaCGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGc < 2:3701934/91‑1 (MQ=255) agaCGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGc < 1:2895199/91‑1 (MQ=255) agaCGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGc < 2:603439/91‑1 (MQ=255) agaCGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGc < 1:3851732/91‑1 (MQ=255) agaCGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGc < 2:2175704/91‑1 (MQ=255) cGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCttt > 1:1945941/1‑91 (MQ=255) gTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCtttt > 2:2074793/1‑91 (MQ=255) ttCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTATTAATAACACAAGAAAAAAGCGTACATATTCGTACGCttttt > 2:373671/1‑91 (MQ=255) tCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCtttttt > 2:2851729/1‑91 (MQ=255) cTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTta < 1:2068861/91‑1 (MQ=255) tGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTtaa > 1:2218388/1‑91 (MQ=255) aCAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTtaata < 1:464674/91‑1 (MQ=255) cAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTTCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTtaatat > 2:452469/1‑91 (MQ=255) cAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTtaatat > 1:2852358/1‑91 (MQ=255) cAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTtaatat > 1:3788/1‑91 (MQ=255) gCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTtaatataa < 1:1693363/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATAc < 1:2527048/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATAc > 2:1616438/1‑91 (MQ=255) TAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCt > 2:525364‑M1/1‑91 (MQ=255) | ATGAATCTACTAAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCT > CP000731/11861‑12041 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |