| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_012417 | 1040 = | 1454 (0.120) | 291 (0.030) | 36/124 | NT | 15.8% | coding (155/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 1090 = | 1977 (0.210) | coding (105/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 5878 total aligned reads displayed.
TAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012417/1147‑1040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtcacaaaaataagacaAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTT > NC_012417/1090‑1179 TAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTT > 1:3505609/1‑91TAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTT > 1:2296949/1‑91TAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTT < 1:2237362/91‑1TAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTT < 2:2213736/91‑1TAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTT < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |