| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 1040 = | 1454 (0.120) | 291 (0.030) | 36/124 | NT | 15.8% | coding (155/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 1090 = | 1977 (0.210) | coding (105/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 12917 total aligned reads displayed.
TGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTT > NC_012417/1000‑1180 | tGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACaa < 1:1709963/91‑1 (MQ=255) ctaatgtcttTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACg > 1:3382645‑M2/11‑91 (MQ=255) ctaatgtcttTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACg < 1:3660447‑M2/81‑1 (MQ=255) ctaatgtcgtTTTTGCTGATTTTTTCTAAAAAAGTACTGTCGTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACg < 2:3368449‑M2/81‑1 (MQ=255) ataatgtcttTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGAAAAAAAAAAAAAATAAGACAAACg < 2:3647634‑M2/81‑1 (MQ=255) taatgtcttTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGc > 1:716151‑M2/10‑91 (MQ=255) 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tTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATAtt > 2:1273842‑M2/2‑91 (MQ=255) ttgttgATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtg < 1:1000628‑M2/91‑3 (MQ=255) ttgttgATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtg < 2:3026335‑M2/91‑3 (MQ=255) tgttgATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgt > 2:708974‑M2/1‑88 (MQ=255) gttgATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgtc < 1:1648149‑M2/91‑5 (MQ=255) ttgATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgtct < 2:3848375‑M2/91‑6 (MQ=255) ttgATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgtct > 1:228145‑M2/1‑86 (MQ=255) ttgATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgtca < 1:241890‑M2/91‑6 (MQ=255) 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taAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgtcacaaaaataaga > 1:1058422‑M2/1‑75 (MQ=255) taAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgtcacaaaaataaga < 2:3575886‑M2/91‑17 (MQ=255) aaaaaaGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAata < 2:179581/69‑1 (MQ=255) aaaaaGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgtcacaaaaataagaca < 1:2778630‑M2/91‑19 (MQ=255) aaaaGTACTGTCTTATTTTTGTGATAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgtcacaaaaataagacag > 2:559345‑M2/1‑72 (MQ=255) aaaaGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgtcaaaaaaataagacag > 2:424985‑M2/1‑72 (MQ=255) aaaGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgtcacaaaaataagacagt < 2:1469681‑M2/91‑21 (MQ=255) aaGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgtcacaaaaataagacagta > 1:3594702‑M2/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |