| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 102238 = | 191 (1.000) | 10 (0.060) | 8/142 | NT | 5.6% | intergenic (+224/+131) | gltR/USA300HOU_RS00485 | HTH‑type transcriptional regulator GltR/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 102291 = | 169 (1.000) | intergenic (+277/+78) | gltR/USA300HOU_RS00485 | HTH‑type transcriptional regulator GltR/hypothetical protein | |||||
AGAAAACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/102335‑102238‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tagcaggttCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAATGTTGATAATAATAACTTTAAATCTGTACTTTCATTGTGAGAT > USA300TCH1516_ALE/102291‑102380 AGAAAACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTA < 2:3864195/91‑1AGAAAACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTA < 2:3864194/91‑1AGAAAACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTA > 1:2475743/1‑91AGAAAACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTA < 1:288084/91‑1 GAAAACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATATAGAACCTGCTAGATGACAGCTATGTAAAATACATAAGCTACTCATTTAG > 2:1406211/1‑91 GAAAACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAG > 2:2877473/1‑91 GAAAACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAG > 2:1496704/1‑91 GAAAACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAG > 2:764911/1‑91 GAAAACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAG > 2:765077/1‑91 GAAAACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAG > 2:1406212/1‑91 GAAAACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAG > 2:2426517/1‑91 AAAACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGC > 1:2903554/1‑91 AAAACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGC < 2:2173824/91‑1 AAAACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGC < 1:2602995/91‑1 AAACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCA < 2:3441085/91‑1 AACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAG > 2:307085/1‑91 ACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTACTAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGG < 1:173665/91‑1 ACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGG > 1:2836214/1‑91 ACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGG < 1:45152/91‑1 ACAGACGAAAATGATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGG < 1:1714420/91‑1 CAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGGT > 2:830451/1‑91 CAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGGT < 2:1434140/91‑1 CAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGGT < 1:1420623/91‑1 AGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGGTT > 1:3312865/1‑91 AGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGGTT < 1:3190959/91‑1 AGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGGTT < 2:1266397/91‑1 AATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATT > 2:693597/1‑91 AAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTA > 2:533132/1‑91 GAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTC > 1:790476/1‑91 AACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCT > 1:2986156/1‑91 ACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTG > 2:571753/1‑91 ACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTG > 2:572075/1‑91 ACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTG > 1:1142856/1‑91 CCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCACGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAAGTATTTTAGTCTGT > 1:3885077/1‑91 CTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTC > 2:857544/1‑91 GATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAA > 1:317387/1‑91 AGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAATGTTGATAATAATAACTTTAAATCTGTACTTTCATT < 2:2136236/91‑1 AGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAATGTTGATAATAATAACTTTAAATCTGTACTTTCATT > 1:1553392/1‑91 GCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAATGTTGATAATAATAACTTTAAATCTGTACTTTCATTG < 2:970618/91‑1 CAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAATGTTGATAATAATAACTTTAAATCTGTACTTTCATTGT < 1:1187389/91‑1 CAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAATGTTGATAATAATAACTTTAAATCTGTACTTTCATTGT < 1:3758607/91‑1 CAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAATGTTGATAATAATAACTTTAAATCTGTACTTTCATTGT > 2:1833982/1‑91 AGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAATGTTGATAATAATAACTTTAAATCTGTACTTTCATTGTG < 1:3573144/91‑1 AGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAATGTTGATAATAATAACTTTAAATCTGTACTTTCATTGTG > 1:531130/1‑91 GGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAATGTTGATAATAATAACTTTAAATCTGTACTTTCATTGTGA < 1:423453/91‑1 GTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAATGTTGATGATAATAACTTTAAATCTGTACTTTCATTGTGAG > 1:3172113/1‑91 GTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAATGTTGATAATAATAACTTTAAATCTGTACTTTCATTGTGAG > 2:2888886/1‑91 GTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAATGTTGATAATAATAACTTTAAATCTGTACTTTCATTGTGAG < 1:3748442/91‑1 GTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAATGTTGATAATAATAACTTTAAATCTGTACTTTCATTGTGAG > 1:3172099/1‑91 GTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAATGTTGATAATAATAACTTTAAATCTGTACTTTCATTGTGAG > 2:3408599/1‑91 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USA300TCH1516_ALE/102335‑102238‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tagcaggttCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAATGTTGATAATAATAACTTTAAATCTGTACTTTCATTGTGAGAT > USA300TCH1516_ALE/102291‑102380 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |