| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | = 500 | 9402 (0.790) | 465 (0.040) | 32/148 | NT | 5.1% | pseudogene (221/709 nt) | USA300HOU_RS14890 | replication protein |
| ? | NC_012417 | = 511 | 8702 (0.790) | pseudogene (232/709 nt) | USA300HOU_RS14890 | replication protein | |||||
Only 100 of 14708 total aligned reads displayed.
AGCATCTAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTATGTGTTGAAAATGCATATTTTAGAAAAAAAGAGAATTATATAAC > NC_012417/410‑590 | cattcttcttgagttatataattctctttttttctaaaatatgcattttcaacacataacaaaacatgcatgtgctgattataacTACCGt > 2:312664‑M1/86‑91 (MQ=255)aGCATCTAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGT > 2:2852461‑M1/1‑91 (MQ=255)aGCATCTAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGT > 1:917043‑M1/1‑91 (MQ=255)aGCATCTAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGT > 2:2402215‑M1/1‑91 (MQ=255) cATCTAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGCTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTta > 2:2987370/1‑91 (MQ=255) atctAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTtaa < 1:48056‑M2/87‑1 (MQ=255) atctAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTtaa < 1:1385495‑M2/87‑1 (MQ=255) tctAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTtaat < 2:1055261‑M2/88‑1 (MQ=255) tctAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTtaat > 1:2440024‑M2/4‑91 (MQ=255) ctAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTtaata < 2:196685‑M2/89‑1 (MQ=255) tAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTtaataa > 2:2555029‑M2/2‑91 (MQ=255) actaaAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTcattttta < 1:654218‑M1/91‑9 (MQ=255) ctaaAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATaaaaa < 1:2356426/91‑1 (MQ=255) ctaaAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATaaaaa < 1:2072577/91‑1 (MQ=255) ctaaAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATaaaaa > 2:3771908/1‑91 (MQ=255) aaGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGa > 1:1725169‑M2/1‑90 (MQ=255) aaGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGa > 2:1202879‑M2/1‑90 (MQ=255) aGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTcatttttattaac < 1:406265‑M1/91‑14 (MQ=255) gCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTcatttttattaacg < 2:2484611‑M1/91‑15 (MQ=255) gCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTcatttttattaacg < 2:3054130‑M1/91‑15 (MQ=255) gCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGacg > 1:2291186‑M2/1‑88 (MQ=255) aTTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTcatttttattaacggt < 1:2009633‑M1/91‑17 (MQ=255) tGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGt > 1:1800403/1‑91 (MQ=255) tGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGt < 2:63112/91‑1 (MQ=255) tGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGt > 1:2799605/1‑91 (MQ=255) tGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGt < 2:2121661/91‑1 (MQ=255) tGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGt > 2:3487038/1‑91 (MQ=255) tGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGt > 2:2055774/1‑91 (MQ=255) gATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTcatttttattaacggta < 2:568917‑M1/88‑18 (MQ=255) gATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGtt < 1:1001451/91‑1 (MQ=255) aTAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGAATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTcatttttattaacggtaactt < 2:2320492‑M1/91‑22 (MQ=255) tAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGCATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTtat < 2:3415113/91‑1 (MQ=255) aGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTtata > 2:15513/1‑91 (MQ=255) ggTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATaa > 1:1525721/1‑91 (MQ=255) ttGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATC < 1:3763507‑M1/91‑1 (MQ=255) tGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCA < 2:1692240‑M1/91‑1 (MQ=255) aGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGacggt > 2:3343923‑M2/1‑73 (MQ=255) aGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGc > 2:1625657/1‑91 (MQ=255) 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aaGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGCTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGttt > 2:921124/1‑91 (MQ=255) aGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGtttt > 2:1834321/1‑91 (MQ=255) ggTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTg > 1:3824623/1‑91 (MQ=255) ggTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTg > 2:2634290/1‑91 (MQ=255) ttAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGtt > 1:3146444/1‑91 (MQ=255) aaCAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTAtg > 1:8582/1‑91 (MQ=255) aaCAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTAtg > 1:1324353/1‑91 (MQ=255) aaCAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTAtg > 2:3640345/1‑91 (MQ=255) 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aaTCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTATTGTTATGTGTtg < 1:987498‑M2/91‑3 (MQ=255) aTCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTATGTGTtga < 2:1767216‑M2/91‑4 (MQ=255) ttgttgGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTATGTGTTGaaaa > 1:2869605/1‑91 (MQ=255) tgttgGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGca < 1:1188000/63‑1 (MQ=255) tgttgGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTATGTGTTGAAAAt > 1:2503015/1‑91 (MQ=255) gttgGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTATGTGTTGAAAAt > 2:494658/1‑90 (MQ=255) gttgGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTATGTGTTGAAAATg < 1:3427319/91‑1 (MQ=255) gttgGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTATGTGTTGAAAATg > 1:718668/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |