| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | NC_012417 | = 511 | 8702 (0.790) | pseudogene (232/709 nt) | USA300HOU_RS14890 | replication protein | |||||
Only 100 of 2390 total aligned reads displayed.
TTTGAAGCATCTAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/405‑500‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taccgtCATTTTTATTAACGGTAACTTCTGTTGAACGCATAAATCCAACAAGATTTTGTTTAACCTTTTTATATCTACTCAACCTATCAAATGCTT < NC_012417/511‑422 TTTGAAGCATCTAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTT < 1:2519767/91‑1TTTGAAGCATCTAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTT < 1:114539/91‑1TTTGAAGCATCTAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTT > 2:1900600/1‑91TTTGAAGCATCTAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTT > 2:3404924/1‑91TTTGAAGCATCTAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTT > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |