New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_012417 | = 500 | 9402 (0.790) | 465 (0.040) | 32/148 | NT | 5.1% | pseudogene (221/709 nt) | USA300HOU_RS14890 | replication protein |
? | NC_012417 | = 511 | 8702 (0.790) | pseudogene (232/709 nt) | USA300HOU_RS14890 | replication protein |
Only 100 of 13268 total aligned reads displayed.
AAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTATGTGTTGAAAATGCATATTTTAGAAAAAAAGAGAATTATATAACTCAAGAAGAAT > NC_012417/421‑601 | aaaGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAGTCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATATTAATg < 1:3162788/91‑1 (MQ=255) aaaGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATg < 1:1665396/91‑1 (MQ=255) aaaGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATg > 1:1872701/1‑91 (MQ=255) aaGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTATACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGa > 2:3507025‑M2/1‑90 (MQ=255) aGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGac < 2:1631111‑M2/91‑3 (MQ=255) aGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGac > 1:1391903‑M2/1‑89 (MQ=255) 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taAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCAcatgcat > 1:1326843/1‑91 (MQ=255) aaaaaGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCAcatgcatg < 1:330603/91‑1 (MQ=255) aaaaaGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCAcatgcatg > 1:1468211/1‑91 (MQ=255) aaaGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGtt > 1:1068440/1‑91 (MQ=255) aaGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGttt > 1:787724/1‑91 (MQ=255) aGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACGTGCATGtttt < 2:500304/91‑1 (MQ=255) ggTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTg < 2:3060423/91‑1 (MQ=255) gTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGt > 2:2998621/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |