New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_012417 | 2133 = | 7289 (0.610) | 380 (0.030) | 41/148 | NT | 5.2% | coding (542/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein |
? | NC_012417 | 2167 = | 7181 (0.650) | coding (508/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein |
Only 100 of 14702 total aligned reads displayed.
TTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAA > NC_012417/2043‑2223 | TTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCg < 2:3177319‑M2/91‑1 (MQ=255) TTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCg > 2:1854487‑M2/1‑91 (MQ=255) tggaaacataatcacagcagtttttgaagatgttaaagccaaaaacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaagGa > 2:2698668‑M1/90‑91 (MQ=255) TAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGa > 2:775876‑M2/1‑91 (MQ=255) AGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGaaa > 2:2765771‑M2/1‑91 (MQ=255) aaacataatcacagcagtttttgaagatgttaaagccaaaaacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaagGAAAc < 1:1551121‑M1/5‑1 (MQ=255) GGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAAc > 1:886490‑M2/1‑91 (MQ=255) CCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAg > 2:1385582‑M2/1‑91 (MQ=255) CCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAg > 1:3287437‑M2/1‑91 (MQ=255) CCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAg > 2:3432377‑M2/1‑91 (MQ=255) gAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTA > 2:2479761‑M1/1‑91 (MQ=255) gAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTA < 1:446705‑M1/91‑1 (MQ=255) aGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAG > 1:2913786‑M1/1‑91 (MQ=255) aGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAG < 1:3508365‑M1/91‑1 (MQ=255) 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aCGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGAt < 2:2192874/91‑1 (MQ=255) tCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGgaatcgc < 1:1201220‑M1/91‑8 (MQ=255) TCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTcc > 1:1412856‑M2/1‑91 (MQ=255) AATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAGCCATAGTAGCTGCGATTCCAg < 2:3767171‑M2/91‑1 (MQ=255) ATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGc > 1:1814437‑M2/1‑91 (MQ=255) tAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACC‑‑‑‑TAGCTGgaatcgcagctacta < 2:3038447‑M1/91‑16 (MQ=255) TAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCt < 1:284232‑M2/91‑1 (MQ=255) aaaGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACC‑‑‑‑TAGCTGgaatcgcagctactat < 1:168298‑M1/91‑17 (MQ=255) AAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTa < 1:2485921‑M2/91‑1 (MQ=255) AAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTa < 1:2990778‑M2/91‑1 (MQ=255) AAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAg < 1:3576291‑M2/91‑1 (MQ=255) aaTTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGttt < 2:3245200/91‑1 (MQ=255) aTTGGAATAAATAGTATCTAAAGTACCCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACC‑‑‑‑TAGCTGgaatcgcagctactatggtttc < 1:530463‑M1/91‑23 (MQ=255) aTTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTc > 1:2415125/1‑91 (MQ=255) aTTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTc > 1:96038/1‑91 (MQ=255) ttGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTcc > 2:620498/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |