| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 2133 = | 7289 (0.610) | 380 (0.030) | 41/148 | NT | 5.2% | coding (542/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 2167 = | 7181 (0.650) | coding (508/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 2100 total aligned reads displayed.
AGATGTTAAAGCCAAAAACTTAAAGGGCGTAGCAAAAAAATTAGCTAAAATTGGGATAAAAGGAAACCTAGCTGGAATCGCAGCTACTATGGTTTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012417/2228‑2133‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggtttcCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGCTGTGATTATGTTTCCAGT > NC_012417/2167‑2257 AGATGTTAAAGCCAAAAACTTAAAGGGCGTAGCAAAAAAATTAGCTAAAATTGGGATAAAAGGAAACCTAGCTGGAATCGCAGCTACTATG < 2:2006473/91‑1AGATGTTAAAGCCAAAAACTTAAAGGGCGTAGCAAAAAAATTAGCTAAAATTGGGATAAAAGGAAACCTAGCTGGAATCGCAGCTACTATG < 1:248624/91‑1AGATGTTAAAGCCAAAAACTTAAAGGGCGTAGCAAAAAAATTAGCTAAAATTGGGATAAAAGGAAACCTAGCTGGAATCGCAGCTACTATG < 1:3215316/91‑1AGATGTTAAAGCCAAAAACTTAAAGGGCGTAGCAAAAAAATTAGCTAAAATTGGGATAAAAGGAAACCTAGCTGGAATCGCAGCTACTATG < 2:273980/91‑1AGATGTTAAAGCCAAAAACTTAAAGGGCGTAGCAAAAAAATTAGCTAAAATTGGGATAAAAGGAAACCTAGCTGGAATCGCAGCTACTATG < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |